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万見
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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6yl2
タイトルStructural and DNA binding studies of the transcriptional repressor Rv2506 (BkaR) from Mycobacterium tuberculosis supports a role in L-Leucine catabolism
要素
  • DNA (5'-D(*AP*CP*GP*TP*TP*AP*AP*TP*GP*AP*CP*GP*AP*TP*TP*AP*AP*CP*CP*G)-3')
  • DNA (5'-D(*CP*GP*GP*TP*TP*AP*AP*TP*CP*GP*TP*CP*AP*TP*TP*AP*AP*CP*GP*T)-3')
  • Probable transcriptional regulatory protein (Probably TetR-family)
キーワードDNA BINDING PROTEIN / Tuberculosis / Branch-chain amino acid catabolism / TetR Family
機能・相同性
機能・相同性情報


evasion of host immune response / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity / regulation of DNA-templated transcription / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
HTH-type transcriptional repressor KstR2, C-terminal / Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain / Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain superfamily / Bacterial regulatory proteins, tetR family / DNA-binding HTH domain, TetR-type / TetR-type HTH domain profile. / Homeobox-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Probable transcriptional regulatory protein (Probably TetR-family)
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.15 Å
データ登録者Keep, N.H. / Pritchard, J.E. / Sula, A. / Cole, A.R. / Kendall, S.L.
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Structural and DNA binding studies of the transcriptional repressor Rv2506 (BkaR) from Mycobacterium tuberculosis supports a role in L-Leucine catabolism
著者: Pritchard, J.E. / Sula, A. / Cole, A.R. / Kendall, S.L. / Keep, N.H.
履歴
登録2020年4月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年4月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Probable transcriptional regulatory protein (Probably TetR-family)
A: Probable transcriptional regulatory protein (Probably TetR-family)
G: DNA (5'-D(*AP*CP*GP*TP*TP*AP*AP*TP*GP*AP*CP*GP*AP*TP*TP*AP*AP*CP*CP*G)-3')
H: DNA (5'-D(*CP*GP*GP*TP*TP*AP*AP*TP*CP*GP*TP*CP*AP*TP*TP*AP*AP*CP*GP*T)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,7794
ポリマ－54,7794
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7060 Å2
ΔGint-65 kcal/mol
Surface area22420 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.409, 66.000, 179.732
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number17
Space group name H-MP2221
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11B
21A

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / End auth comp-ID: LEU / End label comp-ID: LEU / Refine code: _ / Auth seq-ID: 24 - 215 / Label seq-ID: 5 - 196

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1BA
2AB

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要素

#1: タンパク質 Probable transcriptional regulatory protein (Probably TetR-family)


分子量: 21256.533 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌)
遺伝子: Rv2506 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: O06169
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*CP*GP*TP*TP*AP*AP*TP*GP*AP*CP*GP*AP*TP*TP*AP*AP*CP*CP*G)-3')


分子量: 6142.005 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*GP*GP*TP*TP*AP*AP*TP*CP*GP*TP*CP*AP*TP*TP*AP*AP*CP*GP*T)-3')


分子量: 6123.977 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.1 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.2 M sodium acetate trihydrate, 0.1 M sodium citrate pH 5.5, 5% (w/v) PEG 4000.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.97242 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2017年3月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97242 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.15→62.03 Å / Num. obs: 12331 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 4.3 % / Biso Wilson estimate: 74.4 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.038 / Rpim(I) all: 0.02 / Net I/σ(I): 11.7
反射 シェル解像度: 3.15→3.2 Å / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.285 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 597 / CC1/2: 0.982 / Rpim(I) all: 0.181 / % possible all: 99.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
DIALSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6YJ2

6yj2


解像度: 3.15→62.03 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.953 / SU B: 115.719 / SU ML: 0.701 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.52 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2844 618 5 %RANDOM
Rwork0.2671 ---
obs0.2679 11698 97.52 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 245.34 Å2 / Biso mean: 147.485 Å2 / Biso min: 105.52 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-18.8 Å20 Å20 Å2
2---2.28 Å2-0 Å2
3----16.52 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.15→62.03 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2926 814 0 0 3740
残基数----424
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0270.0143928
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0080.0173386
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8591.5145422
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.4791.7737766
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.195.331592
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg27.22218.75176
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.06815494
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.2511542
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.2110.222542
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0190.023888
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0280.02890
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 5844 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.09 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1B
2A
LS精密化 シェル解像度: 3.15→3.232 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.469 45 -
Rwork0.485 842 -
all-887 -
obs--99.33 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.8701-0.43641.13020.90390.67035.88810.09090.1408-0.1582-0.266-0.0099-0.3587-0.03260.1954-0.0811.2135-0.0770.02891.13330.11781.29711.907232.074724.2239
20.6337-0.1554-0.93380.9755-0.90845.19720.04020.19270.1092-0.251-0.03040.1710.18720.1298-0.00971.2790.0016-0.021.2096-0.07131.388517.723410.581924.1405
32.538-1.1513-0.4396.0961-0.97062.8398-0.1682-0.532-0.10621.4138-0.2709-0.63110.041-0.22020.4391.2388-0.0557-0.13090.32370.00781.284614.85421.317657.8979
41.5078-0.9624-0.0465.6943-0.32530.8546-0.0292-0.4273-0.05410.5201-0.1815-0.198-0.0130.22760.21071.4135-0.0402-0.01750.4286-0.01781.263914.074121.313357.924
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1B24 - 215
2X-RAY DIFFRACTION2A24 - 215
3X-RAY DIFFRACTION3G1 - 20
4X-RAY DIFFRACTION4H1 - 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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