PDB-6yvp: Human histidine triad nucleotide-binding protein 2 (hHINT2) compl...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6yvp

タイトル

Human histidine triad nucleotide-binding protein 2 (hHINT2) complexed with dGMP and refined to 2.77 A

要素

Histidine triad nucleotide-binding protein 2, mitochondrial

キーワード

HYDROLASE / Nucleotide binding protein

機能・相同性

機能・相同性情報

negative regulation of peptidyl-lysine acetylation / 加水分解酵素; リン-窒素結合に作用; - / adenosine 5'-monophosphoramidase activity / steroid biosynthetic process / RHOD GTPase cycle / lipid catabolic process / mitochondrial outer membrane / hydrolase activity / nucleotide binding / apoptotic process ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.77 Å

データ登録者

Dolot, R.D. / Krakowiak, A. / Nawrot, B.C.

引用

ジャーナル: Biochim Biophys Acta Gen Subj / 年: 2021
タイトル: Biochemical, crystallographic and biophysical characterization of histidine triad nucleotide-binding protein 2 with different ligands including a non-hydrolyzable analog of Ap4A.
著者: Dolot, R. / Krakowiak, A. / Kaczmarek, R. / Wlodarczyk, A. / Pichlak, M. / Nawrot, B.

履歴

登録	2020年4月28日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年5月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年11月10日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_2 / pdbx_database_proc Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2024年1月24日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6yvp.cif.gz	65.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6yvp.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6yvp.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6yvp_validation.pdf.gz	922.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6yvp_full_validation.pdf.gz	925.5 KB	表示
XML形式データ	6yvp_validation.xml.gz	12.6 KB	表示
CIF形式データ	6yvp_validation.cif.gz	16.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yv/6yvp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yv/6yvp	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6yi0C 6yprC 6ypxC 6yqdSC 6yqmC C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5kly-d 6n3x-d 4eqe-d 4zkl-2 5ipd-d 6j58-d 4eqg-d 3rhn-1 6j64-d 5km0-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#145 - 2012年1月伝令RNAのキャップ形成 (Messenger RNA Capping) 類似性 (3) #86 - 2007年2月エキソソーム (Exosomes) 類似性 (3) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Histidine triad nucleotide-binding protein 2, mitochondrial

BBB: Histidine triad nucleotide-binding protein 2, mitochondrial

ヘテロ分子

35.1 kDa, 2 ポリマー
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1

AAA: Histidine triad nucleotide-binding protein 2, mitochondrial

ヘテロ分子

AAA: Histidine triad nucleotide-binding protein 2, mitochondrial

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
35.1 kDa, 2 ポリマー
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2

BBB: Histidine triad nucleotide-binding protein 2, mitochondrial

ヘテロ分子

BBB: Histidine triad nucleotide-binding protein 2, mitochondrial

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
35.1 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	71.649, 36.531, 86.887
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 103.034, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン: (詳細: Chains AAA BBB)

#1: タンパク質	Histidine triad nucleotide-binding protein 2, mitochondrial / HINT-2 / HINT-3 / HIT-17kDa / PKCI-1-related HIT protein 分子量: 17183.725 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HINT2 / プラスミド: pGAT2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9BX68, 加水分解酵素
#2: 化合物	ChemComp-DGP / 2'-DEOXYGUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE / dGMP 分子量: 347.221 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₄N₅O₇P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 118 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	解説: Needles
結晶化	温度: 281 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 15 % (w/v) PEG6000, 5 % (v/v) glycerol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.9184 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年3月7日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.77→42.32 Å / Num. obs: 5698 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 3.8 % / B_iso Wilson estimate: 31.4 Å² / CC_1/2: 0.985 / R_merge(I) obs: 0.198 / R_pim(I) all: 0.176 / R_rim(I) all: 0.266 / Χ²: 0.95 / Net I/σ(I): 5.5
反射シェル	解像度: 2.77→2.92 Å / 冗長度: 3.9 % / R_merge(I) obs: 0.668 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 814 / CC_1/2: 0.799 / R_pim(I) all: 0.589 / R_rim(I) all: 0.894 / Χ²: 0.94 / % possible all: 99.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
XDS		データ削減
Aimless	0.7.4	データスケーリング
MOLREP	11.7.02	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6YQD:B

6yqd

解像度: 2.77→42.32 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.931 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.862 / SU B: 24.159 / SU ML: 0.45 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.544 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3077	565	9.921 %
R_work	0.2077	-	-
all	0.218	-	-
obs	-	5695	98.649 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 34.978 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.837 Å²	0 Å²	1.086 Å²
2-	-	5.134 Å²	0 Å²
3-	-	-	-3.431 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.77→42.32 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1756	0	46	118	1920

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.005	0.013	1858
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	1757
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.491	1.678	2536
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.139	1.594	4090
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.486	5	224
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.661	22.889	90
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	19.373	15	308
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.269	15	10
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.065	0.2	233
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	2044
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	354
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.196	0.2	373
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.213	0.2	1692
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.153	0.2	855
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.078	0.2	859
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.219	0.2	48
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.137	0.2	13
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.169	0.2	110
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.19	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.576	3.772	898
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.577	3.771	896
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.68	5.651	1121
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.679	5.652	1121
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.376	3.907	959
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.373	3.906	955
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.409	5.815	1414
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.411	5.813	1409
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.975	43.208	1983
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.973	43.226	1982
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.126	0.05	3228

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.77-2.842	0.473	39	0.357	387	0.368	431	0.604	0.631	98.8399	0.342
2.842-2.919	0.535	33	0.324	353	0.34	392	0.607	0.72	98.4694	0.305
2.919-3.003	0.399	40	0.283	358	0.294	405	0.751	0.765	98.2716	0.265
3.003-3.095	0.383	39	0.266	349	0.277	394	0.726	0.804	98.4772	0.247
3.095-3.196	0.373	37	0.239	305	0.254	349	0.795	0.844	97.9943	0.22
3.196-3.308	0.318	42	0.209	340	0.221	385	0.845	0.875	99.2208	0.193
3.308-3.432	0.26	23	0.209	315	0.213	340	0.876	0.898	99.4118	0.196
3.432-3.571	0.348	34	0.198	292	0.212	331	0.859	0.913	98.4894	0.191
3.571-3.729	0.329	30	0.189	289	0.2	322	0.857	0.93	99.0683	0.186
3.729-3.909	0.241	34	0.166	281	0.175	319	0.928	0.945	98.7461	0.157
3.909-4.119	0.282	27	0.172	274	0.182	306	0.891	0.933	98.366	0.165
4.119-4.366	0.291	29	0.181	248	0.194	278	0.9	0.927	99.6403	0.17
4.366-4.664	0.16	26	0.173	239	0.172	269	0.931	0.927	98.513	0.167
4.664-5.032	0.251	26	0.167	220	0.177	251	0.955	0.936	98.008	0.158
5.032-5.505	0.327	21	0.216	201	0.226	224	0.839	0.911	99.1071	0.203
5.505-6.142	0.411	28	0.18	182	0.209	215	0.896	0.938	97.6744	0.169
6.142-7.067	0.336	19	0.199	160	0.211	181	0.929	0.934	98.895	0.189
7.067-8.595	0.192	17	0.138	146	0.143	163	0.949	0.972	100	0.138
8.595-11.913	0.141	10	0.156	121	0.155	132	0.981	0.97	99.2424	0.16
11.913-42.324	0.39	11	0.319	69	0.328	84	0.909	0.921	95.2381	0.353

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関連情報:EMDBヘッダ

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