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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6yjj | |||||||||
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タイトル | Structure of CYRI-B (FAM49B) from Rhincodon typus (selenomethionine derivative) | |||||||||
要素 | CYRI-B (FAM49B) | |||||||||
キーワード | CYTOSOLIC PROTEIN (細胞質基質) / CYRI-B / FAM49B / actin assembly (アクチン) / Rac binding protein / cell motility regulator | |||||||||
生物種 | Rhincodon typus (じんべいざめ) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.4 Å | |||||||||
データ登録者 | Kaplan, E. | |||||||||
資金援助 | 英国, 2件
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引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2020 タイトル: Structure of CYRI-B (FAM49B), a key regulator of cellular actin assembly. 著者: Kaplan, E. / Stone, R. / Hume, P.J. / Greene, N.P. / Koronakis, V. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6yjj.cif.gz | 139.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6yjj.ent.gz | 115.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6yjj.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yj/6yjj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yj/6yjj | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 37378.848 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rhincodon typus (じんべいざめ) / 遺伝子: fam49b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.31 % |
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結晶化 | 温度: 288.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 25% PEG3350, 0.1 M Bis-Tris pH 5.5 and 0.2 M ammonium acetate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9611 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月21日 | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9611 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.4→72.82 Å / Num. obs: 13006 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 9.5 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.123 / Rpim(I) all: 0.042 / Rrim(I) all: 0.13 / Net I/σ(I): 12.8 / Num. measured all: 123774 / Scaling rejects: 39 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-位相決定
位相決定 | 手法: 単波長異常分散 |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.4→53.66 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 27.64 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 177.31 Å2 / Biso mean: 63.28 Å2 / Biso min: 23.68 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.4→53.66 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / % reflection obs: 100 %
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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