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- PDB-6yuc: Crystal structure of Uba4-Urm1 from Chaetomium thermophilum -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6yuc
タイトルCrystal structure of Uba4-Urm1 from Chaetomium thermophilum
要素
  • Adenylyltransferase and sulfurtransferase uba4
  • Ubiquitin-related modifier 1
キーワードTRANSFERASE / Ubiquitin-like protein activator 4
機能・相同性
機能・相同性情報


molybdopterin synthase sulfurtransferase / URM1 activating enzyme activity / molybdopterin-synthase sulfurtransferase activity / molybdopterin-synthase adenylyltransferase / molybdopterin-synthase adenylyltransferase activity / tRNA thio-modification / protein urmylation / tRNA wobble position uridine thiolation / thiosulfate-cyanide sulfurtransferase activity / tRNA wobble uridine modification ...molybdopterin synthase sulfurtransferase / URM1 activating enzyme activity / molybdopterin-synthase sulfurtransferase activity / molybdopterin-synthase adenylyltransferase / molybdopterin-synthase adenylyltransferase activity / tRNA thio-modification / protein urmylation / tRNA wobble position uridine thiolation / thiosulfate-cyanide sulfurtransferase activity / tRNA wobble uridine modification / Mo-molybdopterin cofactor biosynthetic process / ATP binding / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Adenylyltransferase and sulfurtransferase MOCS3/Uba4 / Ubiquitin-related modifier 1 / Urm1 (Ubiquitin related modifier) / Molybdopterin synthase/thiamin biosynthesis sulphur carrier, beta-grasp / ThiF/MoeB/HesA family / THIF-type NAD/FAD binding fold / ThiF family / Ubiquitin-activating enzyme / Rhodanese Homology Domain / Rhodanese-like domain ...Adenylyltransferase and sulfurtransferase MOCS3/Uba4 / Ubiquitin-related modifier 1 / Urm1 (Ubiquitin related modifier) / Molybdopterin synthase/thiamin biosynthesis sulphur carrier, beta-grasp / ThiF/MoeB/HesA family / THIF-type NAD/FAD binding fold / ThiF family / Ubiquitin-activating enzyme / Rhodanese Homology Domain / Rhodanese-like domain / Rhodanese domain profile. / Rhodanese-like domain superfamily / Rhodanese-like domain / Beta-grasp domain superfamily / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Adenylyltransferase and sulfurtransferase uba4 / Ubiquitin-related modifier 1
類似検索 - 構成要素
生物種Chaetomium thermophilum (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.15 Å
データ登録者Grudnik, P. / Pabis, M. / Ethiraju Ravichandran, K. / Glatt, S.
資金援助 ポーランド, 3件
組織認可番号国
Polish National Science Centre2018/31/B/NZ1/03559 ポーランド
Foundation for Polish ScienceFirstTEAM/2016-1/2 ポーランド
Foundation for Polish ScienceTEAM TECH CORE FACILITY/2017-4/6 ポーランド
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2020
タイトル: Molecular basis for the bifunctional Uba4-Urm1 sulfur-relay system in tRNA thiolation and ubiquitin-like conjugation.
著者: Pabis, M. / Termathe, M. / Ravichandran, K.E. / Kienast, S.D. / Krutyholowa, R. / Sokolowski, M. / Jankowska, U. / Grudnik, P. / Leidel, S.A. / Glatt, S.
履歴
登録2020年4月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年7月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年9月30日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22020年10月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.32024年5月1日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
D: Adenylyltransferase and sulfurtransferase uba4
G: Ubiquitin-related modifier 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,7533
ポリマ－43,6882
非ポリマー651
水00
1
D: Adenylyltransferase and sulfurtransferase uba4
G: Ubiquitin-related modifier 1
ヘテロ分子

D: Adenylyltransferase and sulfurtransferase uba4
G: Ubiquitin-related modifier 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,5066
ポリマ－87,3754
非ポリマー1312
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_556y,x,-z+11
Buried area9280 Å2
ΔGint-57 kcal/mol
Surface area31060 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)197.735, 197.735, 99.566
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number155
Space group name H-MH32

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要素

#1: タンパク質 Adenylyltransferase and sulfurtransferase uba4


分子量: 32266.564 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum (菌類) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: G0SC54, molybdopterin-synthase adenylyltransferase, molybdopterin synthase sulfurtransferase
#2: タンパク質 Ubiquitin-related modifier 1


分子量: 11421.012 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum (菌類) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G0SE11
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 72.62 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M HEPES pH 7.5 and 20 % (w/v) PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 11.2C / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年5月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.15→42.87 Å / Num. obs: 13003 / % possible obs: 99.78 % / 冗長度: 9.9 % / Biso Wilson estimate: 166.81 Å2 / CC1/2: 1 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.06226 / Rpim(I) all: 0.02106 / Rrim(I) all: 0.066 / Net I/σ(I): 18.85
反射 シェル解像度: 3.15→3.263 Å / Rmerge(I) obs: 5.447 / Num. unique obs: 1279 / CC1/2: 0.297 / CC star: 0.664 / Rpim(I) all: 1.91 / Rrim(I) all: 4.72

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: D_1292108208

解像度: 3.15→42.87 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.924 / SU B: 28.309 / SU ML: 0.452 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.503 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2631 503 5 %RANDOM
Rwork0.2103 ---
obs0.2131 10082 77.62 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 337.5 Å2 / Biso mean: 142.709 Å2 / Biso min: 30 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.01 Å20.5 Å2-0 Å2
2--1.01 Å2-0 Å2
3----3.27 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.15→42.87 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2879 0 1 0 2880
Biso mean--110.05 --
残基数----385
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0132937
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0172784
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5251.6433990
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.131.5726487
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg21.5225.551399
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.57724.513113
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg21.30115475
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.4821510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0210.2397
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined00.023747
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other00.02515
LS精密化 シェル解像度: 3.153→3.234 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.89 13 -
Rwork1.299 164 -
all-177 -
obs--18.77 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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