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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6yp6 | ||||||
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タイトル | Structural annotation of the conserved carbohydrate esterase vb_24B_21 from Shiga toxin-encoding bacteriophage phi24B | ||||||
![]() | NanS-p | ||||||
![]() | SUGAR BINDING PROTEIN / Carbohydrate binding protein | ||||||
機能・相同性 | Domain of unknown function DUF1737 / Domain of unknown function (DUF1737) / Sialate O-acetylesterase domain / Carbohydrate esterase, sialic acid-specific acetylesterase / SGNH hydrolase superfamily / hydrolase activity / Uncharacterized protein![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Mayans, O. / Franke, B. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural annotation of the conserved carbohydrate esterase vb_24B_21 from Shiga toxin-encoding bacteriophage Phi 24 B . 著者: Franke, B. / Veses-Garcia, M. / Diederichs, K. / Allison, H. / Rigden, D.J. / Mayans, O. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 179.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 119.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 429.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 431 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 15 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 23.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 22901.604 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: vb_24B_21 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-GOL / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.2 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.9 M LiSO4, 10% [v/v] glycerol, 0.1 M Hepes pH 7.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年4月10日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.7514 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 0.97→25 Å / Num. obs: 128671 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 7.1 % / CC1/2: 0.99 / Rsym value: 0.079 / Net I/σ(I): 14.64 |
反射 シェル | 解像度: 0.97→0.98 Å / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 3878 / CC1/2: 0.4 / Rsym value: 1.55 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 15.71 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 0.97→24.49 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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