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- PDB-6yt1: Mtb TMK crystal structure in complex with compound 26 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6yt1
タイトルMtb TMK crystal structure in complex with compound 26
要素Thymidylate kinase
キーワードTRANSFERASE / Kinase activity / Inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


TMP metabolic process / dTMP kinase / dTMP kinase activity / dUDP biosynthetic process / dTDP biosynthetic process / dTTP biosynthetic process / GTP binding / magnesium ion binding / protein homodimerization activity / ATP binding ...TMP metabolic process / dTMP kinase / dTMP kinase activity / dUDP biosynthetic process / dTDP biosynthetic process / dTTP biosynthetic process / GTP binding / magnesium ion binding / protein homodimerization activity / ATP binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Thymidylate kinase, conserved site / Thymidylate kinase signature. / Thymidylate kinase / Thymidylate kinase-like domain / Thymidylate kinase / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRIC ACID / Chem-PK5 / Thymidylate kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Merceron, R. / De Munck, S. / Jian, Y. / Munier-Lehmann, H. / Van Calenbergh, S. / Savvides, S.N.
引用ジャーナル: Eur.J.Med.Chem. / 年: 2020
タイトル: Endeavors towards transformation of M. tuberculosis thymidylate kinase (MtbTMPK) inhibitors into potential antimycobacterial agents.
著者: Jian, Y. / Merceron, R. / De Munck, S. / Forbes, H.E. / Hulpia, F. / Risseeuw, M.D.P. / Van Hecke, K. / Savvides, S.N. / Munier-Lehmann, H. / Boshoff, H.I.M. / Van Calenbergh, S.
履歴
登録2020年4月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年9月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Thymidylate kinase
B: Thymidylate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,9607
ポリマ－45,3252
非ポリマー1,6355
水4,720262
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2630 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area15880 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)87.740, 87.740, 112.700
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Space group name HallP4nw2abw
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x+1/2,z+3/4
#3: y+1/2,-x+1/2,z+1/4
#4: x+1/2,-y+1/2,-z+1/4
#5: -x+1/2,y+1/2,-z+3/4
#6: -x,-y,z+1/2
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-449-

HOH

21B-471-

HOH

31B-509-

HOH

41B-511-

HOH

51B-522-

HOH

61B-527-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11METMETVALVAL(chain 'A' and (resid 1 through 18 or (resid 19...AA1 - 781 - 78
12THRTHRASPASP(chain 'A' and (resid 1 through 18 or (resid 19...AA80 - 9480 - 94
13TYRTYRVALVAL(chain 'A' and (resid 1 through 18 or (resid 19...AA96 - 9796 - 97
14ASNASNLEULEU(chain 'A' and (resid 1 through 18 or (resid 19...AA100 - 128100 - 128
15PROPROVALVAL(chain 'A' and (resid 1 through 18 or (resid 19...AA131 - 141131 - 141
16GLUGLUGLUGLU(chain 'A' and (resid 1 through 18 or (resid 19...AA166166
17ALAALAGLNGLN(chain 'A' and (resid 1 through 18 or (resid 19...AA169 - 172169 - 172
18ARGARGALAALA(chain 'A' and (resid 1 through 18 or (resid 19...AA174 - 183174 - 183
19GLYGLYPROPRO(chain 'A' and (resid 1 through 18 or (resid 19...AA186 - 210186 - 210
110PK5PK5PK5PK5(chain 'A' and (resid 1 through 18 or (resid 19...AC301
111HOHHOHHOHHOH(chain 'A' and (resid 1 through 18 or (resid 19...AH401
212METMETVALVAL(chain 'B' and (resid 1 through 13 or (resid 14...BB1 - 781 - 78
213THRTHRASPASP(chain 'B' and (resid 1 through 13 or (resid 14...BB80 - 9480 - 94
214TYRTYRVALVAL(chain 'B' and (resid 1 through 13 or (resid 14...BB96 - 9796 - 97
215ASNASNLEULEU(chain 'B' and (resid 1 through 13 or (resid 14...BB100 - 128100 - 128
216PROPROVALVAL(chain 'B' and (resid 1 through 13 or (resid 14...BB131 - 141131 - 141
217GLUGLUGLUGLU(chain 'B' and (resid 1 through 13 or (resid 14...BB148148
218ALAALAGLNGLN(chain 'B' and (resid 1 through 13 or (resid 14...BB169 - 172169 - 172
219ARGARGALAALA(chain 'B' and (resid 1 through 13 or (resid 14...BB174 - 183174 - 183
220GLYGLYPROPRO(chain 'B' and (resid 1 through 13 or (resid 14...BB186 - 210186 - 210
221PK5PK5PK5PK5(chain 'B' and (resid 1 through 13 or (resid 14...BE301
222HOHHOHHOHHOH(chain 'B' and (resid 1 through 13 or (resid 14...BI401

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要素

#1: タンパク質 Thymidylate kinase / Thymidine monophosphate kinase / dTMP kinase / TMPK


分子量: 22662.525 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
遺伝子: tmk, Rv3247c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P9WKE1, dTMP kinase
#2: 化合物 ChemComp-PK5 / 2-ethyl-~{N}-[[4-[4-[5-methyl-2,4-bis(oxidanylidene)pyrimidin-1-yl]piperidin-1-yl]phenyl]methyl]-1,2,3,5,6,7,8,8~{a}-octahydroimidazo[1,2-a]pyridine-3-carboxamide


分子量: 529.074 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H37ClN6O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 262 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.59 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2 M Ammonium tartrate dibasic, 20% w/v Polyethylene glycol 3,350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.97857 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年5月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97857 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→41.7 Å / Num. obs: 35305 / % possible obs: 98.85 % / 冗長度: 13.7 % / Biso Wilson estimate: 27.71 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rrim(I) all: 0.109 / Net I/σ(I): 22.1
反射 シェル解像度: 1.9→1.99 Å / Num. unique obs: 5324 / CC1/2: 0.95 / Rrim(I) all: 0.729

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER精密化
PHENIX1.17.1_3660精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5NRQ

5nrq


解像度: 1.9→40.88 Å / SU ML: 0.2256 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 22.1596
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2033 1764 5 %
Rwork0.1673 33524 -
obs0.1691 35288 99.82 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 36.17 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→40.88 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2793 0 98 262 3153
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0072998
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.72894098
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0461451
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0046581
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.46541067
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9-1.950.40971350.35342549X-RAY DIFFRACTION99.78
1.95-2.010.25991320.23132508X-RAY DIFFRACTION99.89
2.01-2.070.23161330.18412552X-RAY DIFFRACTION99.93
2.07-2.150.21331320.16612535X-RAY DIFFRACTION99.96
2.15-2.230.24181330.19452518X-RAY DIFFRACTION98.95
2.23-2.340.30691340.21412538X-RAY DIFFRACTION99.4
2.34-2.460.18311350.15282564X-RAY DIFFRACTION100
2.46-2.610.18371340.14382543X-RAY DIFFRACTION100
2.61-2.810.18941360.15272589X-RAY DIFFRACTION99.96
2.81-3.10.22361360.1522592X-RAY DIFFRACTION100
3.1-3.540.17371370.15392600X-RAY DIFFRACTION99.96
3.55-4.470.16941400.13832652X-RAY DIFFRACTION99.96
4.47-40.880.1921470.17442784X-RAY DIFFRACTION99.83
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
19.19317190279-2.72282578672-4.364807847632.742152548081.678498557336.491135401220.0245753639782-0.7306117652420.4635753036530.2887786213260.219206790639-0.202929343202-0.1926653026230.595393369594-0.2376828968550.394562251403-0.03065998796440.05719968025550.251229210317-0.01178033141590.29649546340293.277055916543.1275010065134.593360013
27.59438377707-4.21895365426-3.819440089133.274733660723.429036190564.096186713460.0170439625738-0.5919763926170.4051456447180.2706694890780.172640249889-0.353769861883-0.2398052573820.063640510825-0.1598398340390.3224373135340.002258454459570.06384567105870.283823548934-0.03625858224170.16617136007288.266427126334.0786353687136.727042661
34.37017416978-3.6514307748-2.638445096894.241207617692.141748685762.69016319832-0.030358200216-0.127892226171-0.199400374790.214292230665-0.03368607810930.1718704350380.00596579792744-0.03864394142410.1437223802730.228185038125-0.06157835510560.02789430143470.2074770107190.01350083089740.18867876252293.932337688323.4218800852129.350541173
44.17666390654-4.16853503882-6.022825078764.667002719595.864776105798.699514358030.146774581672-0.05337354137980.167841592051-0.01200052267710.00632357226483-0.110794636724-0.237802655550.0326412552871-0.4577266583550.250548861816-0.02890328399950.0289190231070.1795450405410.03842756567490.21053664765594.062109387634.4780604095127.77560825
53.845122669364.70323502583-4.529756945898.30658759193-3.182945977257.65405020273-0.2399060583610.4807598039120.153618976233-0.357255536680.345702342550.1339423910760.01609738945080.0117601879782-0.1348998379230.219132896438-0.01889257596620.03404035070780.236275953239-0.02389314988750.17232303829797.555616805629.1221274556114.756278374
65.5644791017-1.57163354829-1.242518519.050239391891.59662279744.27544969223-0.0364950133720.0515612707646-0.569956569963-0.101964441841-0.1012247597051.02431202933-0.188485175796-0.4060435020750.03332254747680.204791154691-0.004316026228080.02963517442360.3292519444130.008973977608960.29454670283484.993638995331.3803053453121.279613218
74.94695902043-1.4250333914-0.3507726265764.93438527696-0.2804660642982.135446542420.0151832639382-0.1943320135850.2825968918340.43843791712-0.00484067489279-0.438841903228-0.1805121807890.311968904577-0.05550591222440.294489966508-0.07732299450960.02169259355170.2145731342040.009792394894680.247165817956101.83220214139.4529696085124.533545341
87.55754586322-6.08415497277-4.54342807156.546374027245.300035750626.426395409080.672242489789-0.5490358590610.939441725785-0.172540236579-0.3564194950230.749146546845-0.488606840422-0.643760202921-0.3467532355560.7001353707220.04547896671170.1954439263730.332992938315-0.03041512153950.64406506899887.682322448453.0932607285130.97290183
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精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 26 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 27 through 42 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 43 through 87 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 88 through 107 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 108 through 124 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 125 through 134 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 135 through 199 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 200 through 210 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 1 through 26 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 27 through 62 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 63 through 124 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 125 through 170 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 171 through 199 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 200 through 210 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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