PDB-6yqd: Human histidine triad nucleotide-binding protein 2 (hHINT2) refin...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6yqd

タイトル

Human histidine triad nucleotide-binding protein 2 (hHINT2) refined to 1.41 A in P212121 space group

要素

Histidine triad nucleotide-binding protein 2, mitochondrial

キーワード

HYDROLASE / Nucleotide binding protein

機能・相同性

機能・相同性情報

negative regulation of peptidyl-lysine acetylation / 加水分解酵素; リン-窒素結合に作用; - / adenosine 5'-monophosphoramidase activity / steroid biosynthetic process / RHOD GTPase cycle / lipid catabolic process / mitochondrial outer membrane / hydrolase activity / nucleotide binding / apoptotic process ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.407 Å

データ登録者

Dolot, R.D. / Wlodarczyk, A. / Bujacz, G.D. / Nawrot, B.C.

資金援助

ポーランド, 1件

引用

ジャーナル: Biochim Biophys Acta Gen Subj / 年: 2021
タイトル: Biochemical, crystallographic and biophysical characterization of histidine triad nucleotide-binding protein 2 with different ligands including a non-hydrolyzable analog of Ap4A.
著者: Dolot, R. / Krakowiak, A. / Kaczmarek, R. / Wlodarczyk, A. / Pichlak, M. / Nawrot, B.

履歴

登録	2020年4月16日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
置き換え	2020年4月29日	ID: 4NK0
改定 1.0	2020年4月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年11月10日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_2 / pdbx_database_proc / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
改定 1.2	2024年1月24日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6yqd.cif.gz	111.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6yqd.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6yqd.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6yqd_validation.pdf.gz	782.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6yqd_full_validation.pdf.gz	783.1 KB	表示
XML形式データ	6yqd_validation.xml.gz	13 KB	表示
CIF形式データ	6yqd_validation.cif.gz	19.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yq/6yqd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yq/6yqd	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6yi0C 6yprC 6ypxC 6yqmC 6yvpC 3tw2S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3omf-1 1kpa-d 6n3v-d 5kly-d 6yvp-2 5km9-d 3n1t-1 5ipc-d 5km0-2 5km5-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#145 - 2012年1月伝令RNAのキャップ形成 (Messenger RNA Capping) 類似性 (3) #86 - 2007年2月エキソソーム (Exosomes) 類似性 (3) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Histidine triad nucleotide-binding protein 2, mitochondrial

BBB: Histidine triad nucleotide-binding protein 2, mitochondrial

ヘテロ分子

34.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	37.921, 74.113, 77.249
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Histidine triad nucleotide-binding protein 2, mitochondrial / HINT-2 / HINT-3 / HIT-17kDa / PKCI-1-related HIT protein 分子量: 17183.725 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HINT2 / プラスミド: pHAT2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9BX68, 加水分解酵素
#2: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 257 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.28 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.96 %
結晶化	温度: 281 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 8 % w/v PEG8000, 0.1 M Tris-HCl

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.9763 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年12月9日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.407→77.25 Å / Num. obs: 42522 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 12.5 % / B_iso Wilson estimate: 11.6 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.073 / R_pim(I) all: 0.03 / R_rim(I) all: 0.079 / Χ²: 0.99 / Net I/σ(I): 18.2
反射シェル	解像度: 1.407→1.43 Å / R_merge(I) obs: 0.715 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 1560 / CC_1/2: 0.755 / R_pim(I) all: 0.439 / R_rim(I) all: 0.846 / Χ²: 1.02 / % possible all: 75.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
XDS		データ削減
Aimless	0.7.3	データスケーリング
MOLREP	11.6.04	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3TW2

3tw2

解像度: 1.407→53.48 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.986 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.976 / SU B: 1.643 / SU ML: 0.029 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.045 / ESU R Free: 0.047 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1428	2092	4.927 %
R_work	0.1003	-	-
all	0.102	-	-
obs	-	42457	98.673 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 17.947 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.771 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.182 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.589 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.407→53.48 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1685	0	1	257	1943

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.017	0.013	1902
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.005	0.017	1789
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.008	1.637	2609
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.665	1.579	4197
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.291	5	250
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.084	23.918	97
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.144	15	334
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.681	15	9
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.142	0.2	233
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.012	0.02	2224
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.004	0.02	359
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.266	0.2	384
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.201	0.2	1692
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.164	0.2	944
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.087	0.2	885
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.171	0.2	163
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.191	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.189	0.2	43
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.109	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.988	1.478	952
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.989	1.477	950
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.463	2.228	1218
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.463	2.228	1218
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.21	1.895	950
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	5.21	1.895	950
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.603	2.704	1391
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.602	2.703	1391
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.219	20.702	2197
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.384	19.34	2129
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	5.325	3	3691

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.407-1.444	0.22	140	0.176	2442	0.178	3112	0.925	0.932	82.9692	0.147
1.444-1.483	0.178	155	0.118	2882	0.121	3054	0.958	0.967	99.4434	0.098
1.483-1.526	0.17	140	0.1	2827	0.103	2969	0.956	0.974	99.9326	0.083
1.526-1.573	0.148	152	0.087	2748	0.09	2903	0.972	0.981	99.8967	0.071
1.573-1.625	0.126	137	0.079	2664	0.082	2802	0.979	0.984	99.9643	0.066
1.625-1.682	0.132	136	0.076	2580	0.079	2716	0.975	0.985	100	0.063
1.682-1.745	0.136	134	0.074	2479	0.077	2613	0.976	0.986	100	0.063
1.745-1.816	0.134	127	0.07	2411	0.073	2539	0.977	0.988	99.9606	0.062
1.816-1.897	0.123	107	0.076	2326	0.078	2434	0.981	0.987	99.9589	0.069
1.897-1.989	0.121	118	0.075	2222	0.077	2340	0.984	0.988	100	0.07
1.989-2.097	0.13	108	0.082	2094	0.084	2203	0.982	0.987	99.9546	0.078
2.097-2.224	0.124	109	0.079	2012	0.081	2121	0.983	0.989	100	0.078
2.224-2.377	0.119	95	0.075	1887	0.077	1982	0.985	0.99	100	0.075
2.377-2.567	0.137	99	0.09	1743	0.092	1843	0.98	0.987	99.9457	0.092
2.567-2.812	0.139	81	0.103	1622	0.105	1703	0.978	0.983	100	0.109
2.812-3.142	0.183	77	0.11	1502	0.114	1579	0.97	0.981	100	0.119
3.142-3.626	0.132	65	0.11	1325	0.111	1390	0.982	0.984	100	0.121
3.626-4.436	0.144	63	0.112	1124	0.114	1187	0.976	0.985	100	0.131
4.436-6.252	0.123	30	0.126	927	0.126	957	0.986	0.985	100	0.15
6.252-53.48	0.251	19	0.197	548	0.198	569	0.959	0.963	99.6485	0.235

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