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万見
- PDB-6yt4: Crystal structure of the N112A mutant of the light-driven sodium ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6yt4
タイトルCrystal structure of the N112A mutant of the light-driven sodium pump KR2 in the pentameric form, pH 8.0
要素Sodium pumping rhodopsin
キーワードMEMBRANE PROTEIN / rhodopsin / retinal / ion transport / sodium pump / mutant
機能・相同性
機能・相同性情報


Bacteriorhodopsin-like protein / Archaeal/bacterial/fungal rhodopsins / Bacteriorhodopsin-like protein / Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins / Rhodopsin 7-helix transmembrane proteins / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
EICOSANE / OLEIC ACID / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / RETINAL / Sodium pumping rhodopsin
類似検索 - 構成要素
生物種Dokdonia eikasta (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Kovalev, K. / Maliar, N. / Astashkin, R. / Gordeliy, V.
資金援助 ロシア, 3件
組織認可番号国
Russian Foundation for Basic Research17-00-00164 ロシア
Russian Foundation for Basic Research17-00-00165 ロシア
Russian Foundation for Basic Research17-00-00167 ロシア
引用ジャーナル: Crystals / 年: 2020
タイトル: Crystal Structure of the N112A Mutant of the Light-Driven Sodium Pump KR2
著者: Maliar, N. / Kovalev, K. / Baeken, C. / Balandin, T. / Astashkin, R. / Rulev, M. / Alekseev, A. / Ilyinsky, N. / Rogachev, A. / Chupin, V. / Dolgikh, D. / Kirpichnikov, M. / Gordeliy, V.
履歴
登録2020年4月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年6月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.32024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sodium pumping rhodopsin
B: Sodium pumping rhodopsin
D: Sodium pumping rhodopsin
E: Sodium pumping rhodopsin
C: Sodium pumping rhodopsin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)180,05569
ポリマ－162,8435
非ポリマー17,21264
水5,152286
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area43030 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area40370 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)129.840, 239.700, 134.580
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22D
13A
23E
14A
24C
15B
25D
16B
26E
17B
27C
18D
28E
19D
29C
110E
210C

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: GLN / Beg label comp-ID: GLN / Refine code: _

Dom-IDEns-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11LYSLYSAA3 - 2713 - 271
21LYSLYSBB3 - 2713 - 271
12SERSERAA3 - 2703 - 270
22SERSERDC3 - 2703 - 270
13SERSERAA3 - 2703 - 270
23SERSERED3 - 2703 - 270
14LEULEUAA3 - 2693 - 269
24LEULEUCE3 - 2693 - 269
15SERSERBB3 - 2703 - 270
25SERSERDC3 - 2703 - 270
16SERSERBB3 - 2703 - 270
26SERSERED3 - 2703 - 270
17LEULEUBB3 - 2693 - 269
27LEULEUCE3 - 2693 - 269
18LYSLYSDC3 - 2713 - 271
28LYSLYSED3 - 2713 - 271
19LEULEUDC3 - 2693 - 269
29LEULEUCE3 - 2693 - 269
110LEULEUED3 - 2693 - 269
210LEULEUCE3 - 2693 - 269

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10

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要素

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 10分子 ABDEC

#1: タンパク質
Sodium pumping rhodopsin


分子量: 32568.557 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Dokdonia eikasta (バクテリア) / 遺伝子: NaR / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: N0DKS8
#5: 糖
ChemComp-BOG / octyl beta-D-glucopyranoside / Beta-Octylglucoside / octyl beta-D-glucoside / octyl D-glucoside / octyl glucoside / オクチルβ-D-グルコピラノシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 292.369 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C14H28O6 / コメント: 可溶化剤*YM
識別子タイププログラム
b-octylglucosideIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0

-
非ポリマー , 6種, 345分子

#2: 化合物
ChemComp-OLC / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / 1-Oleoyl-R-glycerol / L-グリセロ-ル3-オレア-ト


分子量: 356.540 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H40O4
#3: 化合物
ChemComp-OLA / OLEIC ACID / オレイン酸


分子量: 282.461 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H34O2
#4: 化合物...
ChemComp-LFA / EICOSANE / LIPID FRAGMENT / イコサン


分子量: 282.547 Da / 分子数: 28 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H42
#6: 化合物
ChemComp-RET / RETINAL / 7-cis-レチナ-ル


分子量: 284.436 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H28O
#7: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 286 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.74 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 8 / 詳細: 1.2 M NaMal pH 8.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.9999 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9999 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→47.85 Å / Num. obs: 77168 / % possible obs: 94 % / 冗長度: 40.7 % / CC1/2: 0.943 / Rmerge(I) obs: 0.216 / Rpim(I) all: 0.035 / Net I/σ(I): 19.6
反射 シェル解像度: 2.4→2.455 Å / 冗長度: 40.2 % / Rmerge(I) obs: 2.734 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 3858 / CC1/2: 0.821 / Rpim(I) all: 0.436

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
STARANISOデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6YC3

6yc3


解像度: 2.4→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.944 / SU B: 7.81 / SU ML: 0.171 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.315 / ESU R Free: 0.218
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2168 3767 4.9 %RANDOM
Rwork0.1864 ---
obs0.1879 73219 93.79 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 146.44 Å2 / Biso mean: 42.133 Å2 / Biso min: 19.95 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.94 Å20 Å20 Å2
2---1.39 Å20 Å2
3---0.45 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.4→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10796 0 683 286 11765
Biso mean--73.25 43.79 -
残基数----1349
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0020.01311825
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.01711461
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.041.64515874
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.0841.57626458
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.85551364
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.91322.239527
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.19151746
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.0631525
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0370.21463
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.0212666
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other00.022617
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A99010.04
12B99010.04
21A99260.03
22D99260.03
31A98920.04
32E98920.04
41A98490.03
42C98490.03
51B98940.04
52D98940.04
61B98810.05
62E98810.05
71B98210.04
72C98210.04
81D99350.03
82E99350.03
91D98830.03
92C98830.03
101E98380.04
102C98380.04
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.461 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.288 196 -
Rwork0.273 4057 -
all-4253 -
obs--72 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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