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- PDB-6ypc: Crystal structure of the kinetochore subunits H/I/K/T/W penta-com... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ypc
タイトルCrystal structure of the kinetochore subunits H/I/K/T/W penta-complex from S. cerevisiae at 2.9 angstroms
要素(Inner kinetochore subunit ...) x 5
キーワードCELL CYCLE / kinetochore / cenp complex / centromeres / chromosome segregation
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of kinetochore assembly / attachment of spindle microtubules to kinetochore / centromeric DNA binding / establishment of mitotic sister chromatid cohesion / mitotic spindle assembly checkpoint signaling / DNA replication initiation / meiotic cell cycle / chromosome segregation / kinetochore / cell division ...negative regulation of kinetochore assembly / attachment of spindle microtubules to kinetochore / centromeric DNA binding / establishment of mitotic sister chromatid cohesion / mitotic spindle assembly checkpoint signaling / DNA replication initiation / meiotic cell cycle / chromosome segregation / kinetochore / cell division / protein-containing complex binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Inner kinetochore subunit CNN1 / Inner kinetochore subunit MCM22 / Inner kinetochore subunit MCM16 / Inner kinetochore subunit CTF3 / Inner kinetochore subunit WIP1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Bellini, D. / Zhang, Z. / Barford, D.
資金援助2件
組織認可番号国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MC_UP_1201/6
Cancer Research UKC576/A14109
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2020
タイトル: Crystal structure of the Cenp-HIKHead-TW sub-module of the inner kinetochore CCAN complex.
著者: Zhang, Z. / Bellini, D. / Barford, D.
履歴
登録2020年4月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年9月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年3月3日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
K: Inner kinetochore subunit MCM22
H: Inner kinetochore subunit MCM16
T: Inner kinetochore subunit CNN1
W: Inner kinetochore subunit WIP1
I: Inner kinetochore subunit CTF3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)99,1695
ポリマ－99,1695
非ポリマー00
水1267
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: immunoprecipitation
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12170 Å2
ΔGint-76 kcal/mol
Surface area24610 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)132.577, 132.577, 241.676
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number98
Space group name H-MI4122
Space group name HallI4bw2bw
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x,z+3/4
#3: y+1/2,-x,z+3/4
#4: x+1/2,-y,-z+3/4
#5: -x+1/2,y,-z+3/4
#6: -x,-y,z
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z
#9: x+1/2,y+1/2,z+1/2
#10: -y+1,x+1/2,z+5/4
#11: y+1,-x+1/2,z+5/4
#12: x+1,-y+1/2,-z+5/4
#13: -x+1,y+1/2,-z+5/4
#14: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2
#15: y+1/2,x+1/2,-z+1/2
#16: -y+1/2,-x+1/2,-z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11K-302-

HOH

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要素

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Inner kinetochore subunit ... , 5種, 5分子 KHTWI

#1: タンパク質 Inner kinetochore subunit MCM22 / CENP-K homolog / Constitutive centromere-associated network protein MCM22 / Minichromosome ...CENP-K homolog / Constitutive centromere-associated network protein MCM22 / Minichromosome maintenance protein 22


分子量: 12748.634 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
遺伝子: MCM22, YJR135C, J2122 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P47167
#2: タンパク質・ペプチド Inner kinetochore subunit MCM16 / CENP-H homolog / Constitutive centromere-associated network protein MCM16 / Minichromosome ...CENP-H homolog / Constitutive centromere-associated network protein MCM16 / Minichromosome maintenance protein 16


分子量: 5153.744 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
遺伝子: MCM16, YPR046W / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q12262
#3: タンパク質 Inner kinetochore subunit CNN1 / CENP-T homolog / Co-purified with NNF1 protein 1 / Constitutive centromere-associated network protein CNN1


分子量: 42154.633 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
遺伝子: CNN1, YFR046C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P43618
#4: タンパク質 Inner kinetochore subunit WIP1 / CENP-W homolog / Constitutive centromere-associated network protein WIP1 / W-like protein 1


分子量: 10255.458 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
遺伝子: WIP1, YDR374W-A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q2V2P8
#5: タンパク質 Inner kinetochore subunit CTF3 / CENP-I homolog / Chromosome loss protein 3 / Chromosome transmission fidelity protein 3 / ...CENP-I homolog / Chromosome loss protein 3 / Chromosome transmission fidelity protein 3 / Constitutive centromere-associated network protein CTF3


分子量: 28856.742 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
遺伝子: CTF3, CHL3, YLR381W / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q12748

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非ポリマー , 1種, 7分子

#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.85 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 1 M NaH2PO4 and 0.38M K2HPO4 with protein at 5.5 mg/ml

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.9465 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年10月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9465 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→74.07 Å / Num. obs: 24344 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 63.3 % / Biso Wilson estimate: 78.5 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.368 / Rpim(I) all: 0.047 / Net I/σ(I): 10
反射 シェル解像度: 2.9→3.07 Å / Num. unique obs: 3860 / CC1/2: 0.684 / Rpim(I) all: 1.826

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC1.17.1_3660精密化
PHENIX1.17.1_3660精密化
DIALSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5Z08 and 3B0D

5z08

3b0d


解像度: 2.9→68.85 Å / SU ML: 0.4099 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 33.3898
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2829 1027 5.22 %
Rwork0.2283 18651 -
obs0.2312 19678 80.88 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 72.07 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→68.85 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4334 0 0 7 4341
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00974411
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.26265975
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0616712
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0065742
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.6764571
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.9-3.050.3617790.32481204X-RAY DIFFRACTION37.79
3.05-3.240.3396760.27951765X-RAY DIFFRACTION53.69
3.24-3.490.32211240.27682447X-RAY DIFFRACTION75.02
3.49-3.840.33531770.26343192X-RAY DIFFRACTION98.14
3.84-4.40.29132060.22173247X-RAY DIFFRACTION99.65
4.4-5.540.25311850.2073307X-RAY DIFFRACTION99.77
5.54-68.850.26141800.21153489X-RAY DIFFRACTION99.97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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