PDB-6ynp: Crystal structure of YTHDC1 with compound T96C1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6ynp

タイトル

Crystal structure of YTHDC1 with compound T96C1

要素

YTHDC1

キーワード

RNA BINDING PROTEIN / YTHDC1 / m6A / complex / inhibitor

機能・相同性

機能・相同性情報

primary follicle stage / mRNA alternative polyadenylation / mRNA splice site recognition / dosage compensation by inactivation of X chromosome / N6-methyladenosine-containing RNA reader activity / regulation of mRNA splicing, via spliceosome / post-transcriptional regulation of gene expression / regulation of alternative mRNA splicing, via spliceosome / mRNA export from nucleus / mRNA splicing, via spliceosome ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.1 Å

データ登録者

Bedi, R.K. / Huang, D. / Wiedmer, L. / Caflisch, A.

資金援助

スイス, 1件

引用

ジャーナル: Eur J Med Chem Rep / 年: 2022
タイトル: Structure-based design of ligands of the m6A-RNA reader YTHDC1
著者: Li, Y. / Bedi, R.K. / Nai, F. / von Roten, V. / Dolbois, A. / Zalesak, F. / Nachawati, R. / Huang, D. / Caflisch, A.

履歴

登録	2020年4月14日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年7月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年6月15日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2 Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2024年1月24日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6ynp.cif.gz	117.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6ynp.ent.gz	72.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6ynp.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6ynp_validation.pdf.gz	1018.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6ynp_full_validation.pdf.gz	1021.6 KB	表示
XML形式データ	6ynp_validation.xml.gz	21.9 KB	表示
CIF形式データ	6ynp_validation.cif.gz	34.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yn/6ynp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yn/6ynp	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6ykeC 6ykiC 6ykjC 6ykzC 6yl8C 6yl9C 6yniC 6ynjC 6ynkC 6ynlC 6ynmC 6yoqC 7p87C 7p88C 7p8aC 7p8bC 7p8fC 7pj7C 7pj8C 7pj9C 7pjaC 7pjbC 7pjpC 7pjqC 4r3hS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6t01-1 6zd8-1 6ykz-1 6sz7-1 6ynn-2 6t0x-2 6t03-2 6t0z-1 6yni-1 6ynk-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: YTHDC1

B: YTHDC1

ヘテロ分子

42.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: YTHDC1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
21.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: YTHDC1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
21.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	39.620, 103.290, 42.300
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 105.491, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

#1: タンパク質	YTHDC1 分子量: 20967.160 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q96MU7
#2: 化合物	ChemComp-PJH / ~{N}-methylpyridine-3-carboxamide 分子量: 136.151 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₈N₂O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION 分子量: 96.063 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION 分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: Cl
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 626 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.99 Å³/Da / 溶媒含有率: 38.16 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 25% PEG3350, 0.2M Ammonium Sulphate, 0.1M bis-tris, pH 6.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年10月5日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.1→40.8 Å / Num. obs: 131690 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 4.29 % / B_iso Wilson estimate: 12.16 Å² / CC_1/2: 1 / Net I/σ(I): 15.08
反射シェル	解像度: 1.1→1.17 Å / Num. unique obs: 20992 / CC_1/2: 0.613

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定
PHENIX	1.17.1_3660	精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4r3h

4r3h

解像度: 1.1→40.76 Å / SU ML: 0.1206 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 22.4444
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1976	6574	5 %
R_work	0.1913	124855	-
obs	0.1917	131429	99.44 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 17.72 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.1→40.76 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2560	0	56	626	3242

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0048	2779
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.8109	3787
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0788	407
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0048	478
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	23.394	378

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.1-1.11	0.3544	202	0.3318	3855	X-RAY DIFFRACTION	92.23
1.11-1.13	0.3237	220	0.3225	4163	X-RAY DIFFRACTION	99.3
1.13-1.14	0.2894	218	0.3023	4152	X-RAY DIFFRACTION	99.32
1.14-1.15	0.3051	218	0.2954	4133	X-RAY DIFFRACTION	99.7
1.15-1.17	0.3048	217	0.2909	4119	X-RAY DIFFRACTION	99.47
1.17-1.19	0.2626	220	0.2739	4197	X-RAY DIFFRACTION	99.39
1.19-1.2	0.271	220	0.2614	4162	X-RAY DIFFRACTION	99.59
1.2-1.22	0.2527	215	0.2515	4086	X-RAY DIFFRACTION	99.56
1.22-1.24	0.2871	224	0.2515	4257	X-RAY DIFFRACTION	99.62
1.24-1.26	0.2414	216	0.2451	4111	X-RAY DIFFRACTION	99.75
1.26-1.28	0.2521	221	0.2385	4193	X-RAY DIFFRACTION	99.55
1.28-1.3	0.2423	218	0.2305	4137	X-RAY DIFFRACTION	99.57
1.3-1.33	0.2463	219	0.2254	4160	X-RAY DIFFRACTION	99.77
1.33-1.36	0.2167	219	0.2159	4167	X-RAY DIFFRACTION	99.77
1.36-1.39	0.2017	220	0.2088	4177	X-RAY DIFFRACTION	99.89
1.39-1.42	0.2413	222	0.2053	4212	X-RAY DIFFRACTION	99.42
1.42-1.45	0.2087	217	0.2011	4128	X-RAY DIFFRACTION	99.86
1.45-1.49	0.2209	219	0.194	4163	X-RAY DIFFRACTION	99.82
1.49-1.54	0.1992	220	0.1828	4169	X-RAY DIFFRACTION	99.77
1.54-1.59	0.2003	221	0.1834	4198	X-RAY DIFFRACTION	99.91
1.59-1.64	0.2093	219	0.1789	4164	X-RAY DIFFRACTION	99.64
1.64-1.71	0.1841	220	0.1766	4185	X-RAY DIFFRACTION	99.84
1.71-1.79	0.2011	219	0.1842	4160	X-RAY DIFFRACTION	99.84
1.79-1.88	0.194	222	0.1808	4203	X-RAY DIFFRACTION	99.84
1.88-2	0.2016	219	0.181	4174	X-RAY DIFFRACTION	99.86
2-2.15	0.1672	221	0.1765	4186	X-RAY DIFFRACTION	99.86
2.15-2.37	0.2034	221	0.1803	4201	X-RAY DIFFRACTION	99.89
2.37-2.71	0.1943	221	0.1882	4192	X-RAY DIFFRACTION	99.73
2.71-3.42	0.1751	221	0.174	4199	X-RAY DIFFRACTION	99.84
3.42-40.76	0.1545	225	0.1627	4252	X-RAY DIFFRACTION	99.8

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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