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- PDB-6ywz: Crystal structure of SHANK1 PDZ in complex with a peptide-small m... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ywz
タイトルCrystal structure of SHANK1 PDZ in complex with a peptide-small molecule hybrid
要素SH3 and multiple ankyrin repeat domains protein 1
キーワードPEPTIDE BINDING PROTEIN / protein-protein interactions PDZ domain / hybrid structures / fragment-based drug discovery / beta-sheets / acylhydrazone
機能・相同性
機能・相同性情報


somatostatin receptor binding / determination of affect / synaptic receptor adaptor activity / olfactory behavior / synapse maturation / negative regulation of actin filament bundle assembly / structural constituent of postsynaptic density / righting reflex / protein localization to synapse / vocalization behavior ...somatostatin receptor binding / determination of affect / synaptic receptor adaptor activity / olfactory behavior / synapse maturation / negative regulation of actin filament bundle assembly / structural constituent of postsynaptic density / righting reflex / protein localization to synapse / vocalization behavior / habituation / regulation of AMPA receptor activity / ankyrin repeat binding / dendritic spine morphogenesis / Neurexins and neuroligins / positive regulation of dendritic spine development / adult behavior / associative learning / social behavior / excitatory synapse / neuromuscular process controlling balance / positive regulation of excitatory postsynaptic potential / long-term memory / ionotropic glutamate receptor binding / Schaffer collateral - CA1 synapse / SH3 domain binding / scaffold protein binding / protein-containing complex assembly / postsynaptic membrane / dendritic spine / postsynaptic density / neuron projection / glutamatergic synapse / dendrite / protein-containing complex binding / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / PDZ domain 6 / PDZ domain / Variant SH3 domain / SAM domain (Sterile alpha motif) / SAM domain profile. / Sterile alpha motif. / Sterile alpha motif domain / Sterile alpha motif/pointed domain superfamily / PDZ domain profile. ...: / PDZ domain 6 / PDZ domain / Variant SH3 domain / SAM domain (Sterile alpha motif) / SAM domain profile. / Sterile alpha motif. / Sterile alpha motif domain / Sterile alpha motif/pointed domain superfamily / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZ domain / PDZ superfamily / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / Src homology 3 domains / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain
類似検索 - ドメイン・相同性
ARGININE / LEUCINE / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Chem-PWN / THREONINE / SH3 and multiple ankyrin repeat domains protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.12 Å
データ登録者Hegedus, Z. / Hobor, F. / Shoemark, D.K. / Celis, S. / Lian, L.J. / Trinh, C.H. / Sessions, R.B. / Edwards, T.A. / Wilson, A.J.
資金援助 英国, 3件
組織認可番号国
Engineering and Physical Sciences Research CouncilEP/N035267/1 英国
European CommissionMSCA-IF-2016-749012 英国
Royal SocietySRF/R1/191087 英国
引用ジャーナル: Chem Sci / 年: 2021
タイトル: Identification of beta-strand mediated protein-protein interaction inhibitors using ligand-directed fragment ligation.
著者: Hegedus, Z. / Hobor, F. / Shoemark, D.K. / Celis, S. / Lian, L.Y. / Trinh, C.H. / Sessions, R.B. / Edwards, T.A. / Wilson, A.J.
履歴
登録2020年4月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年1月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年7月7日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume ..._citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: SH3 and multiple ankyrin repeat domains protein 1
A: SH3 and multiple ankyrin repeat domains protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,13611
ポリマ－24,6832
非ポリマー1,4549
水1,36976
1
B: SH3 and multiple ankyrin repeat domains protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,1216
ポリマ－12,3411
非ポリマー7805
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: SH3 and multiple ankyrin repeat domains protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,0155
ポリマ－12,3411
非ポリマー6744
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)44.566, 65.973, 86.904
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 BA

#1: タンパク質 SH3 and multiple ankyrin repeat domains protein 1 / Shank1 / Somatostatin receptor-interacting protein / SSTRIP


分子量: 12341.283 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SHANK1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9Y566

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非ポリマー , 6種, 85分子

#2: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C4H10O3
#3: 化合物 ChemComp-PWN / 2-[(~{E})-(4-oxidanylidenebutanoylhydrazinylidene)methyl]benzoic acid


分子量: 248.235 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H12N2O4
#4: 化合物 ChemComp-THR / THREONINE / トレオニン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 119.119 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H9NO3
#5: 化合物 ChemComp-ARG / ARGININE / L-アルギニン-ω′-カチオン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 175.209 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H15N4O2
#6: 化合物 ChemComp-LEU / LEUCINE / ロイシン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 131.173 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO2
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 76 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.4 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 0.1 M HEPES pH 7 PEG 400 35%

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9762 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年12月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9762 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.12→65.97 Å / Num. obs: 15149 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 45.69 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.102 / Rpim(I) all: 0.044 / Rrim(I) all: 0.116 / Net I/σ(I): 7.4
反射 シェル解像度: 2.12→2.16 Å / Rmerge(I) obs: 1.234 / Num. unique obs: 4553 / CC1/2: 0.64 / Rpim(I) all: 0.584

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0026精密化
PHENIX1.17.1_3660精密化
DIALSdata processing
Aimlessデータスケーリング
pointlessデータスケーリング
PHASER位相決定
Cootモデル構築
DIALSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1Q3O

1q3o


解像度: 2.12→43.45 Å / SU ML: 0.2345 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 32.5013
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2462 709 4.71 %
Rwork0.2145 14356 -
obs0.216 15065 99.74 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 54.81 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.12→43.45 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1610 0 97 76 1783
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0081746
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.89492351
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0565263
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0058305
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.6961292
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.12-2.280.36291360.32682800X-RAY DIFFRACTION99.63
2.28-2.510.31831660.27772800X-RAY DIFFRACTION99.7
2.51-2.880.23351310.25062858X-RAY DIFFRACTION99.87
2.88-3.620.26991290.22022885X-RAY DIFFRACTION99.7
3.63-43.450.21021470.17973013X-RAY DIFFRACTION99.81
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.104379447030.140383751997-0.944096078710.5733321749470.8107945415062.141742053290.2800063130230.1101262506250.457317482178-0.00581575499723-0.0454817643454-0.0971793823696-0.5961105821290.127024648025-0.223067658510.4624474589040.04486981084940.05961557552740.4281002502810.08264040062390.4249632151989.112965463646.253644089631.8008973521
20.1337032079550.230519214744-0.4432512774163.20527613786-2.308802920495.57721646762-0.117679786266-0.2824350125760.104179130890.109177340776-0.225139839660.1971504832970.6070738283140.8072699284130.3234447865630.5184778953770.0500315669645-0.004163197423080.4264670637780.04583664132990.57399958122111.8665509934-8.2409223101411.4980042967
35.399805701630.788128050978-3.131122045293.852629284020.984072865626.14950137757-0.01374421557060.004624672733480.007196937658650.270744556897-0.006357469458360.08084492483030.02524509390360.310795361158-0.01030818119370.329880673426-0.00228096055101-0.02148076184150.3467853318140.08217256960530.37143543758611.08551889540.3198321490413.08245611057
42.011201634781.353379840063.004209171831.300340622822.9146886166.5212706559-0.009700767011191.111114366690.943625784059-0.510851851856-0.389547930412-0.0164517333385-0.0520366475011-1.968424148610.3976182874111.168523037280.286054661680.2731831476780.7256198157230.1614281545020.601898828051-0.097113073600111.17284660022.52170306273
52.590347427890.375976702938-0.8468593682662.74771465491-0.5019872453852.895414230950.104303681415-0.188401756080.06434207812110.06089849729250.02375436122210.0699758880349-0.253500912885-0.524063711774-0.1179540937480.348065894732-0.0288909150873-0.02503840946990.476972166142-0.1001624710770.35053760435-11.97805814584.7224614877930.7006884698
62.59821607579-0.301315334929-2.051194898741.39510981490.7490628811044.963085989520.4644599552371.70223135096-0.733597290803-1.12278158232-0.585624495791-0.115361213335-0.700948660755-1.498283200580.01392439002620.6609342935010.0606864443717-0.02123670877310.635640193781-0.1795701499440.552511916453-10.1289772455-2.2385648410813.9145464541
72.644005143191.5285004134-0.802030930933.369611371620.6481259272283.984098424170.1038731795540.2975424139440.10119357112-0.3374630351460.02364040365550.030672110576-0.509979747241-0.541234885394-0.1376491236460.4354453601610.116764701212-0.06002847063980.478688416922-0.06134341844190.401157327997-14.43145546435.6344600298623.7192953323
84.074206395781.80618217465-0.1014541970972.23838259605-0.2798452822464.2939798693-0.0471212164640.277221699783-1.507865046280.136749045338-0.02664054161530.09998191540961.31876325678-0.106219890353-0.02504460214690.47437889793-0.068531397256-0.05865482707980.405124943403-0.1179520224970.693908312782-10.7524215238-8.5483116177324.9535844927
93.006113405890.733970613186-2.984132203942.23308767861-3.030275953688.080319524680.261557391019-0.02123877748420.1719760990550.1245610350540.1480535102070.168630724859-0.4276645318780.0947081806838-0.4955619104950.4312024067420.0539683686198-0.05372111149230.496552157367-0.1121261691850.45639944329-8.342702186923.6267988316124.871464282
103.228986115250.06608362446891.026052254412.40665449346-1.839107476711.90679436814-0.4317707819120.6790227997820.37723325586-0.0316619793430.0846442242293-0.0324740858416-0.2155722976170.319626716550.5207710004450.535696801709-0.050983110749-0.0547794822490.740492610592-0.2691739342560.642716675703-20.5151195008-4.0674022382121.9435787852
117.487561343710.346920972399-3.536914794628.653550577280.1205668725922.501802198040.46416281242-1.43915679669-0.007020916005870.2557256523580.868747054160.366266910529-0.6365719422430.341433589237-1.539106175240.4480017798760.01555356201640.06204219779410.7573459637570.1403634796790.76872224677821.4781917654-3.97018382362.16870991478
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'B' and (resid 651 through 675 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'B' and (resid 676 through 690 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 691 through 759 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 651 through 657 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 658 through 675 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 676 through 699 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 700 through 725 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 726 through 745 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 746 through 758 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C'
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'D'

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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