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- PDB-6ywn: CutA in complex with CMPCPP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ywn
タイトルCutA in complex with CMPCPP
要素CutA
キーワードRNA BINDING PROTEIN / terminal nucleotide transferase / polymerase / RNA-binding protein
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA 3'-end processing / polynucleotide adenylyltransferase / poly(A) RNA polymerase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
TUTase nucleotidyltransferase domain / PAP/25A-associated / Cid1 family poly A polymerase / : / Poly(A) RNA polymerase, mitochondrial-like, central palm domain / Beta Polymerase, domain 2 / Beta Polymerase; domain 2 / Nucleotidyltransferase superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-2TM / polynucleotide adenylyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermothielavioides terrestris NRRL 8126 (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.45 Å
データ登録者Malik, D. / Kobylecki, K. / Krawczyk, P. / Poznanski, J. / Jakielaszek, A. / Napiorkowska, A. / Dziembowski, A. / Tomecki, R. / Nowotny, M.
資金援助 ポーランド, 1件
組織認可番号国
Foundation for Polish SciencePOIR.04.04.00-00-20E7/16-00 ポーランド
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2020
タイトル: Structure and mechanism of CutA, RNA nucleotidyl transferase with an unusual preference for cytosine.
著者: Malik, D. / Kobylecki, K. / Krawczyk, P. / Poznanski, J. / Jakielaszek, A. / Napiorkowska, A. / Dziembowski, A. / Tomecki, R. / Nowotny, M.
履歴
登録2020年4月29日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年8月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年9月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22020年9月30日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年10月23日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CutA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,0423
ポリマ－42,5211
非ポリマー5212
水6,756375
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area90 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area16020 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)88.220, 93.470, 86.830
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Space group name HallC2c2
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z+1/2
#4: -x,-y,z+1/2
#5: x+1/2,y+1/2,z
#6: x+1/2,-y+1/2,-z
#7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 CutA


分子量: 42521.148 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermothielavioides terrestris NRRL 8126 (菌類)
遺伝子: THITE_2112714 / プラスミド: pet28SUMO
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
Variant (発現宿主): RIL / 参照: UniProt: G2R014
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-2TM / 5'-O-[(S)-hydroxy{[(S)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]methyl}phosphoryl]cytidine / CMPcPP / 5′-シチジルオキシホスホニルメチルホスホニルオキシホスホン酸


分子量: 481.184 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H18N3O13P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 375 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.07 %
結晶化温度: 298.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1 M sodium formate and 20% polyethylene glycol 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年11月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.45→32.08 Å / Num. obs: 63468 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 12.9 % / Biso Wilson estimate: 18.95 Å2 / CC1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 13
反射 シェル解像度: 1.45→1.54 Å / 冗長度: 12.2 % / Num. unique obs: 10054 / CC1/2: 0.65 / % possible all: 98.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18_3861精密化
PHENIX1.18_3861精密化
XDS1.17.1_3660データ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: XXXX

解像度: 1.45→32.08 Å / SU ML: 0.1282 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 17.729
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1816 3172 5 %
Rwork0.1561 60295 -
obs0.1574 63467 99.65 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 24.63 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.45→32.08 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2798 0 30 375 3203
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01182986
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.20614072
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0871459
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0081521
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d25.4436419
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.45-1.470.27861290.26682477X-RAY DIFFRACTION95.07
1.47-1.490.28681380.24572615X-RAY DIFFRACTION99.89
1.49-1.520.28681360.24432578X-RAY DIFFRACTION99.49
1.52-1.550.27191360.21432599X-RAY DIFFRACTION99.93
1.55-1.570.22481370.20692604X-RAY DIFFRACTION100
1.57-1.60.23291370.19112601X-RAY DIFFRACTION99.96
1.6-1.640.19761380.18142625X-RAY DIFFRACTION100
1.64-1.670.21321360.17352582X-RAY DIFFRACTION100
1.67-1.710.21511380.16822608X-RAY DIFFRACTION99.89
1.71-1.750.20341370.16282602X-RAY DIFFRACTION100
1.75-1.80.19171390.15712638X-RAY DIFFRACTION99.89
1.8-1.850.16911360.15072600X-RAY DIFFRACTION99.85
1.85-1.910.18531370.14782595X-RAY DIFFRACTION99.67
1.91-1.980.17961380.14562618X-RAY DIFFRACTION100
1.98-2.060.17331390.13832649X-RAY DIFFRACTION100
2.06-2.160.18251380.13542620X-RAY DIFFRACTION100
2.16-2.270.1651380.1362620X-RAY DIFFRACTION99.89
2.27-2.410.16941390.13422638X-RAY DIFFRACTION100
2.41-2.60.14461390.13992654X-RAY DIFFRACTION99.71
2.6-2.860.17681390.14752626X-RAY DIFFRACTION99.42
2.86-3.270.16011400.15032674X-RAY DIFFRACTION99.93
3.27-4.120.14161420.14072685X-RAY DIFFRACTION99.86
4.12-32.080.21511460.17442787X-RAY DIFFRACTION99.52
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
19.052491961010.09869261310231.519873013621.50508009634-0.5645866346835.64805912298-0.007551785217390.739588186116-0.00211102452683-0.1128599171790.0746470620040.13436459726-0.150831921653-0.153816192449-0.06337203613230.282315077522-0.0167919853915-0.0185014563457-0.03447495919570.005629958679150.216322758223-22.5664972315-0.278587072151-29.579310049
28.525863001617.49925813317-6.694749329577.24077590225-6.115786978735.325721740420.154671550059-0.07858139350270.1729809838090.176310634125-0.0698693365435-0.151216688884-0.17748480340.258935375729-0.0704220095610.2104332022160.00421726314694-0.02510440243710.2001173810260.006537515144320.199542369694-10.3485499475-4.55660526938-7.42617529358
34.548527606032.66829930597-0.6096428733562.91508031987-0.1035055273711.05341076830.00393923538676-0.183511491392-0.3521988418640.131944806536-0.101189782059-0.1422692894330.0884469719066-0.08914651174670.08508853974410.1426987907260.01660055039530.0004075447967780.1461572675480.02889419605010.133387187779-35.5140945375-25.8507105813-0.927508842938
44.978346798251.17688617165-1.213761234573.985018495250.7040160430184.98578116895-0.01974396395620.2257693721810.01157828066510.116624027005-0.1321374106980.08324584850820.0931101911436-0.302366631450.1482093654860.1510270000570.05587666007290.01042905321750.260516073660.002613336797510.227788703522-47.7890098552-21.7582136149-4.03295037121
55.158437290751.77227782521-0.07287544475257.496814042143.692359615764.0748637108-0.0226452987301-0.1330074617470.1250446945050.0859121769559-0.0815854175630.03950587977090.103388724705-0.07184055432270.1235556414610.1638560101070.0298571190314-0.0005684135250640.1933339246430.02873970202940.165597163658-39.1735765694-19.0750203649-2.44335362404
60.7864660051690.184683685389-0.01656097846292.47166550872-0.1331797632140.85903931076-0.031483799435-0.001185337807550.01780222070240.05994131878070.0176270484840.1245380084-0.0194864503204-0.07452392462110.01858327812040.1579934814550.006723928499960.002939170715550.1653183496635.5260640899E-50.149766480432-22.7724200659-15.5015293568-15.0914216051
71.725807810071.34749679148-0.1351844051834.17682495478-0.6828859181110.919708033611-0.09961082433290.0708972004356-0.136962108867-0.1446257757690.0415933627998-0.2374331807160.1271147374880.06543639613030.06093393347210.1782256281880.02131594426680.01838155052660.161070419687-0.02636776397420.176890921164-16.9782375001-31.8729576429-18.7708551239
80.8215412993760.3703079564740.1622180438861.73018424514-0.3655455789890.863072297687-0.03844713449680.142489039993-0.027575673609-0.06059064104740.0180595524203-0.1473526319710.06775296874420.07369762879390.02823117654620.1510556294940.004203400419730.02069786359110.184364029406-0.005393299195760.171461422426-14.9973908507-16.2498922973-24.299325921
91.062086398460.1994462601530.6118876425520.86250738386-0.2197787184441.824422407360.02150762730450.105340658923-0.0492596787095-0.026484213708-0.04425022880890.1459885881430.107949714709-0.07584411408820.0256811130240.169428233864-0.0206314788709-0.01665942937070.2165238568720.007895107931060.207941045024-31.5140964764-18.9367991171-29.7291872288
102.749086598680.3240084004630.833933773551.896736611020.05111740242712.28431563092-0.1627858174410.002860109842110.215325606564-0.01322579757070.04214073641580.133845286486-0.273377055968-0.08643960117170.1120707382430.222557004070.0147879084038-0.01554694491790.131733494040.009458944819730.225879917278-23.10917184010.963616948714-20.9615523915
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 248 through 273 )248 - 2731 - 26
22chain 'A' and (resid 274 through 294 )274 - 29427 - 51
33chain 'A' and (resid 295 through 353 )295 - 35352 - 117
44chain 'A' and (resid 354 through 378 )354 - 378118 - 146
55chain 'A' and (resid 379 through 397 )379 - 397147 - 167
66chain 'A' and (resid 398 through 457 )398 - 457168 - 229
77chain 'A' and (resid 458 through 487 )458 - 487230 - 263
88chain 'A' and (resid 488 through 534 )488 - 534264 - 314
99chain 'A' and (resid 535 through 564 )535 - 564315 - 350
1010chain 'A' and (resid 565 through 596 )565 - 596351 - 384

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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