PDB-6ymn: Crystal structure of the Diels Alderase AbmU from Streptomyces ko...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6ymn

タイトル

Crystal structure of the Diels Alderase AbmU from Streptomyces koyangensis

要素

AbmU

キーワード

LIGASE / Enzyme / Diels Alderase / neoabyssomicin / abyssomicin / Streptomyces koyangensis

機能・相同性

Allene oxide cyclase barrel-like domain / Allene oxide cyclase barrel like domain / antibiotic biosynthetic process / isomerase activity / BROMIDE ION / AbmU

機能・相同性情報

生物種

Streptomyces koyangensis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.05 Å

データ登録者

Back, C.R. / Burton, N. / Race, P.R.

資金援助

英国, 4件

組織	認可番号	国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)	BB/T001968/1	英国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)	BB/M012107/1	英国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)	BB/L01386X/1	英国
Engineering and Physical Sciences Research Council	EP/G0367641/1	英国

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of the Diels Alderase AbmU from Streptomyces koyangensis
著者: Back, C.R. / Mbatha, S. / Johns, S. / Burton, N. / Tiwari, K. / van der Kamp, M. / Willis, C. / Race, P.R.

履歴

登録	2020年4月9日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年4月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年5月15日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6ymn.cif.gz	301.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6ymn.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6ymn.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6ymn_validation.pdf.gz	458.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6ymn_full_validation.pdf.gz	468.4 KB	表示
XML形式データ	6ymn_validation.xml.gz	36 KB	表示
CIF形式データ	6ymn_validation.cif.gz	51.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ym/6ymn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ym/6ymn	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1gfi-d 2qb5-2 4pao-d 7bwc-d 3c4n-2 1tad-1 1tnd-1 4g5o-2 5hvn-d 5vem-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1) #220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: AbmU

BBB: AbmU

CCC: AbmU

DDD: AbmU

ヘテロ分子

103 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

AAA: AbmU

BBB: AbmU

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
51.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

CCC: AbmU

DDD: AbmU

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
51.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	66.128, 64.998, 97.865
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 93.813, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	AbmU 分子量: 25673.590 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptomyces koyangensis (バクテリア) プラスミド: pOPINF / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2P1BT29
#2: 化合物	ChemComp-BR / BROMIDE ION / ブロミド分子量: 79.904 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Br
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 485 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.04 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.81 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 0.2 M Na acetate, 0.1 M Na cacodylate, 32% PEG 8000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9197 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年8月4日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9197 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.05→56.44 Å / Num. obs: 52059 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 18.8 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.178 / R_pim(I) all: 0.043 / Net I/σ(I): 12.25
反射シェル	解像度: 2.05→2.09 Å / R_merge(I) obs: 1.502 / Num. unique obs: 2522 / R_pim(I) all: 0.681 / % possible all: 97.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0257	精密化
DIALS		データ削減
xia2		データスケーリング
CRANK2	2.0.229	位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.05→56.44 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.962 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.938 / WR_factor R_free: 0.225 / WR_factor R_work: 0.171 / Average fsc free: 0.8868 / Average fsc work: 0.8978 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.216 / ESU R Free: 0.187 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2427	2616	5.027 %
R_work	0.1889	49419	-
all	0.192	-	-
obs	-	52035	99.585 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 39.17 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.298 Å²	0 Å²	-0.627 Å²
2-	-	0.846 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.522 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.05→56.44 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6228	0	7	485	6720

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.013	6446
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.035	0.017	5779
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.638	1.648	8809
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	2.361	1.567	13372
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.438	5	811
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	29.553	20.737	353
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.831	15	906
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.377	15	55
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.075	0.2	803
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	7391
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.01	0.02	1446
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.21	0.2	1295
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.228	0.2	5646
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.164	0.2	3013
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.079	0.2	2862
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.196	0.2	467
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.593	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.161	0.2	18
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.195	0.2	78
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.213	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.996	4.02	3247
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.996	4.02	3246
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.553	6.004	4045
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.553	6.005	4046
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.241	4.355	3199
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.241	4.356	3200
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.933	6.425	4760
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.933	6.426	4761
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	7.717	48.149	7150
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	7.625	47.808	7027

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.05-2.103	0.308	187	0.302	3582	0.302	3838	0.792	0.781	98.2022	0.3
2.103-2.16	0.299	171	0.275	3534	0.276	3735	0.807	0.812	99.1968	0.266
2.16-2.223	0.273	157	0.259	3461	0.259	3643	0.835	0.837	99.3138	0.249
2.223-2.291	0.307	146	0.235	3370	0.238	3539	0.834	0.859	99.3501	0.219
2.291-2.366	0.274	150	0.218	3235	0.221	3403	0.883	0.893	99.4711	0.202
2.366-2.449	0.281	164	0.2	3172	0.204	3349	0.881	0.908	99.6118	0.179
2.449-2.541	0.305	167	0.213	3009	0.217	3184	0.874	0.899	99.7487	0.19
2.541-2.645	0.274	153	0.189	2933	0.193	3097	0.895	0.923	99.6448	0.168
2.645-2.762	0.262	131	0.189	2812	0.192	2949	0.899	0.924	99.7965	0.166
2.762-2.897	0.293	133	0.205	2704	0.21	2842	0.879	0.907	99.8241	0.184
2.897-3.053	0.264	159	0.198	2509	0.202	2672	0.906	0.929	99.8503	0.179
3.053-3.238	0.261	152	0.195	2397	0.199	2550	0.915	0.935	99.9608	0.179
3.238-3.46	0.261	135	0.184	2292	0.188	2428	0.908	0.941	99.9588	0.171
3.46-3.736	0.198	127	0.167	2106	0.169	2233	0.955	0.952	100	0.158
3.736-4.091	0.199	119	0.155	1950	0.157	2069	0.954	0.958	100	0.15
4.091-4.571	0.207	109	0.144	1763	0.148	1873	0.953	0.96	99.9466	0.142
4.571-5.273	0.21	102	0.143	1564	0.147	1666	0.948	0.962	100	0.142
5.273-6.443	0.207	67	0.185	1348	0.186	1415	0.949	0.952	100	0.182
6.443-9.054	0.223	54	0.171	1064	0.173	1118	0.942	0.959	100	0.172
9.054-56.44	0.256	33	0.207	614	0.209	647	0.934	0.95	100	0.214

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