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- PDB-6yo6: Structure of iC3b1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6yo6
タイトルStructure of iC3b1
要素
  • hC3Nb1
  • iC3b1 alpha chain
  • iC3b1 beta chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / Innate Immunity / Complement system / inhibitor / nanobody / antibody
機能・相同性
機能・相同性情報


C5L2 anaphylatoxin chemotactic receptor binding / oviduct epithelium development / regulation of triglyceride biosynthetic process / positive regulation of activation of membrane attack complex / vertebrate eye-specific patterning / positive regulation of apoptotic cell clearance / complement-mediated synapse pruning / Alternative complement activation / Activation of C3 and C5 / positive regulation of phagocytosis, engulfment ...C5L2 anaphylatoxin chemotactic receptor binding / oviduct epithelium development / regulation of triglyceride biosynthetic process / positive regulation of activation of membrane attack complex / vertebrate eye-specific patterning / positive regulation of apoptotic cell clearance / complement-mediated synapse pruning / Alternative complement activation / Activation of C3 and C5 / positive regulation of phagocytosis, engulfment / positive regulation of lipid storage / positive regulation of G protein-coupled receptor signaling pathway / positive regulation of type IIa hypersensitivity / complement receptor mediated signaling pathway / complement-dependent cytotoxicity / positive regulation of D-glucose transmembrane transport / complement activation / complement activation, alternative pathway / endopeptidase inhibitor activity / neuron remodeling / amyloid-beta clearance / B cell activation / positive regulation of vascular endothelial growth factor production / complement activation, classical pathway / Purinergic signaling in leishmaniasis infection / Peptide ligand-binding receptors / Regulation of Complement cascade / response to bacterium / Post-translational protein phosphorylation / fatty acid metabolic process / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / positive regulation of protein phosphorylation / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / positive regulation of angiogenesis / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / azurophil granule lumen / blood microparticle / secretory granule lumen / G alpha (i) signalling events / immune response / G protein-coupled receptor signaling pathway / inflammatory response / receptor ligand activity / endoplasmic reticulum lumen / signaling receptor binding / Neutrophil degranulation / cell surface / signal transduction / protein-containing complex / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Complement C3-like, NTR domain / : / : / Complement component 3, CUB domain, second segment / Complement component 3, CUB domain, first segment / Alpha-2-macroglobulin, conserved site / Alpha-2-macroglobulin family thiolester region signature. / Complement C3/4/5, macroglobulin domain MG1 / Macroglobulin domain MG1 / Anaphylatoxin, complement system domain ...Complement C3-like, NTR domain / : / : / Complement component 3, CUB domain, second segment / Complement component 3, CUB domain, first segment / Alpha-2-macroglobulin, conserved site / Alpha-2-macroglobulin family thiolester region signature. / Complement C3/4/5, macroglobulin domain MG1 / Macroglobulin domain MG1 / Anaphylatoxin, complement system domain / : / Anaphylatoxin domain signature. / Alpha-macro-globulin thiol-ester bond-forming region / Anaphylatoxin, complement system / Anaphylatoxin/fibulin / Anaphylotoxin-like domain / Anaphylatoxin domain profile. / Anaphylatoxin homologous domain / Netrin C-terminal Domain / Netrin module, non-TIMP type / UNC-6/NTR/C345C module / Macroglobulin domain MG4 / Macroglobulin domain MG4 / Netrin domain / NTR domain profile. / Alpha-macroglobulin, receptor-binding / Alpha-macroglobulin, receptor-binding domain superfamily / Macroglobulin domain MG3 / : / A-macroglobulin receptor binding domain / Macroglobulin domain MG3 / A-macroglobulin receptor / Tissue inhibitor of metalloproteinases-like, OB-fold / Alpha-2-macroglobulin / Macroglobulin domain / Alpha-2-macroglobulin, bait region domain / Alpha-macroglobulin-like, TED domain / Alpha-2-macroglobulin family / MG2 domain / A-macroglobulin TED domain / Alpha-2-macroglobulin bait region domain / Alpha-2-Macroglobulin / Alpha-2-macroglobulin family / Terpenoid cyclases/protein prenyltransferase alpha-alpha toroid / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Lama glama (ラマ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 6 Å
データ登録者Jensen, R.K. / Andersen, G.R.
資金援助 デンマーク, 2件
組織認可番号国
Danish Council for Independent Research4181-00137 デンマーク
LundbeckfondenR155-2015-2666 デンマーク
引用ジャーナル: J Immunol. / 年: 2021
タイトル: Complement Receptor 3 Forms a Compact High-Affinity Complex with iC3b.
著者: Jensen, R.K. / Bajic, G. / Sen, M. / Springer, T.A. / Vorup-Jensen, T. / Andersen, G.R.
履歴
登録2020年4月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年2月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年7月7日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22022年1月5日Group: Advisory / Database references
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年1月24日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.42024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: iC3b1 alpha chain
B: iC3b1 beta chain
C: hC3Nb1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)189,8703
ポリマ－189,8703
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: SAXS
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11740 Å2
ΔGint-58 kcal/mol
Surface area71720 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)87.450, 100.600, 136.280
Angle α, β, γ (deg.)94.230, 108.120, 113.810
Int Tables number1
Space group name H-MP1
Symmetry operation#1: x,y,z

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要素

#1: タンパク質 iC3b1 alpha chain


分子量: 71407.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P01024*PLUS
#2: タンパク質 iC3b1 beta chain


分子量: 104117.172 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P01024*PLUS
#3: 抗体 hC3Nb1


分子量: 14345.896 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 78.06 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 96 mM Bis-TRIS Propane pH 8.5, 4 mM Bis-TRIS Propane pH 7, 6.5 % (w/v) PEG 20.000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.87313 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年2月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.87313 Å / 相対比: 1
反射解像度: 6→47.592 Å / Num. obs: 9685 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 3.135 % / Biso Wilson estimate: 235.6 Å2 / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.152 / Rrim(I) all: 0.182 / Χ2: 1.002 / Net I/σ(I): 5.24 / Num. measured all: 30364
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
6-6.163.1110.990.9522687367290.5621.1999
6.16-6.323.0890.8411.1321757247040.6971.01197.2
6.32-6.513.1270.7251.2720866686670.7870.86999.9
6.51-6.713.1580.6151.5621546926820.7880.73798.6
6.71-6.933.1590.4921.9319526226180.8440.58899.4
6.93-7.173.2560.4412.2421006516450.890.52699.1
7.17-7.443.2180.3772.7218605935780.8740.45397.5
7.44-7.753.2240.2963.4618965885880.920.354100
7.75-8.093.1690.2294.3617845745630.9550.27498.1
8.09-8.493.1490.1635.8116505325240.9740.19498.5
8.49-8.943.0890.1476.3615235014930.980.17698.4
8.94-9.493.1370.1237.8914624784660.9820.14897.5
9.49-10.143.0270.1069.2713414534430.9840.12897.8
10.14-10.952.9360.0989.7511984334080.9860.11894.2
10.95-122.9090.08610.5810593713640.9870.10498.1
12-13.423.0740.07612.2510853633530.9920.0997.2
13.42-15.493.3110.07312.6710103083050.9930.08799
15.49-18.973.2760.06514.428422612570.9940.07698.5
18.97-26.833.160.05215.856512092060.9950.06198.6
26.83-47.5922.9130.03718.9268110920.9960.04483.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXdev_2614精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6EHG

6ehg


解像度: 6→47.592 Å / SU ML: 0.97 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 34.88
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2662 970 10.04 %
Rwork0.2408 --
obs0.2434 9657 98.32 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 473.4 Å2 / Biso mean: 315.8001 Å2 / Biso min: 240.11 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 6→47.592 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13131 0 0 0 13131
残基数----1665
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.03513403
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.11718173
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0452050
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0092346
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.4955040
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
6-6.31570.40361400.3569125698
6.3157-6.71030.32931350.3418123998
6.7103-7.22680.37131350.293125099
7.2268-7.9510.27771460.2755124899
7.951-9.09460.241380.2209122499
9.0946-11.4320.23211360.1906123897
11.432-47.5920.23011400.2125123298
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.9509-2.40950.392-3.0225-0.2779-0.14850.0146-0.3352-1.02330.4584-0.454-0.88560.0836-0.421603.73770.42120.45452.65430.01463.08439.861-33.9532-16.5491
20.72571.1623-0.98110.0675-1.50190.1681-1.11130.9431.54750.49241.12860.70232.20362.692202.94540.5947-0.12913.83260.08833.157317.7071-41.7567-49.3169
31.63510.49210.58421.0188-0.19060.1293-0.21191.6191-1.6228-2.24370.7037-0.5264-2.09750.9912-03.30390.2384-0.15052.76970.14672.542521.3245-14.75775.7308
4-0.5329-0.91870.35173.98570.56283.26970.12160.0602-0.6607-0.63960.2069-0.201-1.5671-0.2579-03.62460.5166-0.06963.62850.16952.614228.1412-9.8743-1.5387
50.8973-0.46380.19633.66681.73481.7491-0.1579-0.0284-0.9658-0.5747-0.4492-0.37540.78480.4887-02.8722-0.2662-0.17583.39150.3793.090535.52226.5849-14.211
62.8992-0.89030.71441.4293-2.86560.66010.4437-0.13280.3171-0.6122-0.7793-0.33250.99571.6259-03.10140.30830.08383.56320.28392.469655.2226-8.89723.8926
70.5781-0.1103-0.51230.1095-0.8338-0.147-0.56650.36360.44390.0036-1.2778-1.9402-1.79732.5165-02.879-0.60740.02534.55580.64013.670349.1282-7.3891.9647
82.5229-0.55821.18953.7521-0.61014.16360.0434-0.16330.52160.2714-0.2322-0.1821-1.6376-0.776102.3973-0.07830.02932.36110.11552.545149.8744-72.941-65.6964
9-0.00970.48610.89595.7337-0.49653.5345-0.3489-0.8065-0.9675-0.8147-0.28020.77810.59480.391303.60460.00810.20392.2282-0.33293.334816.0911-62.8554-52.5062
101.31440.96292.8664-0.72712.1126-1.5172-0.0705-0.51510.8099-0.15180.45540.57670.52540.067603.23630.3830.65443.16390.40463.336929.8399-39.5418-27.197
114.27992.28961.46218.8252-1.33621.47620.054-0.40.0001-0.66250.44940.33630.08230.536-02.4915-0.05110.04412.80360.37512.599122.0849-6.6162-36.299
12-0.752-0.68312.05792.5491-2.74660.08480.80981.92870.9214-0.0458-2.2503-0.57530.7991-1.5253-03.0271-0.4094-0.14553.5331-0.0613.47245.8836-25.8739-60.6886
13-2.52881.5220.27310.2943.2309-1.747-0.6336-1.07660.3139-0.0891.2008-0.15870.61260.395303.3898-0.0767-0.32693.9197-0.33263.634-0.1828-47.6551-57.7814
14-0.6711-3.44461.153310.33852.20795.20041.89280.7055-1.29250.2487-1.1262-1.02581.8545-0.15130.20583.38050.46670.03984.8673-0.40594.763154.1608-41.2307-23.8874
152.40585.4432-2.72723.8941-0.93160.8091-0.48930.8193-0.7775-0.8123-0.5115-0.56140.93791.0652-03.06340.41950.30482.63290.24252.9016-1.0383-14.342916.4407
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1resid 557:599 or resid 768:828 and (chain A or chain B)A0
2X-RAY DIFFRACTION2resid 600:667 and (chain A or chain B)A0
3X-RAY DIFFRACTION3resid 749:767 and (chain A or chain B)A0
4X-RAY DIFFRACTION4resid 829:933 and (chain A or chain B)A0
5X-RAY DIFFRACTION5resid 1355:1496 and (chain A or chain B)A0
6X-RAY DIFFRACTION6resid 1518:1663 and (chain A or chain B)A0
7X-RAY DIFFRACTION7resid 1497:1517 and (chain A or chain B)A0
8X-RAY DIFFRACTION8resid 989:1287 and (chain A or chain B)A0
9X-RAY DIFFRACTION9resid 23:127 and (chain A or chain B)A0
10X-RAY DIFFRACTION10resid 128:228 and (chain A or chain B)A0
11X-RAY DIFFRACTION11resid 229:351 and (chain A or chain B)A0
12X-RAY DIFFRACTION12resid 352:452 and (chain A or chain B)A0
13X-RAY DIFFRACTION13resid 453:556 and (chain A or chain B)A0
14X-RAY DIFFRACTION14(resid 934:988 or resid 1288:1354) and (chain A or chain B)A934 - 988
15X-RAY DIFFRACTION14(resid 934:988 or resid 1288:1354) and (chain A or chain B)A1288 - 1354
16X-RAY DIFFRACTION15chain CC1 - 124

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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