PDB-6ypz: Promiscuous Reductase LugOII Catalyzes Keto-reduction at C1 durin...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6ypz

タイトル

Promiscuous Reductase LugOII Catalyzes Keto-reduction at C1 during Lugdunomycin Biosynthesis

要素

Monooxygenase

キーワード

ANTIBIOTIC / lugdunomycin / keto-reduction / short chain alcohol reductase / Rossmann fold

機能・相同性

機能・相同性情報

monooxygenase activity / FAD binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptomyces sp. QL37 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.08 Å

データ登録者

Xiao, X. / Elsayed, S.S. / Wu, C. / van der Heul, H. / Prota, A. / Huang, J. / Guo, R. / Abrahams, J.P. / van Wezel, G.P.

引用

ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2020
タイトル: Functional and Structural Insights into a Novel Promiscuous Ketoreductase of the Lugdunomycin Biosynthetic Pathway.
著者: Xiao, X. / Elsayed, S.S. / Wu, C. / van der Heul, H.U. / Metsa-Ketela, M. / Du, C. / Prota, A.E. / Chen, C.C. / Liu, W. / Guo, R.T. / Abrahams, J.P. / van Wezel, G.P.

履歴

登録	2020年4月16日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年9月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年9月30日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6ypz.cif.gz	191.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6ypz.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6ypz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6ypz_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6ypz_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	6ypz_validation.xml.gz	26.5 KB	表示
CIF形式データ	6ypz_validation.cif.gz	39.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yp/6ypz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yp/6ypz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6yq0C 6yq3C 6yq6C 4ospS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6yq0-d 2ntv-d 4nbv-d 4qed-d 2ntj-d 4oso-d 6yq3-d 1pv2-1 3wog-d 5dtt-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (3) #77 - 2006年5月ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase) 類似性 (3) #188 - 2015年8月テトラヒドロビオプテリンの生合成 (Tetrahydrobiopterin Biosynthesis) 類似性 (2) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (2) #34 - 2002年10月ジヒドロ葉酸還元酵素 (Dihydrofolate Reductase) 類似性 (1) #57 - 2004年9月カタラーゼ (Catalase) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#90 - 2007年6月
脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase)
類似性 (3)
#77 - 2006年5月
ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase)
類似性 (3)
#188 - 2015年8月
テトラヒドロビオプテリンの生合成 (Tetrahydrobiopterin Biosynthesis)
類似性 (2)
#216 - 2017年12月
生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic)
類似性 (2)
#34 - 2002年10月
ジヒドロ葉酸還元酵素 (Dihydrofolate Reductase)
類似性 (1)
#57 - 2004年9月
カタラーゼ (Catalase)
類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Monooxygenase

BBB: Monooxygenase

ヘテロ分子

56 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	87.828, 59.965, 88.428
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 102.513, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	I121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン: (詳細: Chains AAA BBB)

#1: タンパク質	Monooxygenase 分子量: 26797.248 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptomyces sp. QL37 (バクテリア) 遺伝子: C5F59_12925 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2S6PN47
#2: 化合物	ChemComp-NDP / NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NADPH 分子量: 745.421 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₃₀N₇O₁₇P₃
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 508 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.12 Å³/Da / 溶媒含有率: 42 %
結晶化	温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 20% PEG 3350, 0.1 M Na Malonate, 0.1 M BIS-TRIS prop, pH 6.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 298 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月22日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.08→49.3 Å / Num. obs: 428985 / % possible obs: 95.4 % / 冗長度: 3.1 % / B_iso Wilson estimate: 12.94 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.054 / R_rim(I) all: 0.064 / R_sym value: 0.054 / Net I/σ(I): 13.4
反射シェル	解像度: 1.08→1.108 Å / 冗長度: 3 % / R_merge(I) obs: 0.679 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 67732 / CC_1/2: 0.648 / R_rim(I) all: 0.827 / R_sym value: 0.679 / % possible all: 99.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4osp

4osp

解像度: 1.08→49.298 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.98 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.974 / WR_factor R_free: 0.15 / WR_factor R_work: 0.131 / SU B: 0.947 / SU ML: 0.021 / Average fsc free: 0.9365 / Average fsc work: 0.939 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.026 / ESU R Free: 0.029 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1653	9588	5.009 %
R_work	0.1457	181839	-
all	0.147	-	-
obs	-	191427	99.91 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 11.858 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.316 Å²	0 Å²	-0.244 Å²
2-	-	0.492 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.062 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.08→49.298 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3730	0	158	508	4396

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.022	0.013	4028
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	3818
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.215	1.654	5468
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.654	1.574	8803
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.158	5	524
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	26.615	20.952	210
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	10.422	15	636
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.115	15	39
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.127	0.2	549
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.013	0.02	4577
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	842
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.235	0.2	885
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.186	0.2	3795
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.178	0.2	2040
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.089	0.2	1958
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.225	0.2	372
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.318	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.269	0.2	32
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.285	0.2	117
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.171	0.2	36
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.114	0.904	2044
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.101	0.902	2042
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.658	1.36	2557
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.651	1.359	2557
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.117	1.141	1984
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.117	1.142	1985
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.056	1.622	2900
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.056	1.623	2901
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.235	19.095	18116
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.057	18.476	17668
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.077	0.05	7811

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.08-1.108	0.266	669	0.27	13457	X-RAY DIFFRACTION	99.9646
1.108-1.138	0.235	730	0.236	13024	X-RAY DIFFRACTION	99.9346
1.138-1.171	0.223	677	0.211	12678	X-RAY DIFFRACTION	99.9701
1.171-1.207	0.212	668	0.202	12363	X-RAY DIFFRACTION	99.9923
1.207-1.247	0.189	646	0.187	11921	X-RAY DIFFRACTION	99.9841
1.247-1.291	0.189	596	0.175	11593	X-RAY DIFFRACTION	99.9672
1.291-1.339	0.17	554	0.158	11216	X-RAY DIFFRACTION	99.983
1.339-1.394	0.184	539	0.155	10821	X-RAY DIFFRACTION	99.9736
1.394-1.456	0.158	554	0.142	10280	X-RAY DIFFRACTION	100
1.456-1.527	0.164	553	0.136	9877	X-RAY DIFFRACTION	99.9808
1.527-1.61	0.148	509	0.128	9364	X-RAY DIFFRACTION	99.9797
1.61-1.707	0.142	458	0.125	8896	X-RAY DIFFRACTION	100
1.707-1.825	0.138	436	0.121	8375	X-RAY DIFFRACTION	99.9886
1.825-1.971	0.149	385	0.125	7824	X-RAY DIFFRACTION	99.9878
1.971-2.159	0.142	399	0.124	7171	X-RAY DIFFRACTION	99.9604
2.159-2.414	0.157	303	0.12	6525	X-RAY DIFFRACTION	99.7662
2.414-2.787	0.151	304	0.131	5691	X-RAY DIFFRACTION	99.4361
2.787-3.411	0.163	290	0.131	4821	X-RAY DIFFRACTION	99.3199
3.411-4.819	0.156	208	0.126	3766	X-RAY DIFFRACTION	99.3997
4.819-49.298	0.17	108	0.181	2127	X-RAY DIFFRACTION	98.9376

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.1718	-0.0513	0.0188	0.0664	0.0149	0.1135	0.0028	0.016	0.0094	0.01	0.003	0.0061	0.0151	-0.0119	-0.0058	0.0046	-0.0018	-0.0005	0.0107	0.0021	0.0135	-21.2757	-31.6229	-6.7346
2	0.1778	0.0666	0.0882	0.0324	0.0101	0.1769	-0.0053	-0.0412	0.031	-0.0054	-0.0097	0.0077	-0.002	-0.0238	0.015	0.0047	-0.0013	0.0026	0.0185	-0.0129	0.0101	-7.63	-25.5774	21.2106

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	AAA	2 - 1201
2	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	BBB	2 - 1301

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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