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- PDB-6yxf: Cryogenic human adiponectin receptor 2 (ADIPOR2) with Gd-DO3 liga... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6yxf
タイトルCryogenic human adiponectin receptor 2 (ADIPOR2) with Gd-DO3 ligand determined by Serial Crystallography (SSX) using CrystalDirect
要素
  • Adiponectin receptor protein 2
  • V REGION HEAVY and LIGHT CHAINS
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Adiponectin receptor / ADIPOR2 / serial synchrotron crystallography / SSX / ligand soaking / CrystalDirect / LCP crystallization / in meso / membrane proteins
機能・相同性
機能・相同性情報


adiponectin binding / adipokinetic hormone receptor activity / adiponectin-activated signaling pathway / AMPK inhibits chREBP transcriptional activation activity / vascular wound healing / fatty acid oxidation / hormone-mediated signaling pathway / glucose homeostasis / signaling receptor activity / positive regulation of cold-induced thermogenesis ...adiponectin binding / adipokinetic hormone receptor activity / adiponectin-activated signaling pathway / AMPK inhibits chREBP transcriptional activation activity / vascular wound healing / fatty acid oxidation / hormone-mediated signaling pathway / glucose homeostasis / signaling receptor activity / positive regulation of cold-induced thermogenesis / metal ion binding / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
AdipoR/Haemolysin-III-related / Haemolysin-III related / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-DO3 / GADOLINIUM ATOM / OLEIC ACID / (2S)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / Adiponectin receptor protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.025 Å
データ登録者Healey, R.D. / Basu, S. / Humm, A.S. / Leyrat, C. / Dupeux, F. / Pica, A. / Granier, S. / Marquez, J.A.
資金援助European Union, 3件
組織認可番号国
European Research Council (ERC)647687European Union
European Commission653706European Union
European Commission871037European Union
引用ジャーナル: Cell Rep Methods / 年: 2021
タイトル: An automated platform for structural analysis of membrane proteins through serial crystallography.
著者: Healey, R.D. / Basu, S. / Humm, A.S. / Leyrat, C. / Cong, X. / Golebiowski, J. / Dupeux, F. / Pica, A. / Granier, S. / Marquez, J.A.
履歴
登録2020年5月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年5月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年11月17日Group: Advisory / Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_2 / pdbx_database_proc / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Adiponectin receptor protein 2
H: V REGION HEAVY and LIGHT CHAINS
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,17516
ポリマ－58,0022
非ポリマー4,17214
水79344
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, Complex between ADIPOR2 and anti-ADIPOR2 scFv purified by pull down and gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5040 Å2
ΔGint-66 kcal/mol
Surface area22650 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.640, 100.650, 111.200
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21221

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要素

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タンパク質 / 抗体 , 2種, 2分子 AH

#1: タンパク質 Adiponectin receptor protein 2 / Progestin and adipoQ receptor family member 2 / Progestin and adipoQ receptor family member II


分子量: 33097.793 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ADIPOR2, PAQR2
発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: Q86V24
#2: 抗体 V REGION HEAVY and LIGHT CHAINS


分子量: 24904.604 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)

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非ポリマー , 6種, 58分子

#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-OLA / OLEIC ACID / オレイン酸


分子量: 282.461 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H34O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物
ChemComp-OLB / (2S)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / 1-O-オレオイル-L-グリセロ-ル


分子量: 356.540 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H40O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物 ChemComp-GD / GADOLINIUM ATOM / ガドリニウムヒドリド


分子量: 157.250 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Gd / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 化合物 ChemComp-DO3 / 10-((2R)-2-HYDROXYPROPYL)-1,4,7,10-TETRAAZACYCLODODECANE 1,4,7-TRIACETIC ACID


分子量: 404.459 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H32N4O7 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 44 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.84 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法
詳細: 30 or 50 nl bolus overlaid with 600 nl precipitant solution using either a Mosquito LCP robot (SPT Labtech) in CrystalDirect plate-2. The crystallisation condition is made of 42.3% PEG 400, ...詳細: 30 or 50 nl bolus overlaid with 600 nl precipitant solution using either a Mosquito LCP robot (SPT Labtech) in CrystalDirect plate-2. The crystallisation condition is made of 42.3% PEG 400, 110 mM potassium citrate, 100 mM HEPES pH 7.0. 60-120 nL of Gd-DO3 soaking solution with a final conc. of 10 - 25 mM was delivered onto LCP crystallisation drop. Crystallisation experiments were carried out at the HTX facility of EMBL Grenoble. LCP bolus were harvested automatically at cryogenic condition using CrystalDirect technology.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: Y
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1.72 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.72 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→50 Å / Num. obs: 31468 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 14.98 % / CC1/2: 0.98 / Net I/σ(I): 5.06
反射 シェル解像度: 3.01→3.1 Å / Num. unique obs: 2336 / CC1/2: 0.3
Serial crystallography sample delivery手法: fixed target

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3 (29-NOV-2019)精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5LWY

5lwy


解像度: 3.025→48.67 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.826 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.82 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.394
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2593 956 5.71 %RANDOM
Rwork0.2136 ---
obs0.2163 16752 98.8 %-
原子変位パラメータBiso max: 300 Å2 / Biso mean: 81.24 Å2 / Biso min: 36.47 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-15.679 Å20 Å20 Å2
2--27.2272 Å20 Å2
3----42.9062 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.46 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.025→48.67 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4037 0 333 44 4414
Biso mean--111.36 64.64 -
残基数----512
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1548SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes711HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it4403HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion533SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact3863SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d4501HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg6148HARMONIC21.15
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.32
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion21.07
LS精密化 シェル解像度: 3.025→3.06 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.4375 26 7.28 %
Rwork0.3057 331 -
obs--64.13 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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