PDB-6yld: Crystal structure of Trichoplax adhaerens trBcl-2L2 bound to trBak BH3

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6yld

タイトル

Crystal structure of Trichoplax adhaerens trBcl-2L2 bound to trBak BH3

要素

Bcl-2 homologous antagonist/killer
Bcl-2-like protein 1

キーワード

APOPTOSIS / Bcl-2 / Bak / trichoplax adhaerens

機能・相同性

機能・相同性情報

BH domain binding / porin activity / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / release of cytochrome c from mitochondria / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / regulation of apoptotic process / mitochondrial outer membrane / apoptotic process / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Trichoplax sp. H2 (無脊椎動物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.4 Å

データ登録者

D Sa, J. / Banjara, S. / Kvansakul, M.

資金援助

オーストラリア, 1件

引用

ジャーナル: Sci Adv / 年: 2020
タイトル: Ancient and conserved functional interplay between Bcl-2 family proteins in the mitochondrial pathway of apoptosis.
著者: Popgeorgiev, N. / Sa, J.D. / Jabbour, L. / Banjara, S. / Nguyen, T.T.M. / Akhavan-E-Sabet, A. / Gadet, R. / Ralchev, N. / Manon, S. / Hinds, M.G. / Osigus, H.J. / Schierwater, B. / Humbert, P. ...

履歴

登録	2020年4月7日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年3月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6yld.cif.gz	268 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6yld.ent.gz	182.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6yld.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yl/6yld ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yl/6yld	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6yliC 1pq1S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3wiy-2 5w8f-d 5vpy-2 6h9w-d 4hw2-6 5vq8-1 6qfi-d 5c3f-d 3ilj-d 6goe-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#177 - 2014年9月アポトソーム (Apoptosomes) 類似性 (6) #198 - 2016年6月 β-ガラクトシダーゼ (Beta-galactosidase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Bcl-2-like protein 1

B: Bcl-2 homologous antagonist/killer

C: Bcl-2-like protein 1

D: Bcl-2 homologous antagonist/killer

ヘテロ分子

42.1 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Bcl-2-like protein 1

B: Bcl-2 homologous antagonist/killer

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: isothermal titration calorimetry
21.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Bcl-2-like protein 1

D: Bcl-2 homologous antagonist/killer

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
21 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	34.297, 40.859, 56.721
Angle α, β, γ (deg.)	97.300, 90.085, 101.088
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1
Space group name Hall	P1
Symmetry operation	#1: x,y,z

#1: タンパク質	Bcl-2-like protein 1 分子量: 17845.404 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Trichoplax sp. H2 (無脊椎動物) / 遺伝子: TrispH2_005532 / プラスミド: pGEX-6P1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A369S2N9
#2: タンパク質・ペプチド	Bcl-2 homologous antagonist/killer 分子量: 2879.081 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Trichoplax sp. H2 (無脊椎動物) / 参照: UniProt: A0A369S334
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-TAR / D(-)-TARTARIC ACID / D-酒石酸分子量: 150.087 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₆O₆
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 324 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.87 Å³/Da / 溶媒含有率: 33.6 % / 解説: rectangular shaped
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.8 詳細: 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium citrate pH 5.8, 29 % w/v PEG 4000

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月14日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.4→39.81 Å / Num. obs: 56421 / % possible obs: 95.1 % / 冗長度: 3.6 % / B_iso Wilson estimate: 13.36 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.076 / Net I/σ(I): 6.7
反射シェル	解像度: 1.4→1.42 Å / 冗長度: 3.5 % / R_merge(I) obs: 1.161 / Num. unique obs: 2489 / CC_1/2: 0.358 / % possible all: 84

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.17.1_3660	精密化
PHENIX	1.17.1_3660	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1PQ1

1pq1

解像度: 1.4→30.64 Å / SU ML: 0.205 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 24.4603

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2125	2350	4.17 %
R_work	0.186	-	-
obs	0.1871	56386	94.79 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 22.3 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.4→30.64 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2830	0	42	324	3196

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0051	2977
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.8745	4018
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0586	429
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	512
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.0429	1079

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.4-1.42	0.3582	118	0.3532	2730	X-RAY DIFFRACTION	81.16
1.42-1.46	0.3519	138	0.3419	3172	X-RAY DIFFRACTION	93.69
1.46-1.49	0.346	136	0.3031	3129	X-RAY DIFFRACTION	93.37
1.49-1.53	0.2898	136	0.2755	3118	X-RAY DIFFRACTION	94.24
1.53-1.57	0.3302	139	0.2589	3195	X-RAY DIFFRACTION	94.64
1.57-1.61	0.2741	138	0.2419	3167	X-RAY DIFFRACTION	94.75
1.61-1.67	0.2505	138	0.2189	3174	X-RAY DIFFRACTION	94.6
1.67-1.73	0.2409	137	0.2034	3200	X-RAY DIFFRACTION	95.51
1.73-1.8	0.2502	133	0.2067	3225	X-RAY DIFFRACTION	95.83
1.8-1.88	0.2401	142	0.1951	3185	X-RAY DIFFRACTION	95.69
1.88-1.98	0.2052	139	0.1728	3207	X-RAY DIFFRACTION	95.82
1.98-2.1	0.1856	142	0.165	3223	X-RAY DIFFRACTION	96.28
2.1-2.26	0.1705	150	0.1556	3280	X-RAY DIFFRACTION	96.95
2.26-2.49	0.191	137	0.1517	3210	X-RAY DIFFRACTION	96.76
2.49-2.85	0.1791	146	0.1637	3292	X-RAY DIFFRACTION	97.23
2.85-3.59	0.1834	136	0.1634	3226	X-RAY DIFFRACTION	96.72
3.59-30.64	0.1923	145	0.1668	3303	X-RAY DIFFRACTION	98.26

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.16716394766	-0.7325366836	-0.25211116555	1.82375010549	0.146023535673	1.90477895956	-0.00874098475625	0.0876675347787	0.384114448614	-0.0540842916761	-0.0332376263972	0.0717282971947	-0.25305740056	0.179415435735	0.032363872699	0.162393730967	-0.0247781609377	-0.0264824474848	0.196295252689	0.0466418504073	0.160348838544	3.08181966277	38.7676666068	24.0332493059
2	1.36076498151	-1.40206612228	-1.72311959628	1.4389917805	1.77558451028	2.19388334087	0.250461115513	0.101880821067	0.248409182176	-0.662330665489	-0.10706483105	-0.0683262167153	-0.408635198342	0.0390670252115	-0.0606243609869	0.279495723519	0.00764739739882	-0.0175639091318	0.315325100943	0.0495194667503	0.313489025919	11.0119550985	40.7010944163	20.7018901836
3	2.41351431563	-2.09418178298	0.745522477433	7.34596425023	-1.63411830985	2.15570273119	-0.0775912516942	-0.0750121338305	0.226778405583	0.0184725777793	0.0794873485557	-0.0528991034206	-0.316061275879	0.121988453444	-0.0258706289054	0.160186679791	-0.0168894378529	-0.0104911376074	0.151178613041	0.00784650524755	0.157489175413	6.45430053016	39.2466772208	34.5099325417
4	2.1387461342	-0.0143826096599	2.97092644745	2.1858383931	2.84555241652	7.91599861867	0.0364863320746	0.132115130973	-0.11265079644	-0.139725174992	-0.0442896771349	0.137911234179	0.273970660675	0.274829745256	0.0519852697198	0.201653731847	0.00152805533647	0.00503520817886	0.129505163914	0.0234649277198	0.178236404078	6.40691451713	19.6513446169	30.9419048955
5	0.528493548066	0.196911874287	0.157268696697	0.520261930416	0.0146084387567	1.35186042913	0.0026477417259	0.0939231827756	-0.0161043841454	0.0033695408289	-0.0270035405874	-0.0172104461064	0.0824306801627	0.0199378621344	0.0228367591055	0.102227016557	0.00560880252113	-0.00506451080583	0.140158023055	0.0017312345267	0.10668049047	-1.78627123966	27.4974460101	24.590355973
6	2.78848762533	0.672877062405	0.524824602183	1.73317431156	-0.0513017551124	0.863485862319	0.0279013224711	-0.0117596832448	0.364235336194	-0.00650770944962	-0.0103818421383	-0.00578553658055	-0.479161411775	-0.232671204088	-0.0130351531516	0.242604991247	0.0700573733794	0.0247254218803	0.205380780946	-0.021121680069	0.168404639538	-6.73140274966	40.9946566163	37.3040812324
7	2.8173753386	0.329541140526	0.344415424267	4.05095413875	1.86264170846	4.84776838613	-0.0129180357096	-0.0447720963362	-0.105713532705	0.114446974165	0.0416556365204	0.0315119999065	0.13924162784	0.111849626491	-0.0254532755707	0.115338736906	-0.00417099249605	0.00695542233129	0.113133227374	0.0195067064337	0.0973602033552	-1.37364147323	24.4914913663	39.6864877694
8	1.5635192947	-0.210513688124	0.0847595407921	1.48022612375	0.047421266764	1.08310223122	0.0438003655767	0.0194267952675	-0.198346882574	-0.149211666245	0.0178699760232	0.0155388611261	0.0948246196325	0.0342252064267	-0.0537836748498	0.152020235212	0.000227918529762	0.000645184639096	0.15726687806	-0.0246359331709	0.138218345631	-17.1978626762	12.6417673271	48.1894468269
9	1.38559738276	-0.16143888476	0.10348131053	1.62023671396	0.164194852355	1.39689101087	-0.0350041488215	-0.157939432554	0.107204959647	-0.103690283261	0.0658904603681	0.0695588713105	-0.0506598518857	-0.0779261173684	0.000777871590472	0.136712620724	0.00141490391786	0.00923270595606	0.17045094837	-0.00646674609793	0.164131264957	-18.0155613058	18.1667280566	60.0358460834
10	0.587007751947	0.170003541888	-0.13135053566	0.506065777481	-0.172988802083	1.47535653148	-0.00248935532867	-0.00445627564209	-0.012223206996	0.015486230748	0.0128094973317	5.77763039289E-5	0.0541861187364	0.0829529510855	-0.011706815357	0.103254657104	0.0127706579658	0.00197567879465	0.133461758825	-0.00546490824065	0.109609677632	-8.64198261558	19.9792504872	54.9825671356
11	2.02153627592	0.138534369354	-0.158282651746	4.02390889006	-1.74711185824	3.40922032411	0.108572642282	-0.170403187743	0.0951379193738	0.217353696011	-0.00999383213958	0.139089756232	-0.0936517788542	0.025339918442	-0.0658075132467	0.127822273709	0.0198515429285	0.0107123756963	0.219319979013	-0.0155897944418	0.11313510153	-10.3223993416	23.5778400631	67.4551421877

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 5 through 24 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 25 through 38 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 39 through 58 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 59 through 70 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 71 through 134 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 135 through 154 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 2 through 25 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'C' and (resid 3 through 38 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'C' and (resid 39 through 70 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resid 71 through 154 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'D' and (resid 3 through 23 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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