PDB-6yr1: TetR(D) soaked with Tigecycline I4(1)22

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6yr1

タイトル

TetR(D) soaked with Tigecycline I4(1)22

要素

Tetracycline repressor protein class D

キーワード

TRANSCRIPTION

機能・相同性

機能・相同性情報

transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity / response to antibiotic / negative regulation of DNA-templated transcription / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Hinrichs, W. / Stary, K.

引用

ジャーナル: to be published
タイトル: TetR(D) soaked with Tigecycline
著者: Hinrichs, W. / Stary, K.

履歴

登録	2020年4月18日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年4月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6yr1.cif.gz	91 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6yr1.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6yr1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6yr1_validation.pdf.gz	980.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6yr1_full_validation.pdf.gz	984.6 KB	表示
XML形式データ	6yr1_validation.xml.gz	10.5 KB	表示
CIF形式データ	6yr1_validation.cif.gz	13.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yr/6yr1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yr/6yr1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6yr2C 2xpvS 1ork 4abz S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4abz-1 5fkm-1 2trt-1 6qjx-1 2xpv-1 4v2g-d 1ork-1 6qjw-1 6fpl-1 2xpw-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	SASBDB: SASDFE5associated SAS data, TetR(D) in complex with anhydrotetracycline

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

AAA: Tetracycline repressor protein class D

ヘテロ分子

24 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

AAA: Tetracycline repressor protein class D

ヘテロ分子

AAA: Tetracycline repressor protein class D

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: SAXS, crystallographic assembly homodimer
48 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	68.459, 68.459, 180.440
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	98
Space group name H-M	I4₁22

#1: タンパク質	Tetracycline repressor protein class D 分子量: 23288.334 Da / 分子数: 1 / 変異: A2S / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: RA1 plasmid / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: tetR / 詳細 (発現宿主): pWH1950 / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0ACT4
#2: 化合物	ChemComp-T1C / TIGECYCLINE 分子量: 587.665 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₉H₄₁N₅O₈ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 薬剤, 抗生剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 25 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.27 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.8 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: Native crystal soaked in 1M (NH4)2SO4, 0.2M NaCl, 0.05M Tris/HCl, pH 7.0, 0.0142 mM Tigecycline, 2mM MgCl2, 22days

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: RIGAKU SATURN 70 / 検出器: CCD / 日付: 2009年10月21日 / 詳細: mirror
放射	モノクロメーター: Osmic mirror / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→31 Å / Num. obs: 9565 / % possible obs: 96 % / 冗長度: 5.83 % / B_iso Wilson estimate: 59 Å² / R_merge(I) obs: 0.081 / Χ²: 0.97 / Net I/σ(I): 11
反射シェル	解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 3.56 % / R_merge(I) obs: 0.498 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 863 / Χ²: 0.82 / % possible all: 88.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
CrystalClear		データ削減
CrystalClear		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2xpv

2xpv

解像度: 2.3→30.2 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.956 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.93 / SU B: 26.982 / SU ML: 0.284 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.464 / ESU R Free: 0.286 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2792	704	7.364 %
R_work	0.2333	-	-
all	0.237	-	-
obs	-	9560	95.849 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 66.175 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.301 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	1.301 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-2.601 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→30.2 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1555	0	46	25	1626

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.012	1626
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.765	1.676	2210
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.787	5	194
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.646	21.383	94
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	19.517	15	277
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.741	15	15
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.129	0.2	209
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	1260
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.253	0.2	747
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.319	0.2	1107
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.136	0.2	61
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.119	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.24	0.2	82
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.174	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.285	5.526	782
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	6.099	8.266	974
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.008	5.877	843
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.959	8.649	1235
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	9.047	74.304	2454

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.3-2.36	0.297	54	0.33	576	X-RAY DIFFRACTION	87.0166
2.36-2.424	0.334	54	0.305	609	X-RAY DIFFRACTION	94.5792
2.424-2.495	0.367	33	0.285	617	X-RAY DIFFRACTION	96.7262
2.495-2.571	0.399	49	0.313	596	X-RAY DIFFRACTION	96.8468
2.571-2.656	0.391	38	0.299	580	X-RAY DIFFRACTION	96.5625
2.656-2.749	0.392	43	0.271	557	X-RAY DIFFRACTION	95.3895
2.749-2.852	0.387	33	0.298	554	X-RAY DIFFRACTION	94.8304
2.852-2.968	0.32	47	0.295	491	X-RAY DIFFRACTION	95.2212
2.968-3.1	0.373	36	0.297	494	X-RAY DIFFRACTION	94.3061
3.1-3.251	0.385	42	0.312	466	X-RAY DIFFRACTION	95.3096
3.251-3.426	0.43	28	0.277	470	X-RAY DIFFRACTION	94.8571
3.426-3.633	0.299	38	0.287	436	X-RAY DIFFRACTION	98.75
3.633-3.883	0.252	28	0.264	423	X-RAY DIFFRACTION	98.6871
3.883-4.193	0.225	33	0.227	390	X-RAY DIFFRACTION	98.1439
4.193-4.592	0.234	41	0.173	362	X-RAY DIFFRACTION	99.5062
4.592-5.13	0.307	30	0.158	334	X-RAY DIFFRACTION	98.913
5.13-5.918	0.281	24	0.208	301	X-RAY DIFFRACTION	99.3884
5.918-7.232	0.249	24	0.219	261	X-RAY DIFFRACTION	100
7.232-10.163	0.159	16	0.155	216	X-RAY DIFFRACTION	98.7234
10.163-30.2	0.19	13	0.176	123	X-RAY DIFFRACTION	91.2752

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.5851	-0.5791	1.4431	0.1555	-0.5032	2.3444	0.0403	0.1679	0.166	-0.0088	-0.0144	-0.0315	0.1721	0.0427	-0.0259	0.0907	0.0073	-0.0354	0.1251	-0.0225	0.0396	18.8784	28.1557	13.2917
2	0.7691	0.3439	0.3929	0.3314	0.6065	1.3923	0.1028	0.0106	0.0044	0.0021	-0.0642	0.0056	0.0015	-0.0755	-0.0386	0.1011	0.0466	-0.0153	0.0888	-0.0063	0.0229	24.6656	33.0858	39.8311
3	6.4292	1.4114	-0.3122	3.4552	-4.205	5.4774	0.3023	0.0375	-0.6646	-0.3829	-0.3158	-0.1342	0.649	0.4142	0.0135	0.3002	0.0775	-0.0038	0.0454	-0.0055	0.0753	49.1263	19.5858	35.6353

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	AAA	2 - 63
2	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	AAA	64 - 152
3	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	AAA	182 - 208
4	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	AAA	1209 - 1210
5	X-RAY DIFFRACTION	3	ALL	AAA	160 - 181

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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