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- PDB-6yiq: tRNA-Guanine Transglycosylase (TGT) in co-crystallized complex (P... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6yiq
タイトルtRNA-Guanine Transglycosylase (TGT) in co-crystallized complex (P2) with 6-amino-2-(methylamino)-4-phenethyl-1,7-dihydro-8H-imidazo[4,5-g]quinazolin-8-one
要素Queuine tRNA-ribosyltransferase
キーワードTRANSFERASE / TGT / TRNA-GUANINE TRANSGLYCOSYLASE / GUANINE INSERTION ENZYME / HOMODIMER
機能・相同性
機能・相同性情報


tRNA-guanosine34 preQ1 transglycosylase / tRNA wobble guanine modification / tRNA-guanosine(34) queuine transglycosylase activity / : / tRNA queuosine(34) biosynthetic process / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / tRNA-guanine transglycosylase / tRNA-guanine(15) transglycosylase-like / Queuine tRNA-ribosyltransferase-like / Queuine tRNA-ribosyltransferase
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-OQN / Queuine tRNA-ribosyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Zymomonas mobilis subsp. mobilis ZM4 = ATCC 31821 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.58 Å
データ登録者Nguyen, A. / Heine, A. / Klebe, G.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Co-crystallization, 19F NMR and nanoESI-MS reveal dimer disturbing inhibitors and conformational changes at dimer contacts
著者: Nguyen, A. / Heine, A. / Klebe, G.
履歴
登録2020年4月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年4月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Queuine tRNA-ribosyltransferase
B: Queuine tRNA-ribosyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,2169
ポリマ－86,1402
非ポリマー1,0767
水9,692538
1
A: Queuine tRNA-ribosyltransferase
ヘテロ分子

A: Queuine tRNA-ribosyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,1238
ポリマ－86,1402
非ポリマー9846
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_656-x+1,y,-z+11
2
B: Queuine tRNA-ribosyltransferase
ヘテロ分子

B: Queuine tRNA-ribosyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,30810
ポリマ－86,1402
非ポリマー1,1688
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,y,-z1
単位格子
Length a, b, c (Å)70.959, 64.877, 87.456
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 94.993, 90.000
Int Tables number3
Space group name H-MP121
Space group name HallP2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-513-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ARGARGALAALA(chain 'A' and (resid 11 through 20 or resid 22...AA11 - 1913 - 21
12GLUGLULYSLYS(chain 'A' and (resid 11 through 20 or resid 22...AA22 - 3324 - 35
13GLYGLYVALVAL(chain 'A' and (resid 11 through 20 or resid 22...AA35 - 5137 - 53
14GLYGLYLEULEU(chain 'A' and (resid 11 through 20 or resid 22...AA63 - 7465 - 76
15LEULEUGLYGLY(chain 'A' and (resid 11 through 20 or resid 22...AA76 - 7978 - 81
16ARGARGMETMET(chain 'A' and (resid 11 through 20 or resid 22...AA82 - 10984 - 111
17THRTHRLYSLYS(chain 'A' and (resid 11 through 20 or resid 22...AA115 - 125117 - 127
18ARGARGILEILE(chain 'A' and (resid 11 through 20 or resid 22...AA132 - 141134 - 143
19ILEILEPROPRO(chain 'A' and (resid 11 through 20 or resid 22...AA143 - 165145 - 167
110ARGARGSERSER(chain 'A' and (resid 11 through 20 or resid 22...AA167 - 170169 - 172
111METMETASPASP(chain 'A' and (resid 11 through 20 or resid 22...AA172 - 187174 - 189
112ARGARGGLUGLU(chain 'A' and (resid 11 through 20 or resid 22...AA189 - 239191 - 241
113PHEPHEPROPRO(chain 'A' and (resid 11 through 20 or resid 22...AA241 - 265243 - 267
114ASPASPASPASP(chain 'A' and (resid 11 through 20 or resid 22...AA267 - 280269 - 282
115VALVALPROPRO(chain 'A' and (resid 11 through 20 or resid 22...AA282 - 284284 - 286
116SERSERILEILE(chain 'A' and (resid 11 through 20 or resid 22...AA287 - 302289 - 304
117ASNASNGLYGLY(chain 'A' and (resid 11 through 20 or resid 22...AA304 - 342306 - 344
118LEULEUILEILE(chain 'A' and (resid 11 through 20 or resid 22...AA345 - 365347 - 367
119GLUGLUPHEPHE(chain 'A' and (resid 11 through 20 or resid 22...AA367 - 382369 - 384
220ARGARGALAALA(chain 'B' and (resid 11 through 16 or (resid 17...BB11 - 1913 - 21
221GLUGLULYSLYS(chain 'B' and (resid 11 through 16 or (resid 17...BB22 - 3324 - 35
222GLYGLYVALVAL(chain 'B' and (resid 11 through 16 or (resid 17...BB35 - 5137 - 53
223GLYGLYLEULEU(chain 'B' and (resid 11 through 16 or (resid 17...BB63 - 7465 - 76
224LEULEUGLYGLY(chain 'B' and (resid 11 through 16 or (resid 17...BB76 - 7978 - 81
225ARGARGMETMET(chain 'B' and (resid 11 through 16 or (resid 17...BB82 - 10984 - 111
226THRTHRLYSLYS(chain 'B' and (resid 11 through 16 or (resid 17...BB115 - 125117 - 127
227ARGARGILEILE(chain 'B' and (resid 11 through 16 or (resid 17...BB132 - 141134 - 143
228ILEILEPROPRO(chain 'B' and (resid 11 through 16 or (resid 17...BB143 - 165145 - 167
229ARGARGSERSER(chain 'B' and (resid 11 through 16 or (resid 17...BB167 - 170169 - 172
230METMETASPASP(chain 'B' and (resid 11 through 16 or (resid 17...BB172 - 187174 - 189
231ARGARGGLUGLU(chain 'B' and (resid 11 through 16 or (resid 17...BB189 - 239191 - 241
232PHEPHEPROPRO(chain 'B' and (resid 11 through 16 or (resid 17...BB241 - 265243 - 267
233ASPASPASPASP(chain 'B' and (resid 11 through 16 or (resid 17...BB267 - 280269 - 282
234VALVALPROPRO(chain 'B' and (resid 11 through 16 or (resid 17...BB282 - 284284 - 286
235SERSERILEILE(chain 'B' and (resid 11 through 16 or (resid 17...BB287 - 302289 - 304
236ASNASNGLYGLY(chain 'B' and (resid 11 through 16 or (resid 17...BB304 - 342306 - 344
237LEULEUILEILE(chain 'B' and (resid 11 through 16 or (resid 17...BB345 - 365347 - 367
238GLUGLUPHEPHE(chain 'B' and (resid 11 through 16 or (resid 17...BB367 - 382369 - 384

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要素

#1: タンパク質 Queuine tRNA-ribosyltransferase / Guanine insertion enzyme / tRNA-guanine transglycosylase


分子量: 43069.828 Da / 分子数: 2 / 変異: T312K / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Zymomonas mobilis subsp. mobilis ZM4 = ATCC 31821 (バクテリア)
遺伝子: tgt, ZMO0363 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P28720, tRNA-guanosine34 preQ1 transglycosylase
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-OQN / 6-amino-2-(methylamino)-4-phenethyl-1,7-dihydro-8H-imidazo[4,5-g]quinazolin-8-one / 6-azanyl-2-(methylamino)-4-(2-phenylethyl)-3,7-dihydroimidazo[4,5-g]quinazolin-8-one


分子量: 334.375 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H18N6O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 538 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.17 %
結晶化温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 100 mM MES pH 5.5, 0.5 mM DTT, 10% (v/v) DMSO, 13% (m/v) PEG8000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年3月3日
放射モノクロメーター: DCM Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.58→43.56 Å / Num. obs: 105940 / % possible obs: 96.8 % / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 18.54 Å2 / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 13.21
反射 シェル解像度: 1.58→1.67 Å / Num. unique obs: 16991 / CC1/2: 0.837

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Cootモデル構築
PHENIX1.16_3549精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1PUD

1pud


解像度: 1.58→43.56 Å / SU ML: 0.1541 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 21.8431
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2019 5275 5 %
Rwork0.1597 --
obs0.1618 105519 96.7 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 24.32 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.58→43.56 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5439 0 70 538 6047
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00825788
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.93197842
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0522823
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00641107
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.48823485
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.58-1.590.31351600.22373041X-RAY DIFFRACTION90.09
1.59-1.610.24661800.20353431X-RAY DIFFRACTION98.99
1.61-1.630.30071780.19143384X-RAY DIFFRACTION98.67
1.63-1.650.23761820.18043439X-RAY DIFFRACTION99.04
1.65-1.680.22121760.16613360X-RAY DIFFRACTION98.85
1.68-1.70.23861790.17023397X-RAY DIFFRACTION98.73
1.7-1.720.25011760.17983355X-RAY DIFFRACTION97.54
1.72-1.750.20021780.16133377X-RAY DIFFRACTION98.07
1.75-1.780.21671760.14833361X-RAY DIFFRACTION98
1.78-1.80.20051790.14373383X-RAY DIFFRACTION98.18
1.8-1.840.20721800.1443420X-RAY DIFFRACTION99.42
1.84-1.870.23181800.16523422X-RAY DIFFRACTION99.26
1.87-1.910.25881710.20943255X-RAY DIFFRACTION94.35
1.91-1.940.32661590.24263016X-RAY DIFFRACTION87.73
1.94-1.990.191780.15543379X-RAY DIFFRACTION98.04
1.99-2.030.16761810.13763449X-RAY DIFFRACTION98.72
2.03-2.080.23921610.17263061X-RAY DIFFRACTION88.96
2.08-2.140.18491750.13983321X-RAY DIFFRACTION97.03
2.14-2.20.16861780.13973372X-RAY DIFFRACTION98.34
2.2-2.270.21741640.17453118X-RAY DIFFRACTION90.07
2.27-2.350.20111790.13983417X-RAY DIFFRACTION98.9
2.35-2.450.19121800.13863406X-RAY DIFFRACTION98.76
2.45-2.560.17771800.13453429X-RAY DIFFRACTION98.63
2.56-2.70.20281730.14723285X-RAY DIFFRACTION94.9
2.7-2.860.16841760.14923353X-RAY DIFFRACTION96.58
2.86-3.090.21041800.14983434X-RAY DIFFRACTION98.5
3.09-3.40.1871800.15033423X-RAY DIFFRACTION98.74
3.4-3.890.18621720.14543287X-RAY DIFFRACTION94.48
3.89-4.90.16231790.1443388X-RAY DIFFRACTION96.51
4.9-43.560.22731850.21583481X-RAY DIFFRACTION96.88

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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