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- PDB-6yid: Crystal structure of ULK2 in complex with SBI-0206965 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6yid
タイトルCrystal structure of ULK2 in complex with SBI-0206965
要素Serine/threonine-protein kinase ULK2
キーワードTRANSFERASE / kinase / kinase inhibitor / ULK2 / autophagy / chemical probe / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of collateral sprouting / collateral sprouting / phagophore assembly site membrane / piecemeal microautophagy of the nucleus / axon extension / phagophore assembly site / reticulophagy / response to starvation / autophagosome assembly / autophagosome ...negative regulation of collateral sprouting / collateral sprouting / phagophore assembly site membrane / piecemeal microautophagy of the nucleus / axon extension / phagophore assembly site / reticulophagy / response to starvation / autophagosome assembly / autophagosome / positive regulation of autophagy / cytoplasmic vesicle membrane / autophagy / protein autophosphorylation / non-specific serine/threonine protein kinase / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / signal transduction / ATP binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Serine/threonine-protein kinase, Ulk1/Ulk2 / : / ATG1-like, MIT domain 2 / Serine/threonine-protein kinase Atg1-like, tMIT domain / Atg1-like, MIT domain 1 / Serine/threonine-protein kinase Atg1-like / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. ...Serine/threonine-protein kinase, Ulk1/Ulk2 / : / ATG1-like, MIT domain 2 / Serine/threonine-protein kinase Atg1-like, tMIT domain / Atg1-like, MIT domain 1 / Serine/threonine-protein kinase Atg1-like / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-EDJ / Serine/threonine-protein kinase ULK2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Chaikuad, A. / Ren, H. / Bakas, N.A. / Lambert, L.J. / Cosford, N.D.P. / Knapp, S. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2020
タイトル: Design, Synthesis, and Characterization of an Orally Active Dual-Specific ULK1/2 Autophagy Inhibitor that Synergizes with the PARP Inhibitor Olaparib for the Treatment of Triple-Negative Breast Cancer.
著者: Ren, H. / Bakas, N.A. / Vamos, M. / Chaikuad, A. / Limpert, A.S. / Wimer, C.D. / Brun, S.N. / Lambert, L.J. / Tautz, L. / Celeridad, M. / Sheffler, D.J. / Knapp, S. / Shaw, R.J. / Cosford, N.D.P.
履歴
登録2020年4月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年6月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年1月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serine/threonine-protein kinase ULK2
B: Serine/threonine-protein kinase ULK2
C: Serine/threonine-protein kinase ULK2
D: Serine/threonine-protein kinase ULK2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)129,0288
ポリマ－127,0714
非ポリマー1,9574
水88349
1
A: Serine/threonine-protein kinase ULK2
B: Serine/threonine-protein kinase ULK2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,5144
ポリマ－63,5352
非ポリマー9792
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4330 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area25280 Å2
手法PISA
2
C: Serine/threonine-protein kinase ULK2
ヘテロ分子

D: Serine/threonine-protein kinase ULK2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,5144
ポリマ－63,5352
非ポリマー9792
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_565x,y+1,z1
Buried area4360 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area25390 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)75.968, 76.526, 95.244
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 97.030, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14B
24C
15B
25D
16C
26D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11SERSERGLUGLUAA0 - 2724 - 276
21SERSERGLUGLUBB0 - 2724 - 276
12SERSERLEULEUAA0 - 2714 - 275
22SERSERLEULEUCC0 - 2714 - 275
13SERSERGLYGLYAA0 - 2744 - 278
23SERSERGLYGLYDD0 - 2744 - 278
14GLYGLYGLUGLUBB-2 - 2722 - 276
24GLYGLYGLUGLUCC-2 - 2722 - 276
15SERSERGLNGLNBB0 - 2734 - 277
25SERSERGLNGLNDD0 - 2734 - 277
16SERSERLEULEUCC0 - 2714 - 275
26SERSERLEULEUDD0 - 2714 - 275

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

-
要素

#1: タンパク質
Serine/threonine-protein kinase ULK2 / Unc-51-like kinase 2


分子量: 31767.721 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ULK2, KIAA0623 / プラスミド: pNIC28-Bsa4 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): -R3-pRARE2
参照: UniProt: Q8IYT8, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物
ChemComp-EDJ / 2-({5-bromo-2-[(3,4,5-trimethoxyphenyl)amino]pyrimidin-4-yl}oxy)-N-methylbenzene-1-carboximidic acid


分子量: 489.319 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H21BrN4O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 49 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.12 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.75
詳細: 32.5% PEG 3350, 0.1M sodium citrate, pH 5.9, 0.2M MgCl2, 0.1M bis-tris, pH 5.75

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.99986 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99986 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→48.55 Å / Num. obs: 29707 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 6.1 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.075 / Rpim(I) all: 0.036 / Rrim(I) all: 0.088 / Net I/σ(I): 13.6
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
2.7-2.856.30.82743140.740.3910.99499.7
8.54-48.555.60.0329630.9990.0150.03597

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.7.1データスケーリング
REFMAC5.8.0222精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6QAV

6qav


解像度: 2.7→48.55 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.941 / SU B: 31.49 / SU ML: 0.306 / SU R Cruickshank DPI: 0.2933 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.359
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2379 1415 4.8 %RANDOM
Rwork0.1921 ---
obs0.1943 28278 99.01 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 174.39 Å2 / Biso mean: 77.216 Å2 / Biso min: 35.25 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.84 Å2-0 Å2-0.06 Å2
2--2.32 Å20 Å2
3----3.05 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.7→48.55 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8293 0 124 49 8466
Biso mean--65.1 56.53 -
残基数----1039
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0148624
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0177848
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9841.64411632
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.7811.64518326
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.7451033
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.72322.217451
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.835151517
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.4641553
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0510.21076
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0210040
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021628
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A77940.06
12B77940.06
21A79330.06
22C79330.06
31A79450.06
32D79450.06
41B78460.07
42C78460.07
51B78130.07
52D78130.07
61C79210.05
62D79210.05
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.77 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.351 102 -
Rwork0.299 2075 -
all-2177 -
obs--99.54 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.4134-0.25740.23680.47360.33131.1325-0.0112-0.0043-0.01650.144-0.0008-0.02820.1328-0.0520.0120.1962-0.0267-0.03420.03290.01480.09060.6816-1.259525.7115
20.4527-0.1141-0.22930.4090.15921.6273-0.0160.077-0.00610.1133-0.03960.0192-0.1081-0.12430.05560.19710.0022-0.00960.02590.01930.0895-10.292128.826111.3831
30.4431-0.6262-0.28041.15710.68190.5014-0.1348-0.07920.01610.20810.11070.00870.01690.04950.02410.37030.0404-0.02610.0361-0.02460.0256-5.218832.152634.7254
40.86410.61150.98570.90210.49371.2380.04520.0434-0.126-0.02650.1807-0.03420.09170.0207-0.22590.04110.0013-0.03050.2214-0.06610.134928.556233.352721.5962
51.079-0.59230.16064.0402-0.5141.52130.0320.0951-0.09570.41060.1858-0.0345-0.0950.1164-0.21780.1363-0.0036-0.0480.218-0.05990.073438.524535.121443.0513
60.2713-0.1526-0.01510.0884-0.01031.50520.00260.02560.07220.0047-0.023-0.05590.05370.0660.02040.0872-0.0905-0.00330.1403-0.05490.171835.5057-15.300911.6139
71.94980.34061.00482.0120.7372.60140.0587-0.77470.23830.1186-0.0112-0.1412-0.0165-0.2275-0.04750.1094-0.0664-0.01420.3695-0.14870.125543.7371-6.036731.7227
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A0 - 274
2X-RAY DIFFRACTION2B-3 - 165
3X-RAY DIFFRACTION3B166 - 273
4X-RAY DIFFRACTION4C-2 - 187
5X-RAY DIFFRACTION5C188 - 272
6X-RAY DIFFRACTION6D0 - 187
7X-RAY DIFFRACTION7D188 - 274

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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