PDB-6yq6: Promiscuous Reductase LugOII Catalyzes Keto-reduction at C1 durin...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6yq6

タイトル

Promiscuous Reductase LugOII Catalyzes Keto-reduction at C1 during Lugdunomycin Biosynthesis

要素

Monooxygenase

キーワード

ANTIBIOTIC / lugdunomycin / keto-reduction / short chain alcohol reductase / Rossmann fold

機能・相同性

機能・相同性情報

FAD binding / monooxygenase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptomyces sp. QL37 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.08 Å

データ登録者

Xiao, X. / Elsayed, S.S. / Wu, C. / van der Heul, H. / Prota, A. / Huang, J. / Guo, R. / Abrahams, J.P. / van Wezel, G.P.

引用

ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2020
タイトル: Functional and Structural Insights into a Novel Promiscuous Ketoreductase of the Lugdunomycin Biosynthetic Pathway.
著者: Xiao, X. / Elsayed, S.S. / Wu, C. / van der Heul, H.U. / Metsa-Ketela, M. / Du, C. / Prota, A.E. / Chen, C.C. / Liu, W. / Guo, R.T. / Abrahams, J.P. / van Wezel, G.P.

履歴

登録	2020年4月16日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年9月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年9月30日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6yq6.cif.gz	183.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6yq6.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6yq6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6yq6_validation.pdf.gz	470.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6yq6_full_validation.pdf.gz	475.6 KB	表示
XML形式データ	6yq6_validation.xml.gz	24.5 KB	表示
CIF形式データ	6yq6_validation.cif.gz	35.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yq/6yq6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yq/6yq6	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6ypzC 6yq0C 6yq3C 4ospS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1ooe-d 4m8k-d 3t1f-d 3wg8-2 3bgt-3 3mcn-2 3ma7-2 5oio-d 4krg-1 3pib-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (3) #77 - 2006年5月ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase) 類似性 (3) #188 - 2015年8月テトラヒドロビオプテリンの生合成 (Tetrahydrobiopterin Biosynthesis) 類似性 (2) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (2)

登録構造単位

AAA: Monooxygenase

BBB: Monooxygenase

ヘテロ分子

55.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	185.994, 185.994, 75.638
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	178
Space group name H-M	P6₁22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	BBB-663- HOH

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン: (詳細: Chains AAA BBB) / NCSアンサンブル: (詳細: Chains AAA BBB)

#1: タンパク質	Monooxygenase 分子量: 26797.248 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptomyces sp. QL37 (バクテリア) 遺伝子: C5F59_12925 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: A0A2S6PN47
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 364 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.8 Å³/Da / 溶媒含有率: 67.61 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.3 M NaCl, 0.1 M Na Cacodylate, pH 6.5, 1.5 M (NH4)2SO4

-
データ収集

回折	平均測定温度: 298 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月22日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.08→47.471 Å / Num. obs: 87905 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 20.9 % / B_iso Wilson estimate: 33.82 Å² / CC_1/2: 0.994 / R_merge(I) obs: 0.399 / R_rim(I) all: 0.409 / Net I/σ(I): 12.5
反射シェル	解像度: 2.08→2.13 Å / R_merge(I) obs: 2.839 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 14133 / CC_1/2: 0.431 / R_rim(I) all: 2.912 / % possible all: 99

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4osp

4osp

解像度: 2.08→47.471 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.961 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.938 / WR_factor R_free: 0.175 / WR_factor R_work: 0.14 / SU B: 7.502 / SU ML: 0.099 / Average fsc free: 0.9287 / Average fsc work: 0.935 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.135 / ESU R Free: 0.13 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2035	2313	4.966 %
R_work	0.1682	44261	-
all	0.17	-	-
obs	-	46574	99.865 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 28.094 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.006 Å²	-0.003 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.006 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.019 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.08→47.471 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3500	0	107	364	3971

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.013	3691
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	3588
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.83	1.648	4973
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.518	1.572	8245
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.304	5	486
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	25.784	20.628	191
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.182	15	588
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.911	15	37
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.094	0.2	493
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	4168
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	771
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.208	0.2	797
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.186	0.2	3531
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.162	0.2	1804
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.081	0.2	1880
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.161	0.2	281
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.093	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.201	0.2	25
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.238	0.2	94
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.144	0.2	16
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.751	2.145	1911
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.741	2.142	1909
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.768	3.191	2384
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.762	3.191	2384
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.808	2.563	1780
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.676	2.54	1769
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.324	3.663	2581
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.187	3.624	2564
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	7.876	42.309	16065
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	7.778	41.871	15780
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.094	0.05	6889

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.08-2.134	0.287	172	0.273	3168	X-RAY DIFFRACTION	98.38
2.134-2.192	0.246	142	0.238	3163	X-RAY DIFFRACTION	100
2.192-2.256	0.24	159	0.216	3058	X-RAY DIFFRACTION	100
2.256-2.325	0.201	157	0.205	2972	X-RAY DIFFRACTION	100
2.325-2.402	0.266	152	0.194	2878	X-RAY DIFFRACTION	100
2.402-2.486	0.215	146	0.176	2796	X-RAY DIFFRACTION	100
2.486-2.58	0.189	132	0.172	2712	X-RAY DIFFRACTION	100
2.58-2.685	0.206	163	0.158	2573	X-RAY DIFFRACTION	100
2.685-2.804	0.2	122	0.151	2515	X-RAY DIFFRACTION	100
2.804-2.941	0.2	139	0.151	2380	X-RAY DIFFRACTION	100
2.941-3.1	0.173	123	0.152	2287	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1-3.288	0.211	123	0.161	2169	X-RAY DIFFRACTION	100
3.288-3.515	0.174	118	0.154	2021	X-RAY DIFFRACTION	100
3.515-3.797	0.18	79	0.149	1943	X-RAY DIFFRACTION	100
3.797-4.159	0.167	79	0.139	1769	X-RAY DIFFRACTION	100
4.159-4.649	0.179	79	0.122	1620	X-RAY DIFFRACTION	100
4.649-5.368	0.181	89	0.154	1419	X-RAY DIFFRACTION	100
5.368-6.572	0.246	59	0.194	1239	X-RAY DIFFRACTION	100
6.572-9.287	0.182	47	0.159	992	X-RAY DIFFRACTION	100
9.287-47.471	0.292	33	0.215	587	X-RAY DIFFRACTION	98.7261

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.3081	-0.2989	-0.0561	0.6876	-0.1295	0.0959	0.0474	-0.0082	-0.0102	-0.107	-0.043	0.0128	0.0109	0.0247	-0.0044	0.1214	0.0119	0.0005	0.0153	-0.0186	0.0398	78.6188	21.89	-4.5953
2	0.4975	-0.3534	0.1924	0.4131	-0.2683	0.1819	-0.0823	-0.0513	-0.0618	0.0382	0.0959	0.0257	-0.02	-0.0703	-0.0136	0.0838	0.0342	0.0335	0.0447	0.0053	0.0374	70.7404	28.0567	26.3905

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	AAA	1 - 1901
2	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	BBB	1 - 1401

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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