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- PDB-6yow: 14-3-3 sigma with RelA/p65 binding site pS45 and covalently bound... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6yow
タイトル14-3-3 sigma with RelA/p65 binding site pS45 and covalently bound TCF521
要素
  • 14-3-3 protein sigma
  • p65pS45
キーワードPEPTIDE BINDING PROTEIN / 4-(methylsulfonyl)-benzaldehyde / covalent fragment / p65 / 1433
機能・相同性
機能・相同性情報


prolactin signaling pathway / DEx/H-box helicases activate type I IFN and inflammatory cytokines production / NF-kappaB p50/p65 complex / toll-like receptor TLR6:TLR2 signaling pathway / IkBA variant leads to EDA-ID / positive regulation of Schwann cell differentiation / cellular response to peptidoglycan / ankyrin repeat binding / Regulated proteolysis of p75NTR / CLEC7A/inflammasome pathway ...prolactin signaling pathway / DEx/H-box helicases activate type I IFN and inflammatory cytokines production / NF-kappaB p50/p65 complex / toll-like receptor TLR6:TLR2 signaling pathway / IkBA variant leads to EDA-ID / positive regulation of Schwann cell differentiation / cellular response to peptidoglycan / ankyrin repeat binding / Regulated proteolysis of p75NTR / CLEC7A/inflammasome pathway / SUMOylation of immune response proteins / RIP-mediated NFkB activation via ZBP1 / postsynapse to nucleus signaling pathway / negative regulation of protein sumoylation / Interleukin-1 processing / nucleotide-binding oligomerization domain containing 2 signaling pathway / defense response to tumor cell / cellular response to interleukin-6 / actinin binding / response to UV-B / non-canonical NF-kappaB signal transduction / negative regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of miRNA metabolic process / Regulation of NFE2L2 gene expression / positive regulation of leukocyte adhesion to vascular endothelial cell / interleukin-1-mediated signaling pathway / signal transduction involved in regulation of gene expression / NF-kappaB complex / vascular endothelial growth factor signaling pathway / toll-like receptor 4 signaling pathway / positive regulation of amyloid-beta formation / cellular response to hepatocyte growth factor stimulus / regulation of epidermal cell division / protein kinase C inhibitor activity / positive regulation of epidermal cell differentiation / keratinocyte development / response to cobalamin / phosphate ion binding / keratinization / positive regulation of T cell receptor signaling pathway / regulation of cell-cell adhesion / cellular response to lipoteichoic acid / response to muramyl dipeptide / TRAF6 mediated NF-kB activation / cAMP/PKA signal transduction / positive regulation of vascular endothelial growth factor production / The NLRP3 inflammasome / cellular response to angiotensin / Transcriptional Regulation by VENTX / Regulation of localization of FOXO transcription factors / keratinocyte proliferation / general transcription initiation factor binding / phosphoserine residue binding / cellular response to interleukin-1 / hair follicle development / Activation of BAD and translocation to mitochondria / canonical NF-kappaB signal transduction / negative regulation of keratinocyte proliferation / neuropeptide signaling pathway / establishment of skin barrier / NF-kappaB binding / response to amino acid / negative regulation of protein localization to plasma membrane / cellular defense response / Chk1/Chk2(Cds1) mediated inactivation of Cyclin B:Cdk1 complex / SARS-CoV-2 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / Purinergic signaling in leishmaniasis infection / RNA polymerase II core promoter sequence-specific DNA binding / response to cAMP / negative regulation of stem cell proliferation / SARS-CoV-1 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / RHO GTPases activate PKNs / negative regulation of protein kinase activity / positive regulation of protein localization / tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / response to muscle stretch / response to cytokine / positive regulation of interleukin-12 production / antiviral innate immune response / peptide binding / negative regulation of cytokine production involved in inflammatory response / CD209 (DC-SIGN) signaling / positive regulation of cell adhesion / response to interleukin-1 / negative regulation of insulin receptor signaling pathway / NF-kB is activated and signals survival / protein sequestering activity / negative regulation of miRNA transcription / negative regulation of innate immune response / response to progesterone / protein export from nucleus / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in G2 Cell Cycle Arrest / negative regulation of angiogenesis / liver development / release of cytochrome c from mitochondria / Turbulent (oscillatory, disturbed) flow shear stress activates signaling by PIEZO1 and integrins in endothelial cells / positive regulation of protein export from nucleus / animal organ morphogenesis / positive regulation of interleukin-1 beta production / response to ischemia
類似検索 - 分子機能
Transcription factor RelA (p65) / NF-kappa-B/Dorsal / Rel homology domain, conserved site / NFkappaB IPT domain / NF-kappa-B/Rel/dorsal domain signature. / Rel homology domain (RHD), DNA-binding domain / Rel homology dimerisation domain / Rel homology DNA-binding domain / Rel homology dimerisation domain / NF-kappa-B/Rel/dorsal domain profile. ...Transcription factor RelA (p65) / NF-kappa-B/Dorsal / Rel homology domain, conserved site / NFkappaB IPT domain / NF-kappa-B/Rel/dorsal domain signature. / Rel homology domain (RHD), DNA-binding domain / Rel homology dimerisation domain / Rel homology DNA-binding domain / Rel homology dimerisation domain / NF-kappa-B/Rel/dorsal domain profile. / Rel homology domain (RHD), DNA-binding domain superfamily / 14-3-3 domain / ig-like, plexins, transcription factors / Delta-Endotoxin; domain 1 / IPT domain / 14-3-3 protein sigma / 14-3-3 proteins signature 2. / 14-3-3 protein, conserved site / 14-3-3 proteins signature 1. / 14-3-3 protein / 14-3-3 homologues / 14-3-3 domain / 14-3-3 domain superfamily / 14-3-3 protein / p53-like transcription factor, DNA-binding / Immunoglobulin E-set / Immunoglobulin-like fold / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
4-(methylsulfonyl)benzaldehyde / 14-3-3 protein sigma / Transcription factor p65
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.23 Å
データ登録者Wolter, M. / Ottmann, C.
資金援助European Union, 1件
組織認可番号国
European Commission675179European Union
引用ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2020
タイトル: Fragment-Based Stabilizers of Protein-Protein Interactions through Imine-Based Tethering.
著者: Wolter, M. / Valenti, D. / Cossar, P.J. / Levy, L.M. / Hristeva, S. / Genski, T. / Hoffmann, T. / Brunsveld, L. / Tzalis, D. / Ottmann, C.
履歴
登録2020年4月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年9月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年10月7日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22020年12月16日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 14-3-3 protein sigma
P: p65pS45
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,1563
ポリマ－27,9712
非ポリマー1841
水6,467359
1
A: 14-3-3 protein sigma
P: p65pS45
ヘテロ分子

A: 14-3-3 protein sigma
P: p65pS45
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,3116
ポリマ－55,9434
非ポリマー3682
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
Buried area4600 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area22940 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.542, 112.151, 62.610
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-409-

HOH

21A-718-

HOH

31A-742-

HOH

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要素

#1: タンパク質 14-3-3 protein sigma / Epithelial cell marker protein 1 / Stratifin


分子量: 26558.914 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SFN, HME1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P31947
#2: タンパク質・ペプチド p65pS45


分子量: 1412.429 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q04206*PLUS
#3: 化合物 ChemComp-L3Y / 4-(methylsulfonyl)benzaldehyde / 4-(メチルスルホニル)ベンズアルデヒド


分子量: 184.212 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H8O3S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 359 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.41 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.095 M HEPES Na pH 7.1, 27% PEG400, 0.19M Calcium chloride, 5% Glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, DESY / ビームライン: P11 / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年7月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.23→62.61 Å / Num. obs: 84336 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 8.6 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.069 / Rrim(I) all: 0.073 / Net I/σ(I): 14.3
反射 シェル解像度: 1.23→1.26 Å / Rmerge(I) obs: 0.513 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Num. unique obs: 6167 / CC1/2: 0.855 / Rrim(I) all: 0.557 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0230精密化
DIALSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3MHR

3mhr


解像度: 1.23→45.62 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.97 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.963 / SU B: 0.618 / SU ML: 0.027 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.04 / ESU R Free: 0.042 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19737 4352 5.2 %RANDOM
Rwork0.17512 ---
obs0.17624 79959 99.98 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 15.966 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.54 Å20 Å2-0 Å2
2---0.23 Å20 Å2
3----0.31 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.23→45.62 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1869 0 11 359 2239
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0141999
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0171776
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9461.6772707
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2081.6534177
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.855260
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.16222.075106
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.03215360
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.7921516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1050.2258
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.022316
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02356
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.6121.4021013
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.6041.41012
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.5752.0841279
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.5772.0851280
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.6371.602986
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.6351.602987
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.8122.3231428
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.32518.3762522
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other4.93417.2562414
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.23→1.262 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.267 311 -
Rwork0.26 5847 -
obs--99.84 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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