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- PDB-6yv6: Crystal Structure of Serine protease SplB N2K/N3Q/S154R from Stap... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6yv6
タイトルCrystal Structure of Serine protease SplB N2K/N3Q/S154R from Staphylococcus aureus
要素Serine protease
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / Spl / serine protease-like
機能・相同性
機能・相同性情報


加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ / serine-type endopeptidase activity / proteolysis
類似検索 - 分子機能
Serine proteases, V8 family, histidine active site / Serine proteases, V8 family, histidine active site. / Peptidase S1B, exfoliative toxin / Peptidase S1B / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Serine protease
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.36 Å
データ登録者Rangel Pereira, M.R. / Brear, P. / Knyphausen, P. / Jermutus, L. / Hollfelder, F.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
European Research Council (ERC)695669 英国
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal Structure of Serine protease SplB N2K/N3Q/S154R from Staphylococcus aureus
著者: Knyphausen, P. / Rangel Pereira, M.R. / Brear, P. / Jermutus, L. / Hollfelder, F.
履歴
登録2020年4月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年5月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serine protease
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,2284
ポリマ－22,6451
非ポリマー5833
水2,018112
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1140 Å2
ΔGint2 kcal/mol
Surface area9630 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)130.690, 44.310, 30.810
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 92.940, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Serine protease


分子量: 22645.434 Da / 分子数: 1 / 断片: SPLB PROTEASE / 変異: N2K/N3Q/S154R / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
遺伝子: splB / プラスミド: pRSF / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: A0A2D1PJH6, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ
#2: 化合物 ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400


分子量: 238.278 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O6 / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 112 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.37 % / Mosaicity: 0 °
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: PEG3350 30%, TRIS-Cl pH 8.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年9月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.36→32.63 Å / Num. obs: 37738 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 7.2 % / Biso Wilson estimate: 20.31 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.052 / Rpim(I) all: 0.021 / Rrim(I) all: 0.057 / Net I/σ(I): 15.2 / Num. measured all: 271636 / Scaling rejects: 18
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / 冗長度: 6.6 %

解像度 (Å)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.36-1.41.5271842528030.5570.6411.6621.199.4
6.08-32.630.02629724510.9990.0110.0295198.9

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XDSデータ削減
Aimless0.7.1データスケーリング
PHASER位相決定
BUSTER2.10.3精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2VID

2vid


解像度: 1.36→19.36 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.959 / SU R Cruickshank DPI: 0.061 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.061 / SU Rfree Blow DPI: 0.059 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.06
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.204 1912 5.07 %RANDOM
Rwork0.189 ---
obs0.19 37724 99.4 %-
原子変位パラメータBiso max: 110.34 Å2 / Biso mean: 28.11 Å2 / Biso min: 13.03 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.16 Å20 Å20.7287 Å2
2---7.5589 Å20 Å2
3---2.399 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.36→19.36 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1551 0 36 113 1700
Biso mean--51.04 36.57 -
残基数----200
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d592SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes39HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes241HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it1667HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion212SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact2085SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d1667HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg2245HARMONIC21.14
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion4.53
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion15.52
LS精密化 シェル解像度: 1.36→1.4 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 19
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2431 159 5.4 %
Rwork0.226 2788 -
all0.2269 2947 -
obs--99.35 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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