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- PDB-6yld: Crystal structure of Trichoplax adhaerens trBcl-2L2 bound to trBak BH3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6yld
タイトルCrystal structure of Trichoplax adhaerens trBcl-2L2 bound to trBak BH3
要素
  • Bcl-2 homologous antagonist/killer
  • Bcl-2-like protein 1
キーワードAPOPTOSIS / Bcl-2 / Bak / trichoplax adhaerens
機能・相同性
機能・相同性情報


extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / membrane => GO:0016020 / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / regulation of apoptotic process / mitochondrial outer membrane / protein heterodimerization activity / apoptotic process / protein homodimerization activity
類似検索 - 分子機能
Bcl-2 family / BCL (B-Cell lymphoma); contains BH1, BH2 regions / Bcl-2, Bcl-2 homology region 1-3 / Bcl2-like / BCL2-like apoptosis inhibitors family profile. / Apoptosis regulator proteins, Bcl-2 family / Bcl-2-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
D(-)-TARTARIC ACID / Bcl-2-like protein 1 / Bcl-2 homologous antagonist/killer
類似検索 - 構成要素
生物種Trichoplax sp. H2 (無脊椎動物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者D Sa, J. / Banjara, S. / Kvansakul, M.
資金援助 オーストラリア, 1件
組織認可番号国
Australian Research Council (ARC)DP190103591 オーストラリア
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2020
タイトル: Ancient and conserved functional interplay between Bcl-2 family proteins in the mitochondrial pathway of apoptosis.
著者: Popgeorgiev, N. / Sa, J.D. / Jabbour, L. / Banjara, S. / Nguyen, T.T.M. / Akhavan-E-Sabet, A. / Gadet, R. / Ralchev, N. / Manon, S. / Hinds, M.G. / Osigus, H.J. / Schierwater, B. / Humbert, P. ...著者: Popgeorgiev, N. / Sa, J.D. / Jabbour, L. / Banjara, S. / Nguyen, T.T.M. / Akhavan-E-Sabet, A. / Gadet, R. / Ralchev, N. / Manon, S. / Hinds, M.G. / Osigus, H.J. / Schierwater, B. / Humbert, P.O. / Rimokh, R. / Gillet, G. / Kvansakul, M.
履歴
登録2020年4月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年3月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bcl-2-like protein 1
B: Bcl-2 homologous antagonist/killer
C: Bcl-2-like protein 1
D: Bcl-2 homologous antagonist/killer
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,08510
ポリマ－41,4494
非ポリマー6366
水5,837324
1
A: Bcl-2-like protein 1
B: Bcl-2 homologous antagonist/killer
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,0875
ポリマ－20,7242
非ポリマー3623
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2170 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area8730 Å2
手法PISA
2
C: Bcl-2-like protein 1
D: Bcl-2 homologous antagonist/killer
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,9995
ポリマ－20,7242
非ポリマー2743
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2140 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area8960 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)34.297, 40.859, 56.721
Angle α, β, γ (deg.)97.300, 90.085, 101.088
Int Tables number1
Space group name H-MP1
Space group name HallP1
Symmetry operation#1: x,y,z

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要素

#1: タンパク質 Bcl-2-like protein 1


分子量: 17845.404 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Trichoplax sp. H2 (無脊椎動物) / 遺伝子: TrispH2_005532 / プラスミド: pGEX-6P1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A369S2N9
#2: タンパク質・ペプチド Bcl-2 homologous antagonist/killer


分子量: 2879.081 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Trichoplax sp. H2 (無脊椎動物) / 参照: UniProt: A0A369S334
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-TAR / D(-)-TARTARIC ACID / D-酒石酸


分子量: 150.087 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O6
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 324 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 33.6 % / 解説: rectangular shaped
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.8
詳細: 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium citrate pH 5.8, 29 % w/v PEG 4000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→39.81 Å / Num. obs: 56421 / % possible obs: 95.1 % / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 13.36 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.076 / Net I/σ(I): 6.7
反射 シェル解像度: 1.4→1.42 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 1.161 / Num. unique obs: 2489 / CC1/2: 0.358 / % possible all: 84

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
PHENIX1.17.1_3660精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1PQ1

1pq1


解像度: 1.4→30.64 Å / SU ML: 0.205 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 24.4603
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2125 2350 4.17 %
Rwork0.186 --
obs0.1871 56386 94.79 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 22.3 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.4→30.64 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2830 0 42 324 3196
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00512977
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.87454018
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0586429
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004512
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.04291079
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.4-1.420.35821180.35322730X-RAY DIFFRACTION81.16
1.42-1.460.35191380.34193172X-RAY DIFFRACTION93.69
1.46-1.490.3461360.30313129X-RAY DIFFRACTION93.37
1.49-1.530.28981360.27553118X-RAY DIFFRACTION94.24
1.53-1.570.33021390.25893195X-RAY DIFFRACTION94.64
1.57-1.610.27411380.24193167X-RAY DIFFRACTION94.75
1.61-1.670.25051380.21893174X-RAY DIFFRACTION94.6
1.67-1.730.24091370.20343200X-RAY DIFFRACTION95.51
1.73-1.80.25021330.20673225X-RAY DIFFRACTION95.83
1.8-1.880.24011420.19513185X-RAY DIFFRACTION95.69
1.88-1.980.20521390.17283207X-RAY DIFFRACTION95.82
1.98-2.10.18561420.1653223X-RAY DIFFRACTION96.28
2.1-2.260.17051500.15563280X-RAY DIFFRACTION96.95
2.26-2.490.1911370.15173210X-RAY DIFFRACTION96.76
2.49-2.850.17911460.16373292X-RAY DIFFRACTION97.23
2.85-3.590.18341360.16343226X-RAY DIFFRACTION96.72
3.59-30.640.19231450.16683303X-RAY DIFFRACTION98.26
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.16716394766-0.7325366836-0.252111165551.823750105490.1460235356731.90477895956-0.008740984756250.08766753477870.384114448614-0.0540842916761-0.03323762639720.0717282971947-0.253057400560.1794154357350.0323638726990.162393730967-0.0247781609377-0.02648244748480.1962952526890.04664185040730.1603488385443.0818196627738.767666606824.0332493059
21.36076498151-1.40206612228-1.723119596281.43899178051.775584510282.193883340870.2504611155130.1018808210670.248409182176-0.662330665489-0.10706483105-0.0683262167153-0.4086351983420.0390670252115-0.06062436098690.2794957235190.00764739739882-0.01756390913180.3153251009430.04951946675030.31348902591911.011955098540.701094416320.7018901836
32.41351431563-2.094181782980.7455224774337.34596425023-1.634118309852.15570273119-0.0775912516942-0.07501213383050.2267784055830.01847257777930.0794873485557-0.0528991034206-0.3160612758790.121988453444-0.02587062890540.160186679791-0.0168894378529-0.01049113760740.1511786130410.007846505247550.1574891754136.4543005301639.246677220834.5099325417
42.1387461342-0.01438260965992.970926447452.18583839312.845552416527.915998618670.03648633207460.132115130973-0.11265079644-0.139725174992-0.04428967713490.1379112341790.2739706606750.2748297452560.05198526971980.2016537318470.001528055336470.005035208178860.1295051639140.02346492771980.1782364040786.4069145171319.651344616930.9419048955
50.5284935480660.1969118742870.1572686966970.5202619304160.01460843875671.351860429130.00264774172590.0939231827756-0.01610438414540.0033695408289-0.0270035405874-0.01721044610640.08243068016270.01993786213440.02283675910550.1022270165570.00560880252113-0.005064510805830.1401580230550.00173123452670.10668049047-1.7862712396627.497446010124.590355973
62.788487625330.6728770624050.5248246021831.73317431156-0.05130175511240.8634858623190.0279013224711-0.01175968324480.364235336194-0.00650770944962-0.0103818421383-0.00578553658055-0.479161411775-0.232671204088-0.01303515315160.2426049912470.07005737337940.02472542188030.205380780946-0.0211216800690.168404639538-6.7314027496640.994656616337.3040812324
72.81737533860.3295411405260.3444154242674.050954138751.862641708464.84776838613-0.0129180357096-0.0447720963362-0.1057135327050.1144469741650.04165563652040.03151199990650.139241627840.111849626491-0.02545327557070.115338736906-0.004170992496050.006955422331290.1131332273740.01950670643370.0973602033552-1.3736414732324.491491366339.6864877694
81.5635192947-0.2105136881240.08475954079211.480226123750.0474212667641.083102231220.04380036557670.0194267952675-0.198346882574-0.1492116662450.01786997602320.01553886112610.09482461963250.0342252064267-0.05378367484980.1520202352120.0002279185297620.0006451846390960.15726687806-0.02463593317090.138218345631-17.197862676212.641767327148.1894468269
91.38559738276-0.161438884760.103481310531.620236713960.1641948523551.39689101087-0.0350041488215-0.1579394325540.107204959647-0.1036902832610.06589046036810.0695588713105-0.0506598518857-0.07792611736840.0007778715904720.1367126207240.001414903917860.009232705956060.17045094837-0.006466746097930.164131264957-18.015561305818.166728056660.0358460834
100.5870077519470.170003541888-0.131350535660.506065777481-0.1729888020831.47535653148-0.00248935532867-0.00445627564209-0.0122232069960.0154862307480.01280949733175.77763039289E-50.05418611873640.0829529510855-0.0117068153570.1032546571040.01277065796580.001975678794650.133461758825-0.005464908240650.109609677632-8.6419826155819.979250487254.9825671356
112.021536275920.138534369354-0.1582826517464.02390889006-1.747111858243.409220324110.108572642282-0.1704031877430.09513791937380.217353696011-0.009993832139580.139089756232-0.09365177885420.025339918442-0.06580751324670.1278222737090.01985154292850.01071237569630.219319979013-0.01558979444180.11313510153-10.322399341623.577840063167.4551421877
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 5 through 24 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 25 through 38 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 39 through 58 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 59 through 70 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 71 through 134 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 135 through 154 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 2 through 25 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'C' and (resid 3 through 38 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'C' and (resid 39 through 70 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resid 71 through 154 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'D' and (resid 3 through 23 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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