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- PDB-6ylm: mCherry -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ylm
タイトルmCherry
要素mCherry
キーワードFLUORESCENT PROTEIN / mCherry
機能・相同性Green fluorescent protein, GFP / Green fluorescent protein-related / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein / bioluminescence / generation of precursor metabolites and energy / PAmCherry1 protein
機能・相同性情報
生物種Discosoma sp. (イソギンチャク)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Myskova, J. / Rybakova, M. / Brynda, J. / Lazar, J.
資金援助 チェコ, 1件
組織認可番号国
Ministry of Education, Youth and Sports of the Czech RepublicCZ.02.1.01/0.0/0.0/16_019/0000729 チェコ
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2020
タイトル: Directionality of light absorption and emission in representative fluorescent proteins.
著者: Myskova, J. / Rybakova, O. / Brynda, J. / Khoroshyy, P. / Bondar, A. / Lazar, J.
履歴
登録2020年4月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年12月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年1月27日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: mCherry
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,5829
ポリマ－30,2981
非ポリマー2848
水2,756153
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1810 Å2
ΔGint-78 kcal/mol
Surface area10460 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)107.280, 42.920, 85.770
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 128.500, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-13-

ARG

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要素

#1: タンパク質 mCherry


分子量: 30297.965 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Discosoma sp. (イソギンチャク)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D1MPT3*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 153 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.88 %
解説: A - in crystal plane, perpendicular to long crystal axis B - long crystal axis C - at 129 degrees from the crystal plane
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4 / 詳細: PEG 6000, tri-sodium citrate, lithium chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5419 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 300K / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年4月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5419 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→67.12 Å / Num. obs: 39100 / % possible obs: 96 % / 冗長度: 6.158 % / Biso Wilson estimate: 29.347 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.066 / Rrim(I) all: 0.072 / Χ2: 1.025 / Net I/σ(I): 14.8 / Num. measured all: 240760 / Scaling rejects: 369
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.6-1.644.4181.2231.0910713296324250.5061.38481.8
1.64-1.696.0431.0271.6215585290925790.671.12488.7
1.69-1.746.460.7782.2316673282525810.8090.84591.4
1.74-1.796.5360.5753.0917124278026200.8780.62494.2
1.79-1.856.6530.4573.9917352264826080.9230.49598.5
1.85-1.916.6930.3175.7917167259525650.9620.34398.8
1.91-1.986.6480.2327.6816367247924620.9760.25199.3
1.98-2.076.6310.17210.4916073243724240.9860.18699.5
2.07-2.166.5450.14312.3914902228822770.9910.15699.5
2.16-2.266.520.12614.1614423222222120.9910.13799.5
2.26-2.396.4040.09717.2413384210620900.9950.10699.2
2.39-2.536.2520.08419.4712529201720040.9960.09299.4
2.53-2.75.9580.07321.3810897184718290.9960.0899
2.7-2.925.270.05725.439138174817340.9970.06499.2
2.92-3.24.2550.04927.076732162815820.9970.05697.2
3.2-3.585.0010.03735.667011146914020.9980.04295.4
3.58-4.136.4950.03245.658229129412670.9990.03597.9
4.13-5.066.7270.02749.687312110010870.9990.02998.8
5.06-7.166.8710.02947.84600588487410.03298.9
7.16-67.126.5770.02550.1731444974780.9990.02796.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0103精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2h5q

2h5q


解像度: 1.6→67.12 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.962 / WRfactor Rfree: 0.2002 / WRfactor Rwork: 0.1877 / FOM work R set: 0.7311 / SU B: 2.289 / SU ML: 0.081 / SU R Cruickshank DPI: 0.0855 / SU Rfree: 0.0816 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.086 / ESU R Free: 0.082 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2162 1173 3 %RANDOM
Rwork0.2009 ---
obs0.2014 37956 96.41 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 73.59 Å2 / Biso mean: 28.22 Å2 / Biso min: 15.89 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.1 Å20 Å20.01 Å2
2---0.45 Å2-0 Å2
3---0.24 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.6→67.12 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1811 0 8 153 1972
Biso mean--36.62 34.46 -
残基数----227
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0191916
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021770
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6871.972592
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.42434114
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg12.0625.062243
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg28.21724.73193
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.95915339
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.1671510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0930.2260
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0212194
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02433
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.642 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.394 72 -
Rwork0.33 2342 -
all-2414 -
obs--81.69 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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