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- PDB-6yjt: Crystal structure of MGAT5 (alpha-1,6-mannosylglycoprotein 6-beta... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6yjt
タイトルCrystal structure of MGAT5 (alpha-1,6-mannosylglycoprotein 6-beta-N-acetylglucosaminyltransferase V) luminal domain with a Lys329-Ile345 loop truncation, in complex with UDP
要素Alpha-1,6-mannosylglycoprotein 6-beta-N-acetylglucosaminyltransferase A
キーワードTRANSFERASE / Carbohydrate / Enzyme / N-glycosylation / GlcNAc
機能・相同性
機能・相同性情報


alpha-1,6-mannosyl-glycoprotein 6-beta-N-acetylglucosaminyltransferase / alpha-1,6-mannosylglycoprotein 6-beta-N-acetylglucosaminyltransferase activity / N-Glycan antennae elongation / positive regulation of receptor signaling pathway via STAT / negative regulation of protein tyrosine phosphatase activity / protein N-linked glycosylation via asparagine / protein N-linked glycosylation / protein phosphatase inhibitor activity / manganese ion binding / Maturation of spike protein ...alpha-1,6-mannosyl-glycoprotein 6-beta-N-acetylglucosaminyltransferase / alpha-1,6-mannosylglycoprotein 6-beta-N-acetylglucosaminyltransferase activity / N-Glycan antennae elongation / positive regulation of receptor signaling pathway via STAT / negative regulation of protein tyrosine phosphatase activity / protein N-linked glycosylation via asparagine / protein N-linked glycosylation / protein phosphatase inhibitor activity / manganese ion binding / Maturation of spike protein / viral protein processing / positive regulation of cell migration / Golgi membrane / Golgi apparatus / extracellular exosome / membrane
類似検索 - 分子機能
Glycosyltransferase family 18 / Domain of unknown function DUF4525 / Glycosyltransferase family 18 / Domain of unknown function (DUF4525)
類似検索 - ドメイン・相同性
URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / Alpha-1,6-mannosylglycoprotein 6-beta-N-acetylglucosaminyltransferase A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Wu, L. / Darby, J.F. / Gilio, A.K. / Davies, G.J.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
European Research Council (ERC)ErC-2012-AdG-322942 英国
引用ジャーナル: Acs Catalysis / 年: 2020
タイトル: Substrate Engagement and Catalytic Mechanisms of N-Acetylglucosaminyltransferase V
著者: Darby, J.F. / Gilio, A.K. / Piniello, B. / Roth, C. / Blagova, E. / Rovira, C. / Hubbard, R.E. / Davies, G.J. / Wu, L.
履歴
登録2020年4月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年8月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月24日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
AAA: Alpha-1,6-mannosylglycoprotein 6-beta-N-acetylglucosaminyltransferase A
BBB: Alpha-1,6-mannosylglycoprotein 6-beta-N-acetylglucosaminyltransferase A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)120,31720
ポリマ－117,9942
非ポリマー2,32418
水5,945330
1
AAA: Alpha-1,6-mannosylglycoprotein 6-beta-N-acetylglucosaminyltransferase A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,9678
ポリマ－58,9971
非ポリマー9707
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
BBB: Alpha-1,6-mannosylglycoprotein 6-beta-N-acetylglucosaminyltransferase A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,35112
ポリマ－58,9971
非ポリマー1,35411
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)47.030, 69.590, 90.000
Angle α, β, γ (deg.)107.770, 91.810, 106.940
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン: (詳細: Chains AAA BBB)

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 4分子 AAABBB

#1: タンパク質 Alpha-1,6-mannosylglycoprotein 6-beta-N-acetylglucosaminyltransferase A / Alpha-mannoside beta-1 / 6-N-acetylglucosaminyltransferase V / GlcNAc-T V / GNT-V / Mannoside ...Alpha-mannoside beta-1 / 6-N-acetylglucosaminyltransferase V / GlcNAc-T V / GNT-V / Mannoside acetylglucosaminyltransferase 5 / N-acetylglucosaminyl-transferase V


分子量: 58996.906 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MGAT5, GGNT5 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
参照: UniProt: Q09328, alpha-1,6-mannosyl-glycoprotein 6-beta-N-acetylglucosaminyltransferase
#4: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 4種, 346分子

#2: 化合物 ChemComp-UDP / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / UDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 404.161 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H14N2O12P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: UDP*YM
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 330 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.43 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1 M HEPES pH 8.0, 0.3 M Li2SO4, 30 % (w/v) PEG 3350, 10 % (v/v) ethylene glycol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97625 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年4月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→43.43 Å / Num. obs: 108811 / % possible obs: 96 % / 冗長度: 3.6 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.047 / Rpim(I) all: 0.03 / Net I/σ(I): 9.9
反射 シェル解像度: 1.7→1.74 Å / Rmerge(I) obs: 1.346 / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 8076 / CC1/2: 0.562 / Rpim(I) all: 0.804

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
xia2データ削減
xia2データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5zic

5zic


解像度: 1.7→43.43 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.976 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.953 / SU B: 3.645 / SU ML: 0.116 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.114 / ESU R Free: 0.112 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2228 3727 3.437 %
Rwork0.1845 --
all0.186 --
obs-104711 95.643 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 54.886 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.17 Å21.476 Å21.511 Å2
2--1.744 Å23.277 Å2
3----2.346 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→43.43 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8218 0 140 330 8688
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0138573
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0177891
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5361.65411589
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2551.58218397
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.05551013
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.19423.063431
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.595151506
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.0221538
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0740.21070
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.029338
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021760
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1920.21653
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.180.27616
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1640.24070
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0780.23834
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1540.2341
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.1940.215
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2280.273
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.2060.215
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.1875.5674070
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other4.1825.5664069
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.6078.3435077
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other5.6088.3435078
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.1496.0934503
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other5.1216.0884480
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it7.5988.9136512
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other7.5948.9056477
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it9.33564.4479410
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other9.34464.3859368
X-RAY DIFFRACTIONr_ncsr_local_group_10.0880.0516614
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7-1.74400.267734X-RAY DIFFRACTION91.6785
1.744-1.79200.2887747X-RAY DIFFRACTION95.1019
1.792-1.84400.2887600X-RAY DIFFRACTION95.996
1.844-1.9010.277820.287326X-RAY DIFFRACTION96.083
1.901-1.9630.3062980.2626939X-RAY DIFFRACTION96.2239
1.963-2.0320.2833520.2466619X-RAY DIFFRACTION96.5646
2.032-2.1080.2653290.2356425X-RAY DIFFRACTION96.7068
2.108-2.1940.2443010.2286198X-RAY DIFFRACTION97
2.194-2.2920.2532850.2085944X-RAY DIFFRACTION96.6486
2.292-2.4040.2762730.1975713X-RAY DIFFRACTION97.0178
2.404-2.5340.2382630.2045441X-RAY DIFFRACTION97.2881
2.534-2.6870.2232440.2125152X-RAY DIFFRACTION97.348
2.687-2.8720.2682490.2234804X-RAY DIFFRACTION96.5603
2.872-3.1020.2472380.214389X-RAY DIFFRACTION95.5794
3.102-3.3980.2491930.1953982X-RAY DIFFRACTION93.6519
3.398-3.7980.2371680.1653607X-RAY DIFFRACTION93.8354
3.798-4.3840.1731530.1283223X-RAY DIFFRACTION95.0451
4.384-5.3660.1591420.1212649X-RAY DIFFRACTION92.4478
5.366-7.5740.1921050.1472058X-RAY DIFFRACTION93.4341
7.574-43.430.211520.1471163X-RAY DIFFRACTION94.6262

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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