PDB-6yp6: Structural annotation of the conserved carbohydrate esterase vb_2...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6yp6

タイトル

Structural annotation of the conserved carbohydrate esterase vb_24B_21 from Shiga toxin-encoding bacteriophage phi24B

要素

NanS-p

キーワード

SUGAR BINDING PROTEIN / Carbohydrate binding protein

機能・相同性

機能・相同性情報

hydrolase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia phage vB_EcoP_24B (ファージ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 0.97 Å

データ登録者

Mayans, O. / Franke, B.

引用

ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2020
タイトル: Structural annotation of the conserved carbohydrate esterase vb_24B_21 from Shiga toxin-encoding bacteriophage Phi 24 B .
著者: Franke, B. / Veses-Garcia, M. / Diederichs, K. / Allison, H. / Rigden, D.J. / Mayans, O.

履歴

登録	2020年4月15日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年9月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年10月7日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.title
改定 1.2	2024年5月15日	Group: Advisory / Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6yp6.cif.gz	179.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6yp6.ent.gz	119.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6yp6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6yp6_validation.pdf.gz	429.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6yp6_full_validation.pdf.gz	431 KB	表示
XML形式データ	6yp6_validation.xml.gz	15 KB	表示
CIF形式データ	6yp6_validation.cif.gz	23.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yp/6yp6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yp/6yp6	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1hfr-d 2c2t-1 1dls-d 4jzr-d 3nxv-d 3nxy-d 3nxr-d 1dr6-d 6ixz-1 1hfp-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: NanS-p

ヘテロ分子

23 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	54.522, 54.824, 72.770
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

#1: タンパク質	NanS-p / 933Wp42 / vb_24B_21 分子量: 22901.604 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Escherichia phage vB_EcoP_24B (ファージ) 遺伝子: vb_24B_21 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G3CFL3
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 431 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.37 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.2 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.9 M LiSO4, 10% [v/v] glycerol, 0.1 M Hepes pH 7.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.7514 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年4月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.7514 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 0.97→25 Å / Num. obs: 128671 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 7.1 % / CC_1/2: 0.99 / R_sym value: 0.079 / Net I/σ(I): 14.64
反射シェル	解像度: 0.97→0.98 Å / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 3878 / CC_1/2: 0.4 / R_sym value: 1.55

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS	VERSION Mar 15, 2019	data processing
PHENIX	1.17.1_3660	精密化
XDS	VERSION Mar 15, 2019	データ削減
XDS	VERSION Mar 15, 2019	データスケーリング
SHELXDE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 0.97→24.49 Å / SU ML: 0.0824 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 15.737

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1719	6441	5.01 %
R_work	0.1501	-	-
obs	0.1512	128655	99.5 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 15.71 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 0.97→24.49 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1615	0	6	431	2052

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0066	1703
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.9834	2323
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0833	264
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0055	303
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.0221	593

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
0.97-0.98	0.2878	251	0.3027	3997	X-RAY DIFFRACTION	99.46
0.98-0.99	0.2898	212	0.275	4041	X-RAY DIFFRACTION	99.91
0.99-1	0.2447	216	0.2497	4042	X-RAY DIFFRACTION	99.95
1-1.02	0.2415	238	0.2296	4039	X-RAY DIFFRACTION	99.91
1.02-1.03	0.229	218	0.2077	4040	X-RAY DIFFRACTION	99.95
1.03-1.04	0.2319	193	0.1988	4072	X-RAY DIFFRACTION	99.98
1.04-1.06	0.2077	218	0.1909	4038	X-RAY DIFFRACTION	99.95
1.06-1.08	0.3211	209	0.3055	4004	X-RAY DIFFRACTION	98.87
1.08-1.09	0.2945	226	0.2387	4016	X-RAY DIFFRACTION	98.77
1.09-1.11	0.1653	235	0.1533	4038	X-RAY DIFFRACTION	99.91
1.11-1.13	0.2131	219	0.1794	4017	X-RAY DIFFRACTION	99.93
1.13-1.15	0.1452	237	0.1423	4036	X-RAY DIFFRACTION	99.84
1.15-1.17	0.1486	206	0.1256	4082	X-RAY DIFFRACTION	99.98
1.17-1.2	0.1487	203	0.1268	4108	X-RAY DIFFRACTION	100
1.2-1.22	0.1786	219	0.1596	4009	X-RAY DIFFRACTION	99.37
1.22-1.25	0.1918	215	0.1743	4083	X-RAY DIFFRACTION	99.49
1.25-1.28	0.1359	182	0.1278	4077	X-RAY DIFFRACTION	99.93
1.28-1.32	0.2093	240	0.1873	4010	X-RAY DIFFRACTION	98.7
1.32-1.36	0.1607	195	0.1267	4092	X-RAY DIFFRACTION	99.93
1.36-1.4	0.1442	206	0.1182	4117	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4-1.45	0.1437	212	0.1271	4078	X-RAY DIFFRACTION	99.88
1.45-1.51	0.1492	200	0.1337	4080	X-RAY DIFFRACTION	99.72
1.51-1.58	0.1385	178	0.1136	4143	X-RAY DIFFRACTION	99.93
1.58-1.66	0.1453	221	0.1161	4128	X-RAY DIFFRACTION	99.98
1.66-1.76	0.1514	231	0.1245	4100	X-RAY DIFFRACTION	100
1.76-1.9	0.1576	201	0.1296	4154	X-RAY DIFFRACTION	99.93
1.9-2.09	0.1619	213	0.1488	4101	X-RAY DIFFRACTION	99.01
2.09-2.39	0.1527	187	0.1484	4130	X-RAY DIFFRACTION	98.56
2.39-3.01	0.1581	250	0.1375	4176	X-RAY DIFFRACTION	99.98
3.01-24.49	0.1829	210	0.1519	4166	X-RAY DIFFRACTION	94.72

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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