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- PDB-6yij: Crystal structure of the CREBBP bromodomain in complex with a ben... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6yij
タイトルCrystal structure of the CREBBP bromodomain in complex with a benzo-diazepine ligand
要素CREBBP
キーワードTRANSCRIPTION / Bromodomain / CREBBP / small molecule / benzo-diazepine / SGC / Structural Genomics Consortium
機能・相同性
機能・相同性情報


peptide lactyltransferase (CoA-dependent) activity / regulation of smoothened signaling pathway / NFE2L2 regulating ER-stress associated genes / peptide N-acetyltransferase activity / Activation of the TFAP2 (AP-2) family of transcription factors / NFE2L2 regulating inflammation associated genes / histone H3K18 acetyltransferase activity / N-terminal peptidyl-lysine acetylation / histone H3K27 acetyltransferase activity / LRR FLII-interacting protein 1 (LRRFIP1) activates type I IFN production ...peptide lactyltransferase (CoA-dependent) activity / regulation of smoothened signaling pathway / NFE2L2 regulating ER-stress associated genes / peptide N-acetyltransferase activity / Activation of the TFAP2 (AP-2) family of transcription factors / NFE2L2 regulating inflammation associated genes / histone H3K18 acetyltransferase activity / N-terminal peptidyl-lysine acetylation / histone H3K27 acetyltransferase activity / LRR FLII-interacting protein 1 (LRRFIP1) activates type I IFN production / NFE2L2 regulates pentose phosphate pathway genes / NFE2L2 regulating MDR associated enzymes / MRF binding / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of myeloid cells / Regulation of FOXO transcriptional activity by acetylation / Regulation of gene expression in late stage (branching morphogenesis) pancreatic bud precursor cells / RUNX3 regulates NOTCH signaling / Regulation of gene expression by Hypoxia-inducible Factor / Nuclear events mediated by NFE2L2 / NOTCH4 Intracellular Domain Regulates Transcription / FOXO-mediated transcription of cell death genes / Regulation of NFE2L2 gene expression / negative regulation of transcription by RNA polymerase I / NOTCH3 Intracellular Domain Regulates Transcription / TRAF6 mediated IRF7 activation / NFE2L2 regulating anti-oxidant/detoxification enzymes / peptide-lysine-N-acetyltransferase activity / NFE2L2 regulating tumorigenic genes / embryonic digit morphogenesis / homeostatic process / protein acetylation / Notch-HLH transcription pathway / positive regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / Formation of paraxial mesoderm / stimulatory C-type lectin receptor signaling pathway / acetyltransferase activity / Zygotic genome activation (ZGA) / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in Cytochrome C Release / histone acetyltransferase complex / positive regulation of double-strand break repair via homologous recombination / Attenuation phase / cellular response to nutrient levels / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity / canonical NF-kappaB signal transduction / histone acetyltransferase activity / regulation of cellular response to heat / histone acetyltransferase / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの / RORA activates gene expression / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / NPAS4 regulates expression of target genes / CD209 (DC-SIGN) signaling / BMAL1:CLOCK,NPAS2 activates circadian gene expression / SUMOylation of transcription cofactors / Activation of gene expression by SREBF (SREBP) / protein destabilization / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex / Heme signaling / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / PPARA activates gene expression / Cytoprotection by HMOX1 / chromatin DNA binding / Evasion by RSV of host interferon responses / NOTCH1 Intracellular Domain Regulates Transcription / transcription coactivator binding / Pre-NOTCH Transcription and Translation / Transcriptional regulation of white adipocyte differentiation / Constitutive Signaling by NOTCH1 PEST Domain Mutants / Constitutive Signaling by NOTCH1 HD+PEST Domain Mutants / positive regulation of protein localization to nucleus / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / transcription corepressor activity / cellular response to UV / rhythmic process / p53 binding / Circadian Clock / TRAF3-dependent IRF activation pathway / HATs acetylate histones / protein-containing complex assembly / DNA-binding transcription factor binding / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / Estrogen-dependent gene expression / transcription regulator complex / damaged DNA binding / transcription coactivator activity / nuclear body / response to hypoxia / chromatin binding / regulation of DNA-templated transcription / chromatin / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / signal transduction / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Nuclear receptor coactivator, CREB-bp-like, interlocking / Nuclear receptor coactivator, CREB-bp-like, interlocking domain superfamily / Creb binding / Zinc finger, TAZ-type / TAZ domain superfamily / TAZ zinc finger / Zinc finger TAZ-type profile. / TAZ zinc finger, present in p300 and CBP / Coactivator CBP, KIX domain / CREB-binding protein/p300, atypical RING domain ...Nuclear receptor coactivator, CREB-bp-like, interlocking / Nuclear receptor coactivator, CREB-bp-like, interlocking domain superfamily / Creb binding / Zinc finger, TAZ-type / TAZ domain superfamily / TAZ zinc finger / Zinc finger TAZ-type profile. / TAZ zinc finger, present in p300 and CBP / Coactivator CBP, KIX domain / CREB-binding protein/p300, atypical RING domain / CBP/p300-type histone acetyltransferase domain / CBP/p300, atypical RING domain superfamily / KIX domain / CREB-binding protein/p300, atypical RING domain / KIX domain profile. / CBP/p300-type histone acetyltransferase (HAT) domain profile. / Histone acetyltransferase Rtt109/CBP / Histone acetylation protein / Histone acetylation protein / Coactivator CBP, KIX domain superfamily / Zinc finger ZZ-type signature. / Zinc-binding domain, present in Dystrophin, CREB-binding protein. / Zinc finger, ZZ type / Zinc finger, ZZ-type / Zinc finger, ZZ-type superfamily / Zinc finger ZZ-type profile. / Nuclear receptor coactivator, interlocking / Bromodomain-like / Histone Acetyltransferase; Chain A / Bromodomain, conserved site / Bromodomain signature. / Bromodomain / Bromodomain profile. / bromo domain / Bromodomain / Bromodomain-like superfamily / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-OSN / CREB-binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Picaud, S. / Brand, M. / Tobias, K. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Conway, S. / Filippakopoulos, P.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MR/N010051/1 英国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of the CREBBP bromodomain in complex with a benzo-diazepine ligand
著者: Picaud, S. / Brand, M. / Tobias, K. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Conway, S. / Filippakopoulos, P.
履歴
登録2020年4月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年4月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CREBBP
B: CREBBP
C: CREBBP
D: CREBBP
E: CREBBP
F: CREBBP
G: CREBBP
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)102,40214
ポリマ－99,5637
非ポリマー2,8397
水4,035224
1
A: CREBBP
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,6292
ポリマ－14,2231
非ポリマー4061
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: CREBBP
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,6292
ポリマ－14,2231
非ポリマー4061
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: CREBBP
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,6292
ポリマ－14,2231
非ポリマー4061
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: CREBBP
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,6292
ポリマ－14,2231
非ポリマー4061
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: CREBBP
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,6292
ポリマ－14,2231
非ポリマー4061
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
F: CREBBP
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,6292
ポリマ－14,2231
非ポリマー4061
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
7
G: CREBBP
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,6292
ポリマ－14,2231
非ポリマー4061
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)96.694, 96.694, 251.713
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質
CREBBP


分子量: 14223.349 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pNIC28-Bsa4 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: Q92793, histone acetyltransferase, 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの
#2: 化合物
ChemComp-OSN / (4~{R})-6-[(~{E})-5-(7-methoxy-3,4-dihydro-2~{H}-quinolin-1-yl)pent-1-enyl]-4-methyl-1,3,4,5-tetrahydro-1,5-benzodiazepin-2-one


分子量: 405.533 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C25H31N3O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 224 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.37 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.3
詳細: 20% ethylene glycol 21% PEG6K 0.1M tris pH 8.3 0.125M lithium chloride

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年9月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→47.5 Å / Num. obs: 61638 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.7 % / Rpim(I) all: 0.047 / Rrim(I) all: 0.167 / Rsym value: 0.16 / Net I/av σ(I): 3.9 / Net I/σ(I): 11.1
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique obsRpim(I) allRrim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
2.2-2.3212.61.4380.511117288230.421.4991.4382100
2.32-2.4613.30.9760.811135383800.2771.0150.9762.9100
2.46-2.6312.80.661.210131378960.1910.6870.664.1100
2.63-2.8413.20.4421.79788873900.1260.460.4425.9100
2.84-3.1113.30.2732.89074167980.0770.2840.2739.1100
3.11-3.4812.70.1734.37852261940.0510.180.17313.9100
3.48-4.0212.20.1016.76713955160.030.1060.10122.5100
4.02-4.9212.20.0738.35729047010.0220.0770.07328.1100
4.92-6.9611.70.0718.24371937370.0220.0740.07125100
6.96-47.47911.40.0478.62513522030.0150.050.04731.899.7

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation3.5 Å47.48 Å
Translation3.5 Å47.48 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
SCALA3.3.22データスケーリング
PHASER2.5.7位相決定
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3DWY

3dwy


解像度: 2.2→47.5 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.916 / SU B: 13.746 / SU ML: 0.179 / SU R Cruickshank DPI: 0.2173 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.217 / ESU R Free: 0.208
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2693 2003 3.3 %RANDOM
Rwork0.2022 ---
obs0.2044 59475 99.88 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 177.83 Å2 / Biso mean: 44.856 Å2 / Biso min: 19.53 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.45 Å20 Å2-0 Å2
2--0.45 Å2-0 Å2
3----0.89 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.2→47.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6732 0 210 224 7166
Biso mean--42.09 38.44 -
残基数----813
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0137164
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0176556
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.1711.6919738
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.451.58515256
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.0885808
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.46722.85386
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.689151203
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.6641543
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1040.2855
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0130.027723
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021494
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.257 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.351 141 -
Rwork0.281 4284 -
all-4425 -
obs--99.8 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.4309-0.51510.28990.9464-0.60950.9067-0.0256-0.01950.07520.0119-0.007-0.0438-0.08420.06330.03260.12080.0131-0.00230.09890.00580.02220.434838.368894.8717
21.20550.2695-0.50250.1417-0.34450.91220.01020.0486-0.07480.0248-0.0213-0.0113-0.02960.11110.01110.0752-0.00260.0120.0711-0.01820.078-8.851427.07784.7889
32.3051-0.0417-0.29040.52020.62550.90280.03770.1532-0.0685-0.04590.0419-0.0258-0.12670.1205-0.07960.0545-0.03840.01960.1183-0.00650.0649-6.448323.495148.895
40.79920.11640.20970.77870.04211.8210.05730.05830.0599-0.0142-0.05760.03460.1431-0.23620.00030.0712-0.04780.00250.1441-0.01530.010512.177966.723867.9558
50.87070.3741-0.32720.4703-0.35621.90780.0230.0020.1056-0.02580.01730.0179-0.1605-0.1176-0.04030.0639-0.00350.00250.0765-0.00390.067718.826337.276457.9432
60.918-0.12370.66640.5112-0.49650.82160.04030.01840.0593-0.0068-0.1038-0.03340.04390.11730.06350.07850.0476-0.01110.19980.0040.007838.173220.761784.1029
71.1104-0.57450.70410.3165-0.43991.7725-0.0102-0.06310.0510.01260.02330.00320.07870.1953-0.01310.04820.01680.00770.12110.01420.060137.600720.037948.309
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1079 - 1197
2X-RAY DIFFRACTION2B1079 - 1197
3X-RAY DIFFRACTION3C1080 - 1197
4X-RAY DIFFRACTION4D1084 - 1196
5X-RAY DIFFRACTION5E1084 - 1197
6X-RAY DIFFRACTION6F1079 - 1196
7X-RAY DIFFRACTION7G1085 - 1196

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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