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- PDB-6yqb: Taka-amylase in complex with alpha-glucosyl epi-cyclophellitol cy... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6yqb
タイトルTaka-amylase in complex with alpha-glucosyl epi-cyclophellitol cyclosulfate inhibitor
要素Alpha-amylase
キーワードHYDROLASE / Inhibitor / Complex / Amylase
機能・相同性
機能・相同性情報


alpha-amylase / alpha-amylase activity / carbohydrate catabolic process / calcium ion binding
類似検索 - 分子機能
Alpha-amylase, domain C / Alpha-amylase, domain C / Alpha-amylase-like / Alpha amylase / Alpha amylase, catalytic domain / Glycosyl hydrolase, family 13, catalytic domain / Alpha-amylase domain / Glycosyl hydrolase, all-beta / Glycoside hydrolase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-93Z / alpha-D-glucopyranose / Alpha-amylase
類似検索 - 構成要素
生物種Aspergillus oryzae (米麹菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Armstrong, Z. / Chen, Y. / Artola, M. / Overkleeft, H. / Davies, G.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/R001162/1 英国
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2021
タイトル: Activity-Based Protein Profiling of Retaining alpha-Amylases in Complex Biological Samples.
著者: Chen, Y. / Armstrong, Z. / Artola, M. / Florea, B.I. / Kuo, C.L. / de Boer, C. / Rasmussen, M.S. / Abou Hachem, M. / van der Marel, G.A. / Codee, J.D.C. / Aerts, J.M.F.G. / Davies, G.J. / Overkleeft, H.S.
履歴
登録2020年4月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年2月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年2月17日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22021年2月24日Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32024年1月24日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
AAA: Alpha-amylase
BBB: Alpha-amylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)111,49716
ポリマ－109,6942
非ポリマー1,80414
水14,142785
1
AAA: Alpha-amylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,6877
ポリマ－54,8471
非ポリマー8406
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
BBB: Alpha-amylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,8119
ポリマ－54,8471
非ポリマー9648
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)65.583, 102.940, 75.623
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 103.812, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AAABBB

#1: タンパク質 Alpha-amylase


分子量: 54846.762 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aspergillus oryzae (米麹菌) / 遺伝子: OAory_01097160 / 発現宿主: Aspergillus oryzae (米麹菌) / 参照: UniProt: A0A1S9DH83, alpha-amylase

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糖 , 2種, 4分子

#3: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#5: 糖 ChemComp-GLC / alpha-D-glucopyranose / alpha-D-glucose / D-glucose / glucose / α-D-グルコピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DGlcpaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
a-D-glucopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-GlcpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 4種, 795分子

#2: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#6: 化合物 ChemComp-93Z / [(1~{S},2~{R},3~{R},4~{S},5~{R})-2-(hydroxymethyl)-3,4,5,6-tetrakis(oxidanyl)cyclohexyl] hydrogen sulfate


分子量: 274.246 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H14O9S
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 785 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.57 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M sodium citrate pH 5.6, 18% (v/v) 2-propanol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.979499 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年3月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979499 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→59.78 Å / Num. obs: 153290 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 6.8 % / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 10.3
反射 シェル解像度: 1.5→1.53 Å / Num. unique obs: 7423 / CC1/2: 0.917

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
xia2データ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7taa

7taa


解像度: 1.5→59.78 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.978 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.969 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.066 / ESU R Free: 0.068 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1859 7597 4.958 %
Rwork0.1569 --
all0.158 --
obs-153221 98.507 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 20.58 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.852 Å2-0 Å2-0.956 Å2
2--2.794 Å2-0 Å2
3----2.833 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→59.78 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7372 0 108 785 8265
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0137780
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0370.0176695
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7371.66110648
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg2.4321.58715628
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.8975974
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.45924.278374
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.262151152
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.2151521
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0980.21049
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.028842
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0180.021601
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2230.21502
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.2120.26412
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1730.23928
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0720.23035
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1420.2601
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_other0.0230.21
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0750.26
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.0260.25
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2130.239
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.1890.221
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.5892.0843866
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.5842.0833865
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.1153.1244850
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.1153.1254851
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.3742.2393914
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.3742.2383910
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.4433.2815798
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.4433.2815796
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it4.18225.2319133
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other4.07224.8318972
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.5-1.5390.3045500.30810563X-RAY DIFFRACTION96.989
1.539-1.5810.2925490.27310289X-RAY DIFFRACTION97.3852
1.581-1.6270.2464910.24610150X-RAY DIFFRACTION97.6059
1.627-1.6770.2635290.2269808X-RAY DIFFRACTION97.7124
1.677-1.7320.2145370.1939478X-RAY DIFFRACTION97.9462
1.732-1.7930.2284710.1789284X-RAY DIFFRACTION98.2872
1.793-1.860.2034490.1628938X-RAY DIFFRACTION98.3138
1.86-1.9360.24420.1538656X-RAY DIFFRACTION98.4845
1.936-2.0220.2064380.1518258X-RAY DIFFRACTION98.7621
2.022-2.1210.183970.1467928X-RAY DIFFRACTION98.8365
2.121-2.2360.1744030.1397583X-RAY DIFFRACTION99.0942
2.236-2.3710.1744040.1377133X-RAY DIFFRACTION99.2494
2.371-2.5350.1673390.1376771X-RAY DIFFRACTION99.3988
2.535-2.7380.1823420.1416300X-RAY DIFFRACTION99.5653
2.738-2.9990.1832980.155814X-RAY DIFFRACTION99.6901
2.999-3.3530.1992600.1645260X-RAY DIFFRACTION99.8372
3.353-3.8710.1732450.1514686X-RAY DIFFRACTION99.8987
3.871-4.7390.1491900.1273958X-RAY DIFFRACTION100
4.739-6.6950.1411580.1363074X-RAY DIFFRACTION100
6.695-59.8540.1531050.1391693X-RAY DIFFRACTION99.2274

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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