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- PDB-6ytt: CO-dehydrogenase/Acetyl-CoA synthase (CODH/ACS) from Clostridium ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ytt
タイトルCO-dehydrogenase/Acetyl-CoA synthase (CODH/ACS) from Clostridium autoethanogenum at 3.0-A resolution
要素
  • CO dehydrogenase/acetyl-CoA synthase complex, beta subunit
  • Carbon-monoxide dehydrogenase (Acceptor),Carbon-monoxide dehydrogenase (Acceptor)
キーワードOXIDOREDUCTASE / C1-Metabolism / Carbon monoxide / metalloprotein / Acetogenic bacteria / Acetogenesis / CO-dehydrogenase/Acetyl-CoA synthase / X-ray crystal structure / Gas channeling / Waste-gas conversion.
機能・相同性
機能・相同性情報


carbon-monoxide dehydrogenase (acceptor) / CO-methylating acetyl-CoA synthase / CO-methylating acetyl-CoA synthase activity / : / acetyl-CoA metabolic process / nickel cation binding / generation of precursor metabolites and energy / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
CO dehydrogenase/acetyl-CoA synthase complex beta subunit , C-terminal / CO dehydrogenase/acetyl-CoA synthase complex beta subunit / Bifunctional carbon monoxide dehydrogenase/acetyl-coa synthase, domain 3 superfamily / Carbon monoxide dehydrogenase subunit alpha ,N-terminal / CO dehydrogenase/acetyl-CoA synthase complex beta subunit / Carbon monoxide dehydrogenase subunit alpha N-terminal domain / ACS/CODH beta subunit C-terminal / CO dehydrogenase, alpha-bundle / Hydroxylamine reductase/Ni-containing CO dehydrogenase / Prismane/CO dehydrogenase family ...CO dehydrogenase/acetyl-CoA synthase complex beta subunit , C-terminal / CO dehydrogenase/acetyl-CoA synthase complex beta subunit / Bifunctional carbon monoxide dehydrogenase/acetyl-coa synthase, domain 3 superfamily / Carbon monoxide dehydrogenase subunit alpha ,N-terminal / CO dehydrogenase/acetyl-CoA synthase complex beta subunit / Carbon monoxide dehydrogenase subunit alpha N-terminal domain / ACS/CODH beta subunit C-terminal / CO dehydrogenase, alpha-bundle / Hydroxylamine reductase/Ni-containing CO dehydrogenase / Prismane/CO dehydrogenase family / Prismane-like, alpha/beta-sandwich / Prismane-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
FLUORIDE ION / NICKEL (II) ION / IRON/SULFUR CLUSTER / FE(4)-NI(1)-S(4) CLUSTER / Carbon-monoxide dehydrogenase (Acceptor) / CO-methylating acetyl-CoA synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Clostridium autoethanogenum DSM 10061 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3.01 Å
データ登録者Wagner, T. / Lemaire, O.N.
資金援助 ドイツ, 2件
組織認可番号国
Max Planck Society ドイツ
German Research Foundation (DFG)DFG-SPP 1927 WA 4053/1-1 ドイツ
引用ジャーナル: Biochim Biophys Acta Bioenerg / 年: 2020
タイトル: Gas channel rerouting in a primordial enzyme: Structural insights of the carbon-monoxide dehydrogenase/acetyl-CoA synthase complex from the acetogen Clostridium autoethanogenum.
著者: Lemaire, O.N. / Wagner, T.
履歴
登録2020年4月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年11月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年11月11日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.22024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CO dehydrogenase/acetyl-CoA synthase complex, beta subunit
B: Carbon-monoxide dehydrogenase (Acceptor),Carbon-monoxide dehydrogenase (Acceptor)
C: Carbon-monoxide dehydrogenase (Acceptor),Carbon-monoxide dehydrogenase (Acceptor)
D: CO dehydrogenase/acetyl-CoA synthase complex, beta subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)294,78243
ポリマ－289,9374
非ポリマー4,84439
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, Core of dimeric CO-Dehydrogenase flanked by Acetyl-CoA synthase subunits
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area20280 Å2
ΔGint-282 kcal/mol
Surface area95790 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)298.943, 298.943, 128.895
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number94
Space group name H-MP42212

-
要素

-
タンパク質 , 2種, 4分子 ADBC

#1: タンパク質 CO dehydrogenase/acetyl-CoA synthase complex, beta subunit


分子量: 76991.070 Da / 分子数: 2 / 変異: wild-type / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Clostridium autoethanogenum DSM 10061 (バクテリア)
細胞株: / / 器官: / / Plasmid details: / / Variant: / / 組織: / / 参照: UniProt: U5RWA4, CO-methylating acetyl-CoA synthase
#2: タンパク質 Carbon-monoxide dehydrogenase (Acceptor),Carbon-monoxide dehydrogenase (Acceptor)


分子量: 67977.531 Da / 分子数: 2 / 変異: wild-type / 由来タイプ: 天然
詳細: A stop codon is present in the gene and the CODH seems to be split in two peptides. However, experimental evidence proved that a stop codon read-through occurs leading to a cysteine (C401).,A ...詳細: A stop codon is present in the gene and the CODH seems to be split in two peptides. However, experimental evidence proved that a stop codon read-through occurs leading to a cysteine (C401).,A stop codon is present in the gene and the CODH seems to be split in two peptides. However, experimental evidence proved that a stop codon read-through occurs leading to a cysteine (C401).
由来: (天然) Clostridium autoethanogenum DSM 10061 (バクテリア)
細胞株: / / 器官: / / Plasmid details: / / Variant: / / 組織: /
参照: UniProt: U5RTE2, carbon-monoxide dehydrogenase (acceptor)

-
非ポリマー , 7種, 39分子

#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-PE4 / 2-{2-[2-(2-{2-[2-(2-ETHOXY-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHANOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG4000 / ヘプタエチレングリコ-ルモノエチルエ-テル


分子量: 354.436 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H34O8 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 化合物
ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物
ChemComp-F / FLUORIDE ION / フルオリド


分子量: 18.998 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: F
#7: 化合物
ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#8: 化合物 ChemComp-XCC / FE(4)-NI(1)-S(4) CLUSTER / C CLUSTER


分子量: 410.333 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4NiS4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#9: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.56 % / 解説: Brown tetragonal bi-pyramid
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: All crystallization were performed in anoxic chamber (N2/H2, 95:5 %) with anaerobic solutions. Crystals were obtained by initial screening at 291.15 K using the sitting drop method on a 96- ...詳細: All crystallization were performed in anoxic chamber (N2/H2, 95:5 %) with anaerobic solutions. Crystals were obtained by initial screening at 291.15 K using the sitting drop method on a 96-well MRC 2 Crystallization Plates in polystyrene (SWISSCI). The crystallization reservoir contained 90 uL of mother liquor, crystallization drop contained a mixture of 0.6 uL protein and 0.6 uL precipitant. The best diffracting crystal of CaCODH/ACS from heterotrophic growth on fructose was obtained by initial screening using the Wizard 3 & 4 screen from Jena Bioscience. The crystallization reservoir contained 100 mM BIS-TRIS propane, pH 6.5; 200 mM Sodium fluoride and 20% (w/v) Polyethylene glycol 3,350. The initial protein concentration was 16.4 mg/mL.
PH範囲: / / Temp details: fluctuation of 1K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 1.74281 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年5月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.74281 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.007→49.15 Å / Num. obs: 81409 / % possible obs: 96.5 % / 冗長度: 15 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.162 / Rpim(I) all: 0.043 / Rrim(I) all: 0.168 / Net I/σ(I): 14.2
反射 シェル解像度: 3.007→3.315 Å / 冗長度: 17.5 % / Rmerge(I) obs: 1.976 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 4070 / CC1/2: 0.646 / Rpim(I) all: 0.485 / Rrim(I) all: 2.035 / % possible all: 78.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
STARANISOデータスケーリング
AutoSol位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 3.01→49.146 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.85 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2201 4156 5.11 %
Rwork0.1917 77245 -
obs0.1932 81401 70.38 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 278.84 Å2 / Biso mean: 98.4789 Å2 / Biso min: 23.55 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.01→49.146 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数20215 0 174 0 20389
Biso mean--116.6 --
残基数----2672
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.01-3.040.375260.362179852
3.04-3.080.3728100.35251681785
3.08-3.110.3809130.32312983118
3.11-3.150.3354350.360748952414
3.15-3.20.3872310.342857360416
3.2-3.240.3222360.312771975520
3.24-3.290.3273480.306388092824
3.29-3.330.2798650.2911094115931
3.33-3.390.3274920.2831399149139
3.39-3.440.3036980.28161698179647
3.44-3.50.30541060.26962131223759
3.5-3.570.30451330.24852528266169
3.57-3.630.29421700.24082892306281
3.63-3.710.28931620.24043282344490
3.71-3.790.27212070.22973549375697
3.79-3.880.25241950.22436343829100
3.88-3.970.23512070.209436073814100
3.97-4.080.20771860.18936453831100
4.08-4.20.19521730.177836823855100
4.2-4.340.20311740.168536893863100
4.34-4.490.19381900.154236313821100
4.49-4.670.19391940.148436653859100
4.67-4.880.18411960.15536773873100
4.88-5.140.17461800.162437063886100
5.14-5.460.16811880.175736803868100
5.46-5.880.22412270.191636823909100
5.88-6.470.23492070.198637033910100
6.47-7.410.23512020.237313933100
7.41-9.320.17931910.163338023993100
9.32-49.150.21452340.191639324166100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.19270.8979-0.19073.88340.39592.02230.17730.25970.4891-0.1362-0.17080.79-0.3751-0.4951-0.01470.8380.4529-0.03880.8009-0.03341.108348.77187.694823.846
25.6907-2.1431-2.345.24420.90733.0282-0.25050.2033-1.81190.4989-0.64581.3981.3524-0.39870.971.32220.02020.08461.2403-0.11991.784110.474379.863937.303
34.7266-1.3866-0.0228.92830.02062.4578-0.4728-1.11110.35091.59670.84510.53020.5057-0.2485-0.32031.09680.12350.13361.3383-0.08730.710414.1783106.984144.825
42.6249-0.87020.67043.1344-0.13183.13710.22730.1511-0.37860.1592-0.10660.03280.71380.1283-0.14560.67180.0123-0.08040.42450.08350.3645121.7403-22.34543.5145
53.51510.7959-1.19622.20531.35918.2440.7617-0.22890.21180.3186-0.21180.0462-1.2841-0.1322-0.5841.09380.1036-0.03420.7126-0.20010.914694.8056-18.5766-0.5079
61.3371-0.7713-0.05452.88370.87242.813-0.1198-0.12970.28650.37740.0611-0.3184-0.40070.31020.01940.42090.0479-0.05580.40980.05550.3593109.714439.748437.3619
75.91131.0506-2.35052.10040.45987.1618-0.31310.4154-0.3643-0.09040.05710.70120.9492-1.19910.42980.5504-0.1209-0.01140.7119-0.09070.535386.146410.496721.7406
82.6468-0.05340.40092.37420.16312.0871-0.0303-0.4327-0.05650.612-0.04320.7042-0.0857-0.8170.00670.4621-0.00540.17450.60030.00320.453789.451424.717141.6607
90.6598-0.26590.49962.0386-1.11752.09450.07290.34210.0744-0.2222-0.1603-0.04270.07160.13140.0780.22270.01940.03420.50970.03050.2944110.5220.450121.5971
101.63320.0533-0.3215.6711-0.6132.1080.0262-0.203-0.03950.9403-0.1492-0.1788-0.15520.09030.17730.36440.0003-0.00340.4552-0.00950.2792108.441620.245846.7165
114.6741-2.1016-3.51483.34860.85555.2488-0.1423-0.43460.82430.58820.2775-0.4159-0.41790.3848-0.13680.6148-0.056-0.12590.5344-0.040.4962102.741857.061347.1095
122.31710.74050.36912.9728-0.16220.52580.2363-0.6027-0.39660.4125-0.56210.0322-0.01540.20620.38520.41040.09630.05210.5392-0.03170.457387.329241.893738.2079
139.0802-0.48624.99796.02154.30758.85830.55680.59740.4510.0757-0.51140.9601-0.1538-1.5545-0.04540.62420.12570.33291.05760.11941.104660.714736.308440.264
142.6165-0.71530.1192.0761.0080.64260.17110.221-0.227-0.1944-0.02481.1132-0.0088-0.9448-0.03680.40440.12660.02220.8326-0.0690.699974.536738.893828.3474
150.7117-0.58980.50632.0930.21011.6346-0.0839-0.47330.10240.76620.19880.426-0.1843-0.4366-0.1380.69790.15060.19610.7066-0.04940.571280.019947.908752.2341
161.7985-1.26220.24541.3639-0.6951.537-0.2172-0.6022-0.13521.29110.20330.24870.1138-0.48-0.09121.11940.24120.33280.8976-0.01030.60580.390743.848265.5157
172.8485-0.49021.34742.15390.00091.6972-0.1746-0.33810.54340.5264-0.01820.4342-0.3356-0.39940.14810.74610.26060.11270.5989-0.08980.631570.537865.479240.7049
186.6224-2.16770.9012.7201-0.55011.85320.02510.6120.69520.1851-0.27730.1607-0.4384-0.04210.23610.51160.09980.01850.4369-0.04260.508283.925560.074229.7762
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'D' and (resid 1 through 311 )D1 - 311
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'D' and (resid 312 through 473 )D312 - 473
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'D' and (resid 474 through 708 )D474 - 708
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 1 through 320 )A1 - 320
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 321 through 708 )A321 - 708
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 3 through 105 )B3 - 105
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 106 through 136 )B106 - 136
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 137 through 217 )B137 - 217
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 218 through 523 )B218 - 523
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 524 through 631 )B524 - 631
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 2 through 73 )C2 - 73
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 74 through 106 )C74 - 106
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 107 through 136 )C107 - 136
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 137 through 182 )C137 - 182
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 183 through 351 )C183 - 351
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 352 through 400 )C352 - 400
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 401 through 523 )C401 - 523
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid 524 through 631 )C524 - 631

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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