PDB-6yur: Crystal structure of S. aureus FabI inhibited by SKTS1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6yur

タイトル

Crystal structure of S. aureus FabI inhibited by SKTS1

要素

Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADPH]

キーワード

OXIDOREDUCTASE / bacterial enoyl-ACP reductase / diphenylether / residence time

機能・相同性

機能・相同性情報

enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADPH, Re-specific) / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADPH) activity / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) activity / fatty acid biosynthetic process / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.96 Å

データ登録者

Weinrich, J.D. / Eltschkner, S. / Schiebel, J. / Kehrein, J. / Le, T.A. / Davoodi, S. / Merget, B. / Tonge, P.J. / Engels, B. / Sotriffer, C.A. / Kisker, C.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: Acs Infect Dis. / 年: 2021
タイトル: A Long Residence Time Enoyl-Reductase Inhibitor Explores an Extended Binding Region with Isoenzyme-Dependent Tautomer Adaptation and Differential Substrate-Binding Loop Closure.
著者: Eltschkner, S. / Kehrein, J. / Le, T.A. / Davoodi, S. / Merget, B. / Basak, S. / Weinrich, J.D. / Schiebel, J. / Tonge, P.J. / Engels, B. / Sotriffer, C. / Kisker, C.

履歴

登録	2020年4月27日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年3月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年4月21日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6yur.cif.gz	820.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6yur.ent.gz	686.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6yur.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6yur_validation.pdf.gz	4.7 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6yur_full_validation.pdf.gz	4.7 MB	表示
XML形式データ	6yur_validation.xml.gz	89 KB	表示
CIF形式データ	6yur_validation.cif.gz	116 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yu/6yur ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yu/6yur	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6yuuC 4bnhS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6tbb-1 4bnm-1 4d45-1 6tbb-2 4ali-2 4bni-2 4bnj-1 4bnk-2 2qio-d 6tbc-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (2) #77 - 2006年5月ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADPH]

B: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADPH]

C: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADPH]

D: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADPH]

E: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADPH]

F: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADPH]

G: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADPH]

H: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADPH]

ヘテロ分子

258 kDa, 8 ポリマー
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1

E: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADPH]

G: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADPH]

ヘテロ分子

A: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADPH]

F: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADPH]

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
129 kDa, 4 ポリマー
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2

A: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADPH]

F: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADPH]

ヘテロ分子

E: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADPH]

G: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADPH]

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
129 kDa, 4 ポリマー
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3

B: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADPH]

C: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADPH]

D: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADPH]

H: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADPH]

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
129 kDa, 4 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	90.349, 94.560, 94.781
Angle α, β, γ (deg.)	98.47, 111.71, 97.42
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	VAL	VAL	ILE	ILE	A	A	2 - 255	28 - 281
2	1	VAL	VAL	ILE	ILE	B	B	2 - 255	28 - 281
1	2	VAL	VAL	LYS	LYS	A	A	2 - 256	28 - 282
2	2	VAL	VAL	LYS	LYS	C	C	2 - 256	28 - 282
1	3	VAL	VAL	ILE	ILE	A	A	2 - 255	28 - 281
2	3	VAL	VAL	ILE	ILE	D	D	2 - 255	28 - 281
1	4	VAL	VAL	ILE	ILE	A	A	2 - 255	28 - 281
2	4	VAL	VAL	ILE	ILE	E	E	2 - 255	28 - 281
1	5	VAL	VAL	ILE	ILE	A	A	2 - 255	28 - 281
2	5	VAL	VAL	ILE	ILE	F	F	2 - 255	28 - 281
1	6	ASN	ASN	ILE	ILE	A	A	3 - 255	29 - 281
2	6	ASN	ASN	ILE	ILE	G	G	3 - 255	29 - 281
1	7	VAL	VAL	LYS	LYS	A	A	2 - 256	28 - 282
2	7	VAL	VAL	LYS	LYS	H	H	2 - 256	28 - 282
1	8	VAL	VAL	ILE	ILE	B	B	2 - 255	28 - 281
2	8	VAL	VAL	ILE	ILE	C	C	2 - 255	28 - 281
1	9	MET	MET	LYS	LYS	B	B	1 - 256	27 - 282
2	9	MET	MET	LYS	LYS	D	D	1 - 256	27 - 282
1	10	MET	MET	LYS	LYS	B	B	1 - 256	27 - 282
2	10	MET	MET	LYS	LYS	E	E	1 - 256	27 - 282
1	11	MET	MET	LYS	LYS	B	B	1 - 256	27 - 282
2	11	MET	MET	LYS	LYS	F	F	1 - 256	27 - 282
1	12	ASN	ASN	ILE	ILE	B	B	3 - 255	29 - 281
2	12	ASN	ASN	ILE	ILE	G	G	3 - 255	29 - 281
1	13	VAL	VAL	ILE	ILE	B	B	2 - 255	28 - 281
2	13	VAL	VAL	ILE	ILE	H	H	2 - 255	28 - 281
1	14	VAL	VAL	ILE	ILE	C	C	2 - 255	28 - 281
2	14	VAL	VAL	ILE	ILE	D	D	2 - 255	28 - 281
1	15	VAL	VAL	ILE	ILE	C	C	2 - 255	28 - 281
2	15	VAL	VAL	ILE	ILE	E	E	2 - 255	28 - 281
1	16	VAL	VAL	ILE	ILE	C	C	2 - 255	28 - 281
2	16	VAL	VAL	ILE	ILE	F	F	2 - 255	28 - 281
1	17	ASN	ASN	ILE	ILE	C	C	3 - 255	29 - 281
2	17	ASN	ASN	ILE	ILE	G	G	3 - 255	29 - 281
1	18	VAL	VAL	LYS	LYS	C	C	2 - 256	28 - 282
2	18	VAL	VAL	LYS	LYS	H	H	2 - 256	28 - 282
1	19	MET	MET	LYS	LYS	D	D	1 - 256	27 - 282
2	19	MET	MET	LYS	LYS	E	E	1 - 256	27 - 282
1	20	MET	MET	LYS	LYS	D	D	1 - 256	27 - 282
2	20	MET	MET	LYS	LYS	F	F	1 - 256	27 - 282
1	21	ASN	ASN	ILE	ILE	D	D	3 - 255	29 - 281
2	21	ASN	ASN	ILE	ILE	G	G	3 - 255	29 - 281
1	22	VAL	VAL	ILE	ILE	D	D	2 - 255	28 - 281
2	22	VAL	VAL	ILE	ILE	H	H	2 - 255	28 - 281
1	23	MET	MET	LYS	LYS	E	E	1 - 256	27 - 282
2	23	MET	MET	LYS	LYS	F	F	1 - 256	27 - 282
1	24	ASN	ASN	ILE	ILE	E	E	3 - 255	29 - 281
2	24	ASN	ASN	ILE	ILE	G	G	3 - 255	29 - 281
1	25	VAL	VAL	ILE	ILE	E	E	2 - 255	28 - 281
2	25	VAL	VAL	ILE	ILE	H	H	2 - 255	28 - 281
1	26	ASN	ASN	ILE	ILE	F	F	3 - 255	29 - 281
2	26	ASN	ASN	ILE	ILE	G	G	3 - 255	29 - 281
1	27	VAL	VAL	ILE	ILE	F	F	2 - 255	28 - 281
2	27	VAL	VAL	ILE	ILE	H	H	2 - 255	28 - 281
1	28	ASN	ASN	ILE	ILE	G	G	3 - 255	29 - 281
2	28	ASN	ASN	ILE	ILE	H	H	3 - 255	29 - 281

NCSアンサンブル:

#1: タンパク質	Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADPH] / ENR 分子量: 31144.240 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: N-terminal His6-tag 由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: A0A0J9X1X7, enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADPH, Re-specific)
#2: 化合物	ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE 分子量: 743.405 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₈N₇O₁₇P₃
#3: 化合物	ChemComp-F9T / 6-[4-(4-hexyl-2-oxidanyl-phenoxy)phenoxy]pyridin-2-ol 分子量: 379.449 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₃H₂₅NO₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 806 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.93 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.97 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.1 M Na/K-PO4, pH 6.5, 35 % MPD

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.976251 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年4月24日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.976251 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.96→49.55 Å / Num. obs: 185831 / % possible obs: 91.6 % / 冗長度: 3.7 % / CC_1/2: 0.994 / R_merge(I) obs: 0.138 / Net I/σ(I): 4.7
反射シェル	解像度: 1.96→1.99 Å / 冗長度: 3.8 % / Mean I/σ(I) obs: 0.4 / Num. unique obs: 9361 / CC_1/2: 0.345 / % possible all: 93.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0222	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4BNH

4bnh

解像度: 1.96→49.55 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.952 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.933 / SU B: 13.724 / SU ML: 0.183 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.189 / ESU R Free: 0.166 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25956	9068	4.9 %	RANDOM
R_work	0.22972	-	-	-
obs	0.23118	176747	91.63 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 39.379 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.78 Å²	0.34 Å²	0.31 Å²
2-	-	-0.61 Å²	-0.42 Å²
3-	-	-	-0.2 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.96→49.55 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	15721	0	608	806	17135

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.015	16715
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	15256
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.822	1.785	22624
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.571	1.765	35669
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.646	5	2067
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.164	21.621	654
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.698	15	2556
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.9	15	91
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.074	0.2	2159
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	18674
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2930
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.217	1.778	8244
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.217	1.778	8245
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.949	2.66	10307
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.949	2.66	10308
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.491	2.074	8471
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.491	2.074	8472
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.388	3.049	12313
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	5.264	22.862	18696
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	5.24	22.6	18564
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	8150	0.04
1	2	B	8150	0.04
2	1	A	8216	0.04
2	2	C	8216	0.04
3	1	A	8132	0.05
3	2	D	8132	0.05
4	1	A	8157	0.04
4	2	E	8157	0.04
5	1	A	8157	0.05
5	2	F	8157	0.05
6	1	A	8133	0.04
6	2	G	8133	0.04
7	1	A	8171	0.05
7	2	H	8171	0.05
8	1	B	8152	0.04
8	2	C	8152	0.04
9	1	B	8216	0.04
9	2	D	8216	0.04
10	1	B	8209	0.03
10	2	E	8209	0.03
11	1	B	8217	0.05
11	2	F	8217	0.05
12	1	B	8069	0.05
12	2	G	8069	0.05
13	1	B	8088	0.05
13	2	H	8088	0.05
14	1	C	8131	0.05
14	2	D	8131	0.05
15	1	C	8127	0.05
15	2	E	8127	0.05
16	1	C	8137	0.05
16	2	F	8137	0.05
17	1	C	8065	0.05
17	2	G	8065	0.05
18	1	C	8128	0.05
18	2	H	8128	0.05
19	1	D	8251	0.04
19	2	E	8251	0.04
20	1	D	8245	0.06
20	2	F	8245	0.06
21	1	D	8109	0.05
21	2	G	8109	0.05
22	1	D	8133	0.05
22	2	H	8133	0.05
23	1	E	8207	0.05
23	2	F	8207	0.05
24	1	E	8080	0.05
24	2	G	8080	0.05
25	1	E	8086	0.05
25	2	H	8086	0.05
26	1	F	8089	0.06
26	2	G	8089	0.06
27	1	F	8106	0.06
27	2	H	8106	0.06
28	1	G	8115	0.04
28	2	H	8115	0.04

LS精密化シェル

解像度: 1.96→2.011 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.453	654	-
R_work	0.448	13343	-
obs	-	-	93.2 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.0667	0.961	1.3229	5.6227	1.2522	3.9097	-0.0648	0.0989	-0.1724	0.3244	0.1427	-0.3992	0.0485	0.4046	-0.0779	0.2335	0.0253	0.083	0.1819	0.0071	0.0816	12.5999	32.9227	20.6788
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44	2.2813	0.1679	-0.0795	1.6828	-0.0832	1.5797	0.0771	0.1336	-0.2767	-0.1276	-0.0571	0.215	0.0403	-0.1351	-0.02	0.2724	-0.0354	0.1222	0.0612	-0.0864	0.1989	-27.5555	-14.7426	14.3296
45	2.6521	-0.3662	0.189	2.4747	-0.5255	3.3833	0.0242	-0.2682	-0.2523	0.1317	0.0141	0.4673	0.3615	-0.5225	-0.0382	0.2867	-0.0749	0.0788	0.1427	-0.0609	0.2472	-37.4849	-12.5384	20.246
46	2.4219	1.0177	1.6205	6.3719	0.232	5.467	0.1728	-0.5651	-0.3932	0.4701	-0.0142	0.1516	0.2872	-0.4447	-0.1586	0.2371	-0.0359	0.1246	0.2847	0.006	0.3439	-41.5194	-4.6867	32.9262
47	1.0727	0.5445	0.0549	3.1272	-0.031	0.8242	0.0057	-0.072	-0.0671	-0.1956	-0.0451	0.4469	0.037	-0.192	0.0394	0.2219	-0.0399	0.1171	0.1177	-0.0745	0.2231	-34.4165	-2.3668	17.8039

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 30
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	31 - 98
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	99 - 135
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	136 - 203
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	204 - 222
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	223 - 256
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	2 - 30
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	31 - 98
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	99 - 135
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	136 - 256
11	X-RAY DIFFRACTION	11	C	2 - 69
12	X-RAY DIFFRACTION	12	C	70 - 135
13	X-RAY DIFFRACTION	13	C	136 - 256
14	X-RAY DIFFRACTION	14	D	2 - 30
15	X-RAY DIFFRACTION	15	D	31 - 53
16	X-RAY DIFFRACTION	16	D	54 - 98
17	X-RAY DIFFRACTION	17	D	99 - 122
18	X-RAY DIFFRACTION	18	D	123 - 181
19	X-RAY DIFFRACTION	19	D	182 - 222
20	X-RAY DIFFRACTION	20	D	223 - 256
21	X-RAY DIFFRACTION	21	E	2 - 30
22	X-RAY DIFFRACTION	22	E	31 - 53
23	X-RAY DIFFRACTION	23	E	54 - 98
24	X-RAY DIFFRACTION	24	E	99 - 135
25	X-RAY DIFFRACTION	25	E	136 - 181
26	X-RAY DIFFRACTION	26	E	182 - 203
27	X-RAY DIFFRACTION	27	E	204 - 222
28	X-RAY DIFFRACTION	28	E	223 - 256
29	X-RAY DIFFRACTION	29	F	2 - 30
30	X-RAY DIFFRACTION	30	F	31 - 84
31	X-RAY DIFFRACTION	31	F	85 - 122
32	X-RAY DIFFRACTION	32	F	123 - 181
33	X-RAY DIFFRACTION	33	F	182 - 203
34	X-RAY DIFFRACTION	34	F	204 - 222
35	X-RAY DIFFRACTION	35	F	223 - 256
36	X-RAY DIFFRACTION	36	G	3 - 41
37	X-RAY DIFFRACTION	37	G	42 - 69
38	X-RAY DIFFRACTION	38	G	70 - 157
39	X-RAY DIFFRACTION	39	G	158 - 256
40	X-RAY DIFFRACTION	40	H	2 - 30
41	X-RAY DIFFRACTION	41	H	31 - 54
42	X-RAY DIFFRACTION	42	H	55 - 98
43	X-RAY DIFFRACTION	43	H	99 - 122
44	X-RAY DIFFRACTION	44	H	123 - 181
45	X-RAY DIFFRACTION	45	H	182 - 203
46	X-RAY DIFFRACTION	46	H	204 - 222
47	X-RAY DIFFRACTION	47	H	223 - 256

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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