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万見
- PDB-6yng: MicroED structure of granulin determined from five native nanocry... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6yng
タイトルMicroED structure of granulin determined from five native nanocrystalline granulovirus occlusion bodies
要素Granulin
キーワードVIRAL PROTEIN / MicroED / nanocrystalography / native crystals
機能・相同性Polyhedrin / Polyhedrin / viral occlusion body / structural molecule activity / Granulin
機能・相同性情報
生物種Cydia pomonella granulosis virus (ウイルス)
手法電子線結晶学 / 単粒子再構成法 / 分子置換 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Bunker, R.D.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: MicroED structure of granulin determined from five native nanocrystalline granulovirus occlusion bodies
著者: Bunker, R.D.
履歴
登録2020年4月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年4月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年8月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: database_2 / em_diffraction_shell ...database_2 / em_diffraction_shell / em_diffraction_stats / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list / refine
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_diffraction_shell.phase_residual / _em_diffraction_stats.overall_phase_error / _em_diffraction_stats.overall_phase_residual / _em_diffraction_stats.r_sym / _pdbx_struct_assembly.details / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _refine.ls_d_res_high / _refine.ls_d_res_low / _refine.pdbx_method_to_determine_struct
改定 1.22024年2月14日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_3d_fitting_list
Item: _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id ..._em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Granulin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,3791
ポリマ－29,3791
非ポリマー00
水00
1
A: Granulin
x 12


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)352,54312
ポリマ－352,54312
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
crystal symmetry operation5_555z,x,y1
crystal symmetry operation6_555z,-x,-y1
crystal symmetry operation7_555-z,-x,y1
crystal symmetry operation8_555-z,x,-y1
crystal symmetry operation9_555y,z,x1
crystal symmetry operation10_555-y,z,-x1
crystal symmetry operation11_555y,-z,-x1
crystal symmetry operation12_555-y,-z,x1
Buried area75460 Å2
ΔGint-378 kcal/mol
Surface area129380 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)103.657, 103.657, 103.657
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number197
Space group name H-MI23

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要素

#1: タンパク質 Granulin / Matrix protein


分子量: 29378.559 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Cydia pomonella granulosis virus (isolate Mexico/1963) (ウイルス)
株: isolate Mexico/1963 / 参照: UniProt: P87577

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実験情報

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実験

実験手法: 電子線結晶学
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Cydia pomonella granulosis virus (isolate Mexican) / タイプ: VIRUS / Entity ID: all / 由来: NATURAL
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Cydia pomonella granulosis virus (isolate Mexican) (ウイルス)
ウイルスについての詳細中空か: NO / エンベロープを持つか: YES / 単離: SPECIES / タイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE
天然宿主生物種: Cydia pomonella
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: YES / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
EM embedding詳細: Undiluted sample was applied to glow-discharged 200 mesh copper Quantifoil.
Material: Ice
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: NITROGEN / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K / 詳細: 3 s blot, 0.5 s draining

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データ収集

実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TALOS ARCTICA
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / C2レンズ絞り径: 20 µm
撮影平均露光時間: 2 sec. / 電子線照射量: 1 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: FEI CETA (4k x 4k) / Num. of diffraction images: 93 / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 93
詳細: DIFFRACTON IMAGE RECORDED USING ROTATION METHOD DELPHI PHI 0.5
EM回折カメラ長: 3600 mm
EM回折 シェル解像度: 2.8→30 Å / フーリエ空間範囲: 87.1 % / 多重度: 5 / 構造因子数: 4138 / 位相残差: 17.75 °
EM回折 統計詳細: 3D ELECTRON DIFFRACTION. RESOLUTION OF MERGED DATASET DEFINED BY AN INSCRIBED CIRCLE ON THE CAMERA SURFACE, WAS LIMITED TO 3.25 A BY THE CAMERA TO SAMPLE DISTANCE.
フーリエ空間範囲: 87.1 % / 再高解像度: 2.8 Å / 測定した強度の数: 20528 / 構造因子数: 4138 / 位相誤差の除外基準: NULL / Rmerge: 0.321

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: (dev_3313: ???) / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
1EPU画像取得
6Cootモデルフィッティング
8PHENIXモデル精密化
画像処理詳細: DEVELOPMENT VERSION OF THE CETA-D CAMERA
EM 3D crystal entity∠α: 90 ° / ∠β: 90 ° / ∠γ: 90 ° / A: 103.66 Å / B: 103.66 Å / C: 103.66 Å / 空間群名: I23 / 空間群番号: 197
CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 2.8 Å / 解像度の算出法: DIFFRACTION PATTERN/LAYERLINES
詳細: RESOLUTION OF MERGED DATASET DEFINED BY AN INSCRIBED CIRCLE ON THE CAMERA SURFACE, WAS LIMITED 3.0 TO BY THE CAMERA TO SAMPLE DISTANCE. DATA INTEGRATED WITH DIALS, COMBINED WITH POINTLESS, ...詳細: RESOLUTION OF MERGED DATASET DEFINED BY AN INSCRIBED CIRCLE ON THE CAMERA SURFACE, WAS LIMITED 3.0 TO BY THE CAMERA TO SAMPLE DISTANCE. DATA INTEGRATED WITH DIALS, COMBINED WITH POINTLESS, AND SCALED WITH AIMLESS. INTENSITIES CONVERTED TO STRUCTURE FACTOR AMPLITUDES WITH STARANISO. INITIAL PHASES DETERMINED BY RIGID BODY FITTING A MODEL DERIVED FROM PDB ENTRY 5G0Z IN PHENIX.REFINE. FINAL REFINEMENT CARRIED OUT IN PHENIX.REFINE
対称性のタイプ: 3D CRYSTAL
原子モデル構築空間: RECIPROCAL
原子モデル構築PDB-ID: 5G0Z

5g0z


Accession code: 5G0Z / Source name: PDB / タイプ: experimental model
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5G0Z

5g0z


解像度: 2.8→2.8 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 17.75
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.226 400 9.99 %Random selection
Rwork0.1845 ---
obs0.1883 4004 88 %-
溶媒の処理減衰半径: 0 Å / VDWプローブ半径: 0.4 Å
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYf_bond_d0.0042109
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYf_angle_d0.832865
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYf_dihedral_angle_d11.6551264
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYf_chiral_restr0.05300
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYf_plane_restr0.005374
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.8338-3.24340.29681090.2823912ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY68
3.2434-4.08470.2321530.1971312ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY98
4.0847-29.92480.19291380.14951380ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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