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- PDB-6yli: Crystal structure of human bcl-xL bound to trichoplax adhaerens t... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6yli
タイトルCrystal structure of human bcl-xL bound to trichoplax adhaerens trBak BH3
要素
  • Bcl-2 homologous antagonist/killer
  • Bcl-2-like protein 1
キーワードAPOPTOSIS / Bcl-2 / Bak / trichoplax adhaerens
機能・相同性
機能・相同性情報


BH domain binding / apoptotic process in bone marrow cell / The NLRP1 inflammasome / dendritic cell apoptotic process / SARS-CoV-1-mediated effects on programmed cell death / dendritic cell proliferation / positive regulation of mononuclear cell proliferation / BH3-only proteins associate with and inactivate anti-apoptotic BCL-2 members / negative regulation of dendritic cell apoptotic process / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage ...BH domain binding / apoptotic process in bone marrow cell / The NLRP1 inflammasome / dendritic cell apoptotic process / SARS-CoV-1-mediated effects on programmed cell death / dendritic cell proliferation / positive regulation of mononuclear cell proliferation / BH3-only proteins associate with and inactivate anti-apoptotic BCL-2 members / negative regulation of dendritic cell apoptotic process / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / negative regulation of mitochondrial outer membrane permeabilization involved in apoptotic signaling pathway / negative regulation of execution phase of apoptosis / regulation of mitochondrial membrane permeability / fertilization / regulation of growth / Bcl-2 family protein complex / NFE2L2 regulating tumorigenic genes / response to cycloheximide / porin activity / STAT5 activation downstream of FLT3 ITD mutants / hepatocyte apoptotic process / cellular response to alkaloid / negative regulation of release of cytochrome c from mitochondria / negative regulation of reproductive process / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / negative regulation of developmental process / apoptotic mitochondrial changes / germ cell development / BH3 domain binding / negative regulation of anoikis / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / ectopic germ cell programmed cell death / negative regulation of protein localization to plasma membrane / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / negative regulation of endoplasmic reticulum stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / ovarian follicle development / response to cytokine / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / regulation of mitochondrial membrane potential / negative regulation of autophagy / release of cytochrome c from mitochondria / regulation of cytokinesis / epithelial cell proliferation / cellular response to amino acid stimulus / cellular response to gamma radiation / RAS processing / male gonad development / endocytosis / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / synaptic vesicle membrane / channel activity / neuron apoptotic process / spermatogenesis / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / nuclear membrane / regulation of apoptotic process / defense response to virus / in utero embryonic development / mitochondrial outer membrane / negative regulation of neuron apoptotic process / mitochondrial inner membrane / positive regulation of apoptotic process / mitochondrial matrix / centrosome / protein kinase binding / negative regulation of apoptotic process / endoplasmic reticulum / mitochondrion / identical protein binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Apoptosis regulator, Bcl-X / Apoptosis regulator, Bcl-2/ BclX / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH4 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH4 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2 protein, BH4 / Bcl-2 homology region 4 / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH4 motif profile. / BH4 Bcl-2 homology region 4 / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH3 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH3 motif signature. ...Apoptosis regulator, Bcl-X / Apoptosis regulator, Bcl-2/ BclX / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH4 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH4 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2 protein, BH4 / Bcl-2 homology region 4 / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH4 motif profile. / BH4 Bcl-2 homology region 4 / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH3 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH3 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH1 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH1 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH2 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH2 motif signature. / Bcl-2 family / BCL (B-Cell lymphoma); contains BH1, BH2 regions / Bcl2-like / Bcl-2, Bcl-2 homology region 1-3 / Apoptosis regulator proteins, Bcl-2 family / BCL2-like apoptosis inhibitors family profile. / Bcl-2-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Bcl-2 homologous antagonist/killer / Bcl-2-like protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Trichoplax sp. H2 (無脊椎動物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者D Sa, J. / Banjara, S. / Kvansakul, M.
資金援助 オーストラリア, 1件
組織認可番号国
Australian Research Council (ARC)DP190103591 オーストラリア
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2020
タイトル: Ancient and conserved functional interplay between Bcl-2 family proteins in the mitochondrial pathway of apoptosis.
著者: Popgeorgiev, N. / Sa, J.D. / Jabbour, L. / Banjara, S. / Nguyen, T.T.M. / Akhavan-E-Sabet, A. / Gadet, R. / Ralchev, N. / Manon, S. / Hinds, M.G. / Osigus, H.J. / Schierwater, B. / Humbert, P. ...著者: Popgeorgiev, N. / Sa, J.D. / Jabbour, L. / Banjara, S. / Nguyen, T.T.M. / Akhavan-E-Sabet, A. / Gadet, R. / Ralchev, N. / Manon, S. / Hinds, M.G. / Osigus, H.J. / Schierwater, B. / Humbert, P.O. / Rimokh, R. / Gillet, G. / Kvansakul, M.
履歴
登録2020年4月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年3月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bcl-2-like protein 1
B: Bcl-2 homologous antagonist/killer
C: Bcl-2-like protein 1
D: Bcl-2 homologous antagonist/killer
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,39813
ポリマ－46,5334
非ポリマー8659
水2,396133
1
A: Bcl-2-like protein 1
B: Bcl-2 homologous antagonist/killer
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,8438
ポリマ－23,2672
非ポリマー5766
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3230 Å2
ΔGint-98 kcal/mol
Surface area8920 Å2
手法PISA
2
C: Bcl-2-like protein 1
D: Bcl-2 homologous antagonist/killer
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,5555
ポリマ－23,2672
非ポリマー2883
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2580 Å2
ΔGint-51 kcal/mol
Surface area8790 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)39.141, 63.801, 69.761
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 94.566, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質 Bcl-2-like protein 1 / Bcl2-L-1 / Apoptosis regulator Bcl-X


分子量: 20387.490 Da / 分子数: 2 / 変異: delta45-84 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BCL2L1, BCL2L, BCLX / プラスミド: pGEX-6P1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q07817
#2: タンパク質・ペプチド Bcl-2 homologous antagonist/killer


分子量: 2879.081 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Trichoplax sp. H2 (無脊椎動物) / 参照: UniProt: A0A369S334
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 133 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.6 % / 解説: plate like
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 0.2 M ammonium sulfate and 30 % w/v PEG 8000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年3月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→47.07 Å / Num. obs: 26735 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 5.5 % / Biso Wilson estimate: 32.98 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.125 / Net I/σ(I): 6.4
反射 シェル解像度: 1.9→1.95 Å / Rmerge(I) obs: 1.737 / Num. unique obs: 1963 / CC1/2: 0.351 / % possible all: 97.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
PHENIX1.17.1_3660精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1PQ1

1pq1


解像度: 1.9→39.02 Å / SU ML: 0.2829 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.1892
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2359 1310 4.91 %
Rwork0.1988 --
obs0.2007 26699 97.97 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 43.05 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→39.02 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2835 0 45 133 3013
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00822942
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.91423980
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0422410
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0052513
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.1195386
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9-1.970.38581520.35412789X-RAY DIFFRACTION96.33
1.97-2.060.3131450.28832766X-RAY DIFFRACTION97.1
2.06-2.170.30031290.24632796X-RAY DIFFRACTION97.37
2.17-2.310.29511500.22192781X-RAY DIFFRACTION97.83
2.31-2.490.2291510.20092814X-RAY DIFFRACTION97.95
2.49-2.740.24831420.19342811X-RAY DIFFRACTION98.53
2.74-3.130.23711430.19222850X-RAY DIFFRACTION98.68
3.13-3.940.21061540.17182870X-RAY DIFFRACTION98.95
3.94-39.020.20521440.1842912X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.410728559392-0.410497172496-0.004224700730350.514451286441-0.3000910026630.847290980355-0.2482067146620.385317857838-0.0998088512493-0.03979003989880.0959800531464-0.2926613175230.4023260398260.512556005787-0.01271136398620.2467834635060.04223472144810.02971490085380.3660137015440.07816516748040.36239224713912.4706210567-16.67605499823.76260017284
20.2253775140290.381626069259-0.0531837214120.4530418019780.09598065276170.206683714147-0.0839568950269-0.22068181019-0.2328423679530.07859296655950.000126607988003-0.3472114069410.250845905940.205331851472-0.0003658477290220.3183078935810.0258406323730.0006329728950180.3580487327080.05020029459320.3675115223819.05497782998-17.561785721212.3641032417
3-0.01132626281090.0326673957470.001925448984070.1406827458940.1265631555620.06995652688210.02289755443130.0286669409399-0.138593137633-0.3629203480270.3959227604610.4285328904350.489941663744-1.00614243571-0.00657793527980.375941827566-0.0557374162938-0.06904287157560.5471247110010.1143582858180.499396998029-7.19659175724-11.77939718021.4391449093
40.4485525628570.169837457289-0.4916825272650.492972985091-0.5728884163451.568452047060.0297445510928-0.08524060495710.000726945280867-0.0463677778735-0.150721429029-0.0656707000847-0.2046111918950.1442260206760.0001594276104520.277122742168-0.00591103391493-0.01069615974020.2261585062120.03045857245520.2772356939516.37382309367-7.9540618516.23503238742
50.845114904040.32561556815-0.4800670370170.62718849040.04892541278370.326089663534-0.0950069303539-0.001920613986240.40305923497-0.0533184929993-0.0952496522930.192113344735-0.351893967469-0.404023831259-0.004834279356110.392221159470.03977708196210.02438336826260.3036986413340.0174766037420.355402583262-3.63644590281-5.9871130242413.5840440123
60.6770303512450.565865119855-0.1278694933150.706239302651-0.4029770387090.306899887779-0.0966077993157-0.0914286161268-0.128823817641-0.3678790149950.176607574030.3404598301680.276083006819-0.2550793151980.01137678781790.269890085629-0.0522192563246-0.03428096133330.3513792595670.04301765195090.343558935087-17.8506841403-33.834497220520.716586399
70.2247622942080.024616139276-0.2462115587140.284297601054-0.1499522756820.2099007047950.2551751113630.247471100130.299167599513-0.156715613871-0.1432769125820.1153414341180.202529020791-0.178133523234-0.002178953181240.202944556949-0.01203726474550.008826750603510.230300166930.02161363158160.226828702666-11.2407174923-24.182359202220.5928978008
8-0.0106620967191-0.07110427781530.008860439959010.0730538990070.01744462450460.3895819134690.03418494217930.1861175166710.0110791230523-0.611334109168-0.128929136609-0.9116326910240.5505570243480.2661179616370.002218082853780.3826978187310.06993280983980.04767468500890.4101276689280.03838855545610.5606527084322.08328245826-37.380667700826.1954477436
91.04149438395-0.490981253520.3207173519931.60837789841-0.05168401950321.53706578913-0.00348137556025-0.166752612648-0.03417797727290.136665386980.0995251861402-0.04245585171620.204204655936-0.07932536790920.0005625770642690.205013122010.01408549199920.002121613234860.2473016060640.0268110144270.196064689605-11.5441558777-32.69065888929.9934408256
100.6006679057720.420517885237-0.06794136229290.2617910810610.04853848251720.2657280744910.2252287025140.06567995354240.247588530086-0.120408840701-0.419005046677-0.6187617525920.1477019746650.3406993633310.000822523745640.312448613793-0.00661657497608-0.05897830065450.387353200610.04038033108440.334330679693-1.80964721743-24.663583080432.1877316355
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 30 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 31 through 64 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 65 through 82 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 83 through 164 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 3 through 26 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'C' and (resid 3 through 46 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'C' and (resid 47 through 64 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'C' and (resid 65 through 82 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'C' and (resid 83 through 165 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'D' and (resid 4 through 26 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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