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- PDB-6yox: 14-3-3 sigma with RelA/p65 binding site pS45 and covalently bound... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6yox
タイトル14-3-3 sigma with RelA/p65 binding site pS45 and covalently bound TCF521-027
要素
  • 14-3-3 protein sigma
  • p65pS45
キーワードPEPTIDE BINDING PROTEIN / 4-(methylsulfonyl)-benzaldehyde / covalent fragment / p65 / 1433
機能・相同性
機能・相同性情報


prolactin signaling pathway / DEx/H-box helicases activate type I IFN and inflammatory cytokines production / NF-kappaB p50/p65 complex / toll-like receptor TLR6:TLR2 signaling pathway / IkBA variant leads to EDA-ID / positive regulation of Schwann cell differentiation / response to cobalamin / cellular response to peptidoglycan / ankyrin repeat binding / Regulated proteolysis of p75NTR ...prolactin signaling pathway / DEx/H-box helicases activate type I IFN and inflammatory cytokines production / NF-kappaB p50/p65 complex / toll-like receptor TLR6:TLR2 signaling pathway / IkBA variant leads to EDA-ID / positive regulation of Schwann cell differentiation / response to cobalamin / cellular response to peptidoglycan / ankyrin repeat binding / Regulated proteolysis of p75NTR / CLEC7A/inflammasome pathway / SUMOylation of immune response proteins / RIP-mediated NFkB activation via ZBP1 / postsynapse to nucleus signaling pathway / negative regulation of protein sumoylation / Interleukin-1 processing / nucleotide-binding oligomerization domain containing 2 signaling pathway / defense response to tumor cell / cellular response to interleukin-6 / actinin binding / response to UV-B / non-canonical NF-kappaB signal transduction / negative regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of miRNA metabolic process / Regulation of NFE2L2 gene expression / positive regulation of leukocyte adhesion to vascular endothelial cell / interleukin-1-mediated signaling pathway / NF-kappaB complex / signal transduction involved in regulation of gene expression / vascular endothelial growth factor signaling pathway / toll-like receptor 4 signaling pathway / positive regulation of amyloid-beta formation / cellular response to hepatocyte growth factor stimulus / regulation of epidermal cell division / protein kinase C inhibitor activity / positive regulation of epidermal cell differentiation / keratinocyte development / keratinization / phosphate ion binding / positive regulation of T cell receptor signaling pathway / cellular response to lipoteichoic acid / regulation of cell-cell adhesion / response to muramyl dipeptide / TRAF6 mediated NF-kB activation / positive regulation of vascular endothelial growth factor production / cellular response to angiotensin / Transcriptional Regulation by VENTX / The NLRP3 inflammasome / cAMP/PKA signal transduction / Regulation of localization of FOXO transcription factors / keratinocyte proliferation / general transcription initiation factor binding / cellular response to interleukin-1 / phosphoserine residue binding / hair follicle development / response to cAMP / canonical NF-kappaB signal transduction / Activation of BAD and translocation to mitochondria / negative regulation of keratinocyte proliferation / neuropeptide signaling pathway / NF-kappaB binding / response to amino acid / establishment of skin barrier / negative regulation of protein localization to plasma membrane / cellular defense response / Chk1/Chk2(Cds1) mediated inactivation of Cyclin B:Cdk1 complex / SARS-CoV-2 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / RNA polymerase II core promoter sequence-specific DNA binding / Purinergic signaling in leishmaniasis infection / NF-kB is activated and signals survival / negative regulation of protein kinase activity / negative regulation of stem cell proliferation / SARS-CoV-1 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / RHO GTPases activate PKNs / positive regulation of protein localization / response to muscle stretch / response to cytokine / positive regulation of interleukin-12 production / antiviral innate immune response / peptide binding / negative regulation of cytokine production involved in inflammatory response / CD209 (DC-SIGN) signaling / positive regulation of cell adhesion / response to interleukin-1 / negative regulation of insulin receptor signaling pathway / negative regulation of miRNA transcription / protein sequestering activity / negative regulation of innate immune response / response to progesterone / protein export from nucleus / negative regulation of angiogenesis / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in G2 Cell Cycle Arrest / Dectin-1 mediated noncanonical NF-kB signaling / release of cytochrome c from mitochondria / response to ischemia / Turbulent (oscillatory, disturbed) flow shear stress activates signaling by PIEZO1 and integrins in endothelial cells / animal organ morphogenesis / positive regulation of interleukin-1 beta production / positive regulation of protein export from nucleus / Activation of NF-kappaB in B cells
類似検索 - 分子機能
Transcription factor RelA (p65) / NF-kappa-B/Dorsal / Rel homology domain, conserved site / NFkappaB IPT domain / NF-kappa-B/Rel/dorsal domain signature. / Rel homology domain (RHD), DNA-binding domain / Rel homology dimerisation domain / Rel homology DNA-binding domain / Rel homology dimerisation domain / NF-kappa-B/Rel/dorsal domain profile. ...Transcription factor RelA (p65) / NF-kappa-B/Dorsal / Rel homology domain, conserved site / NFkappaB IPT domain / NF-kappa-B/Rel/dorsal domain signature. / Rel homology domain (RHD), DNA-binding domain / Rel homology dimerisation domain / Rel homology DNA-binding domain / Rel homology dimerisation domain / NF-kappa-B/Rel/dorsal domain profile. / Rel homology domain (RHD), DNA-binding domain superfamily / ig-like, plexins, transcription factors / IPT domain / 14-3-3 protein sigma / 14-3-3 proteins signature 2. / 14-3-3 protein, conserved site / 14-3-3 proteins signature 1. / 14-3-3 protein / 14-3-3 homologues / 14-3-3 domain / 14-3-3 domain superfamily / 14-3-3 protein / p53-like transcription factor, DNA-binding / Immunoglobulin E-set / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
N-[4-(hydroxymethyl)phenyl]acetamide / 14-3-3 protein sigma / Transcription factor p65
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Wolter, M. / Ottmann, C.
資金援助European Union, 1件
組織認可番号国
European Commission675179European Union
引用ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2020
タイトル: Fragment-Based Stabilizers of Protein-Protein Interactions through Imine-Based Tethering.
著者: Wolter, M. / Valenti, D. / Cossar, P.J. / Levy, L.M. / Hristeva, S. / Genski, T. / Hoffmann, T. / Brunsveld, L. / Tzalis, D. / Ottmann, C.
履歴
登録2020年4月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年9月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年10月7日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22020年12月16日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 14-3-3 protein sigma
P: p65pS45
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,9046
ポリマ－29,6392
非ポリマー2654
水4,143230
1
A: 14-3-3 protein sigma
P: p65pS45
ヘテロ分子

A: 14-3-3 protein sigma
P: p65pS45
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,80812
ポリマ－59,2784
非ポリマー5308
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
Buried area4890 Å2
ΔGint-64 kcal/mol
Surface area23260 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.148, 111.890, 62.269
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-613-

HOH

21A-624-

HOH

31A-625-

HOH

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要素

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 AP

#1: タンパク質 14-3-3 protein sigma / Epithelial cell marker protein 1 / Stratifin


分子量: 28226.518 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SFN, HME1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P31947
#2: タンパク質・ペプチド p65pS45


分子量: 1412.429 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q04206*PLUS

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非ポリマー , 5種, 234分子

#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-L3V / N-[4-(hydroxymethyl)phenyl]acetamide / N-[4-(ヒドロキシメチル)フェニル]アセトアミド


分子量: 165.189 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H11NO2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#6: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 230 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.78 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.095 M HEPES Na pH 7.1, 27% PEG400, 0.19M Calcium chloride, 5% Glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.91587 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年12月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91587 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→62.28 Å / Num. obs: 18437 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 11.6 % / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.26 / Rrim(I) all: 0.272 / Net I/σ(I): 6
反射 シェル解像度: 2.05→2.1 Å / Rmerge(I) obs: 0.95 / Num. unique obs: 1348 / CC1/2: 0.887 / R split: 1.8 / Rrim(I) all: 1.014 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0230精密化
DIALSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6QHL

6qhl


解像度: 2.05→56.01 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.909 / SU B: 6.494 / SU ML: 0.164 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.197 / ESU R Free: 0.179 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24518 898 4.9 %RANDOM
Rwork0.19276 ---
obs0.19537 17525 99.92 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 31.937 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.34 Å20 Å2-0 Å2
2--1.95 Å20 Å2
3----3.29 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.05→56.01 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1899 0 14 230 2143
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0141942
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0171733
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1971.6732617
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9471.6534063
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.3275245
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.62522.941102
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.94115347
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.8321513
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0640.2251
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.022210
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02340
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.2173.204983
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.1843.199982
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.3644.7851227
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.3714.791228
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.7183.363959
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.7173.366960
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.1874.9561391
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.82238.2722383
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.61937.8632327
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.05→2.102 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.338 62 -
Rwork0.336 1276 -
obs--99.11 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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