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- PDB-6yxp: Higher resolution structure of the N-terminal module of the human... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6yxp
タイトルHigher resolution structure of the N-terminal module of the human SWI/SNF-subunit BAF155/SMARCC1
要素SWI/SNF complex subunit SMARCC1
キーワードSIGNALING PROTEIN / Baf155 / SWI/SNF-subunit
機能・相同性
機能・相同性情報


prostate gland development / npBAF complex / nBAF complex / brahma complex / GBAF complex / regulation of G0 to G1 transition / XY body / RSC-type complex / regulation of nucleotide-excision repair / nucleosome disassembly ...prostate gland development / npBAF complex / nBAF complex / brahma complex / GBAF complex / regulation of G0 to G1 transition / XY body / RSC-type complex / regulation of nucleotide-excision repair / nucleosome disassembly / SWI/SNF complex / regulation of mitotic metaphase/anaphase transition / positive regulation of T cell differentiation / positive regulation of double-strand break repair / positive regulation of stem cell population maintenance / RUNX1 interacts with co-factors whose precise effect on RUNX1 targets is not known / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in pigmentation / regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / negative regulation of cell differentiation / positive regulation of myoblast differentiation / negative regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / animal organ morphogenesis / male germ cell nucleus / Regulation of endogenous retroelements by Piwi-interacting RNAs (piRNAs) / positive regulation of cell differentiation / kinetochore / RMTs methylate histone arginines / nuclear matrix / insulin receptor signaling pathway / nervous system development / histone binding / transcription coactivator activity / chromatin remodeling / positive regulation of cell population proliferation / chromatin binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
SMARCC, SWIRM-associated domain / SMARCC, N-terminal / : / SWIRM-associated domain at the N-terminal / SWIRM-associated domain at the C-terminal / MarR-like, BRCT and chromo domains module profile. / SMARCC, C-terminal / SWIRM-associated region 1 / SWIRM domain / SWIRM domain ...SMARCC, SWIRM-associated domain / SMARCC, N-terminal / : / SWIRM-associated domain at the N-terminal / SWIRM-associated domain at the C-terminal / MarR-like, BRCT and chromo domains module profile. / SMARCC, C-terminal / SWIRM-associated region 1 / SWIRM domain / SWIRM domain / SWIRM domain profile. / SANT domain profile. / Chromo/chromo shadow domain / Chromatin organization modifier domain / SANT domain / Myb-like DNA-binding domain / SANT SWI3, ADA2, N-CoR and TFIIIB'' DNA-binding domains / SANT/Myb domain / BRCT domain superfamily / Homeobox-like domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
SWI/SNF complex subunit SMARCC1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Allen, M.D. / Bycroft, M. / Zinzalla, G.
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2021
タイトル: SWI/SNF subunit BAF155 N-terminus structure informs the impact of cancer-associated mutations and reveals a potential drug binding site.
著者: Allen, M.D. / Freund, S.M.V. / Bycroft, M. / Zinzalla, G.
履歴
登録2020年5月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年4月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年11月3日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_2 / diffrn_source / pdbx_database_proc
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SWI/SNF complex subunit SMARCC1
B: SWI/SNF complex subunit SMARCC1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,7082
ポリマ－65,7082
非ポリマー00
水9,278515
1
A: SWI/SNF complex subunit SMARCC1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,8541
ポリマ－32,8541
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: SWI/SNF complex subunit SMARCC1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,8541
ポリマ－32,8541
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)43.900, 138.322, 56.510
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 110.31, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質 SWI/SNF complex subunit SMARCC1 / BRG1-associated factor 155 / BAF155 / SWI/SNF complex 155 kDa subunit / SWI/SNF-related matrix- ...BRG1-associated factor 155 / BAF155 / SWI/SNF complex 155 kDa subunit / SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily C member 1


分子量: 32854.195 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SMARCC1, BAF155 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): C41 / 参照: UniProt: Q92922
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 515 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.77 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.9
詳細: 0.2 M Magnesium formate (pH 5.9), 20% PEG 3350. Protein at 16 mg/ml.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.939273 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年5月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.939273 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→49.49 Å / Num. obs: 82320 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 6.8 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.053 / Rpim(I) all: 0.022 / Rrim(I) all: 0.057 / Net I/σ(I): 15.1
反射 シェル解像度: 1.6→1.69 Å / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.611 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique obs: 11930 / CC1/2: 0.85 / Rpim(I) all: 0.248 / Rrim(I) all: 0.661 / % possible all: 98.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.14_3260: ???)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6YXO

6yxo


解像度: 1.6→42.066 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.1
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1978 4073 4.95 %
Rwork0.1727 --
obs0.174 82266 99.1 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→42.066 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4509 0 0 515 5024
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0064639
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.86285
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d2.8582777
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.055651
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005807
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.6-1.61880.36661540.2772561X-RAY DIFFRACTION93
1.6188-1.63860.30631590.26772608X-RAY DIFFRACTION99
1.6386-1.65930.30591410.25482758X-RAY DIFFRACTION100
1.6593-1.68110.27261190.2392714X-RAY DIFFRACTION100
1.6811-1.70420.27061540.22732699X-RAY DIFFRACTION100
1.7042-1.72850.28431250.21722686X-RAY DIFFRACTION100
1.7285-1.75430.2341490.21282750X-RAY DIFFRACTION100
1.7543-1.78170.22371210.20332670X-RAY DIFFRACTION100
1.7817-1.81090.25341370.19862731X-RAY DIFFRACTION100
1.8109-1.84220.24031450.1982713X-RAY DIFFRACTION100
1.8422-1.87570.19761490.19612699X-RAY DIFFRACTION99
1.8757-1.91170.21121190.19282690X-RAY DIFFRACTION99
1.9117-1.95080.21061430.20442686X-RAY DIFFRACTION98
1.9508-1.99320.21911460.19762687X-RAY DIFFRACTION98
1.9932-2.03960.2381200.19652683X-RAY DIFFRACTION100
2.0396-2.09060.20111260.19432767X-RAY DIFFRACTION100
2.0906-2.14710.22491480.18352673X-RAY DIFFRACTION100
2.1471-2.21030.21461450.18972703X-RAY DIFFRACTION99
2.2103-2.28160.19981460.18012693X-RAY DIFFRACTION100
2.2816-2.36310.22711310.18612726X-RAY DIFFRACTION100
2.3631-2.45770.19161490.18932724X-RAY DIFFRACTION100
2.4577-2.56960.21271540.18122678X-RAY DIFFRACTION99
2.5696-2.7050.21551730.18062661X-RAY DIFFRACTION99
2.705-2.87450.20361380.1882725X-RAY DIFFRACTION100
2.8745-3.09630.20481220.17652711X-RAY DIFFRACTION99
3.0963-3.40780.18551520.17352692X-RAY DIFFRACTION99
3.4078-3.90060.18141510.15462581X-RAY DIFFRACTION95
3.9006-4.91320.16851240.13522757X-RAY DIFFRACTION100
4.9132-42.0660.15891330.14432767X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -12.2151 Å / Origin y: 50.3313 Å / Origin z: 67.6816 Å
111213212223313233
T0.1576 Å2-0.0099 Å20.0031 Å2-0.179 Å2-0.0051 Å2--0.1483 Å2
L0.2652 °2-0.081 °20.075 °2-0.7066 °20.1969 °2--0.4255 °2
S0.0231 Å °0.0024 Å °-0.0248 Å °0.0807 Å °-0.027 Å °-0.0272 Å °-0.0548 Å °-0.0087 Å °-0.0001 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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