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- PDB-6yqw: BRD9 with 4-chloro-2-methyl-methylamino-pyridazinone -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6yqw
タイトルBRD9 with 4-chloro-2-methyl-methylamino-pyridazinone
要素Bromodomain-containing protein 9
キーワードTRANSCRIPTION / BRD9 / INHIBITOR / HISTONE / EPIGENETIC READER / BROMODOMAIN
機能・相同性
機能・相同性情報


GBAF complex / SWI/SNF complex / positive regulation of stem cell population maintenance / negative regulation of cell differentiation / lysine-acetylated histone binding / nucleic acid binding / chromatin remodeling / positive regulation of cell population proliferation / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II ...GBAF complex / SWI/SNF complex / positive regulation of stem cell population maintenance / negative regulation of cell differentiation / lysine-acetylated histone binding / nucleic acid binding / chromatin remodeling / positive regulation of cell population proliferation / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
Protein of unknown function DUF3512 / Domain of unknown function (DUF3512) / : / Bromodomain / Bromodomain profile. / bromo domain / Bromodomain / Bromodomain-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-82I / Bromodomain-containing protein 9
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Chung, C.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2020
タイトル: Application of Atypical Acetyl-lysine Methyl Mimetics in the Development of Selective Inhibitors of the Bromodomain-Containing Protein 7 (BRD7)/Bromodomain-Containing Protein 9 (BRD9) Bromodomains.
著者: Clegg, M.A. / Bamborough, P. / Chung, C.W. / Craggs, P.D. / Gordon, L. / Grandi, P. / Leveridge, M. / Lindon, M. / Liwicki, G.M. / Michon, A.M. / Molnar, J. / Rioja, I. / Soden, P.E. / ...著者: Clegg, M.A. / Bamborough, P. / Chung, C.W. / Craggs, P.D. / Gordon, L. / Grandi, P. / Leveridge, M. / Lindon, M. / Liwicki, G.M. / Michon, A.M. / Molnar, J. / Rioja, I. / Soden, P.E. / Theodoulou, N.H. / Werner, T. / Tomkinson, N.C.O. / Prinjha, R.K. / Humphreys, P.G.
履歴
登録2020年4月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年4月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月1日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bromodomain-containing protein 9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,4022
ポリマ－12,2281
非ポリマー1741
水3,747208
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area6130 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)24.566, 33.928, 39.623
Angle α, β, γ (deg.)70.450, 73.630, 74.390
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 Bromodomain-containing protein 9 / Rhabdomyosarcoma antigen MU-RMS-40.8


分子量: 12228.203 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BRD9, UNQ3040/PRO9856 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9H8M2
#2: 化合物 ChemComp-82I / 4-chloranyl-2-methyl-5-(methylamino)pyridazin-3-one / 2-メチル-4-クロロ-5-(メチルアミノ)ピリダジン-3(2H)-オン


分子量: 173.600 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8ClN3O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 208 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.66 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1M morpheus buffer 3, pH 8.5, 30% morpheus_EDO_p8K, 0.1M morpheus alcohol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年10月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→27.98 Å / Num. obs: 17167 / % possible obs: 94.3 % / 冗長度: 1.7 % / Biso Wilson estimate: 8.26 Å2 / Rpim(I) all: 0.095 / Rrim(I) all: 0.134 / Rsym value: 0.095 / Net I/av σ(I): 3.8 / Net I/σ(I): 5.5
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique obsRpim(I) allRrim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
1.5-1.581.70.1723.4421124900.1720.2430.1724.592.8
1.58-1.681.80.0913.9415123430.0910.1290.0914.593.6
1.68-1.791.70.115.7372322050.110.1550.114.993.5
1.79-1.941.70.1273.3352420600.1270.1790.1275.793.7
1.94-2.121.80.1483343319290.1480.2090.148694.6
2.12-2.371.70.1342.7296917390.1340.190.1346.195.9
2.37-2.741.80.0696.4274615620.0690.0980.0696.496.5
2.74-3.351.70.0511.4227113220.050.0710.056.597.2
3.35-4.741.70.0569.5174210110.0560.080.0566.696.1
4.74-27.9751.60.04211.48195060.0420.0590.0426.488.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALA3.3.20データスケーリング
BUSTER2.11.1精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: In house model

解像度: 1.5→27.98 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.8573 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8255 / SU R Cruickshank DPI: 0.104 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.114 / SU Rfree Blow DPI: 0.111 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.105
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2763 874 5.1 %RANDOM
Rwork0.2388 ---
obs0.2407 17133 94.17 %-
原子変位パラメータBiso max: 93.81 Å2 / Biso mean: 12 Å2 / Biso min: 3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.1271 Å2-0.0696 Å2-1.0247 Å2
2---0.3296 Å20.7635 Å2
3---0.4566 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.264 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.5→27.98 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数821 0 11 208 1040
Biso mean--6.25 23.89 -
残基数----101
LS精密化 シェル解像度: 1.5→1.59 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 9
Rfactor反射数%反射
Rfree0.4116 134 4.95 %
Rwork0.373 2571 -
all0.3748 2705 -
obs--94.17 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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