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万見
- PDB-6ykx: Neisseria gonorrhoeae Leucyl-tRNA Synthetase in Complex with Comp... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ykx
タイトルNeisseria gonorrhoeae Leucyl-tRNA Synthetase in Complex with Compound 11j
要素Leucine--tRNA ligase
キーワードLIGASE / protein-inhibitor complex / Rossmann fold / tRNA synthetase
機能・相同性
機能・相同性情報


leucine-tRNA ligase / leucine-tRNA ligase activity / leucyl-tRNA aminoacylation / aminoacyl-tRNA deacylase activity / ATP binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Leucyl-tRNA synthetase, editing domain / Leucyl-tRNA synthetase, editing domain / Leucine-tRNA ligase / Aminoacyl-tRNA synthetase, class Ia / tRNA synthetases class I (I, L, M and V) / Valyl/Leucyl/Isoleucyl-tRNA synthetase, editing domain / Methionyl/Valyl/Leucyl/Isoleucyl-tRNA synthetase, anticodon-binding / Anticodon-binding domain of tRNA ligase / Methionyl/Leucyl tRNA synthetase / tRNA synthetases class I (M) ...Leucyl-tRNA synthetase, editing domain / Leucyl-tRNA synthetase, editing domain / Leucine-tRNA ligase / Aminoacyl-tRNA synthetase, class Ia / tRNA synthetases class I (I, L, M and V) / Valyl/Leucyl/Isoleucyl-tRNA synthetase, editing domain / Methionyl/Valyl/Leucyl/Isoleucyl-tRNA synthetase, anticodon-binding / Anticodon-binding domain of tRNA ligase / Methionyl/Leucyl tRNA synthetase / tRNA synthetases class I (M) / Aminoacyl-tRNA synthetase, class Ia, anticodon-binding / Aminoacyl-tRNA synthetase, class I, conserved site / Aminoacyl-transfer RNA synthetases class-I signature. / Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-OW2 / Leucine--tRNA ligase / Leucine--tRNA ligase
類似検索 - 構成要素
生物種Neisseria gonorrhoeae (淋菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.41 Å
データ登録者Pang, L. / Strelkov, S.V. / Weeks, S.D.
資金援助 ベルギー, 3件
組織認可番号国
Research Foundation - Flanders (FWO)G077814N ベルギー
Research Foundation - Flanders (FWO)G0A4616A ベルギー
Research Foundation - Flanders (FWO)1109117N ベルギー
引用ジャーナル: Eur.J.Med.Chem. / 年: 2021
タイトル: Synthesis and structure-activity studies of novel anhydrohexitol-based Leucyl-tRNA synthetase inhibitors.
著者: De Ruysscher, D. / Pang, L. / Lenders, S.M.G. / Cappoen, D. / Cos, P. / Rozenski, J. / Strelkov, S.V. / Weeks, S.D. / Van Aerschot, A.
履歴
登録2020年4月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年12月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年12月9日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22021年2月3日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.year
改定 1.32024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Leucine--tRNA ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,9495
ポリマ－98,1851
非ポリマー7634
水3,171176
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: homology
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area310 Å2
ΔGint-0 kcal/mol
Surface area37230 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.179, 81.397, 224.364
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Leucine--tRNA ligase / Leucyl-tRNA synthetase / LeuRS


分子量: 98185.344 Da / 分子数: 1 / 断片: Leucyl-tRNA Synthetase / 変異: D454N / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Neisseria gonorrhoeae (淋菌) / 遺伝子: leuS, VT05_02036, WHOO_00006, WHOO_00455 / プラスミド: pETRUK / 細胞株 (発現宿主): Rosetta 2 (DE3) pLysS / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: A0A5K1KQ39, UniProt: Q5FAJ3*PLUS, leucine-tRNA ligase

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非ポリマー , 5種, 180分子

#2: 化合物 ChemComp-OW2 / [(2~{R},3~{S},4~{S},5~{R})-3,4-bis(oxidanyl)-5-[3-[4-[[(phenylmethyl)carbamoylamino]methyl]-1,2,3-triazol-1-yl]propyl]oxan-2-yl]methyl ~{N}-[(2~{S})-2-azanyl-4-methyl-pentanoyl]sulfamate


分子量: 611.711 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C26H41N7O8S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 176 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.21 % / Mosaicity: 0.32 °
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: Holo protein at 10 mg/mL in 10 mM Tris pH 7, 100 mM NaCl, 2.5 mM 2-mercaptoethanol was mixed with 0.1 M bis-tris propane pH 8.5, 0.1 M MgCl2, 20% w/v PEG 3350 and a crystal seed stock in a 0. ...詳細: Holo protein at 10 mg/mL in 10 mM Tris pH 7, 100 mM NaCl, 2.5 mM 2-mercaptoethanol was mixed with 0.1 M bis-tris propane pH 8.5, 0.1 M MgCl2, 20% w/v PEG 3350 and a crystal seed stock in a 0.75:1.0:0.25 (v/v) ratio. The seed stock was prepared in the same crystallization buffer. Suitable crystals were soaked with 2 mM synthesized compound 11j in an equilvalent precipitant solution supplemented with 22% v/v ethylene glycol.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.980112 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年9月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.980112 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.408→112.18 Å / Num. obs: 35930 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.6 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.104 / Rpim(I) all: 0.043 / Rrim(I) all: 0.113 / Net I/σ(I): 11.6
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.41-2.545.30.7652745651440.6820.3530.8462.199.9
7.62-112.187.20.037933113020.9990.0140.03930.5100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.15.2_3472精密化
XDSデータ削減
Aimless0.7.4データスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6Q89

6q89


解像度: 2.41→76.517 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 23.39
Rfactor反射数%反射
Rfree0.247 1755 4.89 %
Rwork0.1778 --
obs0.1811 35854 99.91 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 142.31 Å2 / Biso mean: 47.223 Å2 / Biso min: 19.48 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.41→76.517 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6507 0 48 176 6731
Biso mean--50.58 44.08 -
残基数----842
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork
2.41-2.47350.31061450.22272582
2.4735-2.54630.3671250.232550
2.5463-2.62850.31541390.22222583
2.6285-2.72250.28061300.21212611
2.7225-2.83150.30991310.20452564
2.8315-2.96030.25931300.19872579
2.9603-3.11640.30691250.18522621
3.1164-3.31170.25711460.18372592
3.3117-3.56740.23791330.18352622
3.5674-3.92630.24441300.15862625
3.9263-4.49440.2261640.15142632
4.4944-5.66230.20881220.16132697
5.6623-76.5170.20381350.17322841
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.8471.27180.94752.21240.12641.5687-0.02860.1634-0.10130.06530.0772-0.18280.28010.2748-0.06450.32460.0836-0.03010.2947-0.05320.3416-2.5511-11.3063-38.4529
20.1167-0.0433-0.0910.650.51980.42930.02760.0227-0.0761-0.04540.01720.08410.0047-0.0238-0.05380.24650.0127-0.04580.339-0.01240.31693.68859.3549-26.1443
32.8231-0.45660.59221.8113-0.76863.97850.13280.0042-0.01290.0001-0.00450.0698-0.17870.1058-0.12570.337-0.01430.01610.258-0.0130.3242-12.479335.7469-13.316
40.4805-0.23370.00820.8286-0.00030.6115-0.0499-0.01580.07650.12160.0982-0.0804-0.08750.1614-0.05860.2616-0.0133-0.01750.2979-0.0070.26668.663613.3156-29.183
52.93481.0849-1.19341.8688-0.73142.88960.0754-0.4649-0.06430.38780.02680.20860.3967-0.1642-0.09170.51710.025-0.04270.4874-0.03250.3215-14.5291-8.5161-19.6689
62.84331.03781.52381.94740.9713.41210.0502-0.07370.01650.0570.00030.31880.2067-0.1375-0.03580.21660.03670.00960.2256-0.0140.2923-23.3216-17.7718-47.1507
71.7933-0.54710.88651.4578-0.53581.8905-0.07890.64320.00850.0211-0.06590.4934-0.1959-0.19990.07250.39570.0058-0.08340.6673-0.10920.5749-33.7065-11.8486-61.9875
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 96 )A1 - 96
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 97 through 235 )A97 - 235
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 236 through 396 )A236 - 396
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 397 through 565 )A397 - 565
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 566 through 644 )A566 - 644
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 645 through 780 )A645 - 780
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 781 through 876 )A781 - 876

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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