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- PDB-6yi7: Structure of cathepsin B1 from Schistosoma mansoni (SmCB1) in com... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6yi7
タイトルStructure of cathepsin B1 from Schistosoma mansoni (SmCB1) in complex with an azanitrile inhibitor
要素Cathepsin B-like peptidase (C01 family)
キーワードHYDROLASE / cysteine protease / parasite / inhibitor / azanitrile
機能・相同性
機能・相同性情報


cysteine-type endopeptidase activity / proteolysis
類似検索 - 分子機能
Peptidase C1A, propeptide / Peptidase family C1 propeptide / Cysteine peptidase, asparagine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases asparagine active site. / Cysteine peptidase, histidine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases histidine active site. / : / Peptidase C1A, papain C-terminal / Papain family cysteine protease / Papain family cysteine protease ...Peptidase C1A, propeptide / Peptidase family C1 propeptide / Cysteine peptidase, asparagine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases asparagine active site. / Cysteine peptidase, histidine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases histidine active site. / : / Peptidase C1A, papain C-terminal / Papain family cysteine protease / Papain family cysteine protease / Cysteine peptidase, cysteine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases cysteine active site. / Papain-like cysteine peptidase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Chem-ORW / Cathepsin B1 isotype 1
類似検索 - 構成要素
生物種Schistosoma mansoni (マンソン住血吸虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.29 Å
データ登録者Jilkova, A. / Rezacova, P. / Pachl, P. / Fanfrlik, J. / Rubesova, P. / Guetschow, M. / Mares, M.
資金援助 チェコ, European Union, 3件
組織認可番号国
Ministry of Education, Youth and Sports of the Czech RepublicLTAUSA19109 チェコ
European Regional Development FundChemBioDrug CZ.02.1.01/0.0/0.0/16_019/0000729European Union
Czech Academy of SciencesRVO 61388963 チェコ
引用ジャーナル: Acs Infect Dis. / 年: 2021
タイトル: Azanitrile Inhibitors of the SmCB1 Protease Target Are Lethal to Schistosoma mansoni : Structural and Mechanistic Insights into Chemotype Reactivity.
著者: Jilkova, A. / Horn, M. / Fanfrlik, J. / Kuppers, J. / Pachl, P. / Rezacova, P. / Lepsik, M. / Fajtova, P. / Rubesova, P. / Chanova, M. / Caffrey, C.R. / Gutschow, M. / Mares, M.
履歴
登録2020年4月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年12月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年10月6日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_2 / pdbx_contact_author / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cathepsin B-like peptidase (C01 family)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,9594
ポリマ－28,5071
非ポリマー4523
水7,260403
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: homology
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area400 Å2
ΔGint-1 kcal/mol
Surface area11930 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)32.934, 78.965, 89.954
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Cathepsin B-like peptidase (C01 family) / Cathepsin B1 isotype 1


分子量: 28507.256 Da / 分子数: 1 / 変異: T168A, T283A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Schistosoma mansoni (マンソン住血吸虫)
遺伝子: cb1.1, Smp_103610 / プラスミド: pPICZalpha / 詳細 (発現宿主): zeocin resistance / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / Variant (発現宿主): X-33 / 参照: UniProt: Q8MNY2
#2: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#3: 化合物 ChemComp-ORW / 1-[(2~{S})-1-[[iminomethyl(methyl)amino]-methyl-amino]-4-methyl-1-oxidanylidene-pentan-2-yl]-3-(phenylmethyl)urea


分子量: 333.429 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H27N5O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 403 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.65 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.1
詳細: 180 mM ammonium acetate, 80 mM sodium citrate, 27% PEG 1 500, pH 6.1 c (protein)= 4 mg/mL ratio protein:reservoir = 1:1 cryocooled in mother liquor

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.918409 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年9月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.918409 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.29→44.98 Å / Num. obs: 58937 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 3.24 % / Biso Wilson estimate: 16.587 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.052 / Rrim(I) all: 0.062 / Χ2: 0.878 / Net I/σ(I): 13.53 / Num. measured all: 190961
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.29-1.373.2760.4042.7630630950393510.7850.48398.4
1.37-1.473.1350.3023.5327805893688700.8730.36499.3
1.47-1.583.3420.2015.4627753835183040.9460.23999.4
1.58-1.733.1680.1288.0924191770076350.9760.15499.2
1.73-1.943.3540.08213.0523433701669870.990.09799.6
1.94-2.243.180.04821.319340618360820.9960.05898.4
2.24-2.743.3410.03628.0717650530752830.9980.04399.5
2.74-3.873.1660.02438.3812868415840650.9990.02897.8
3.87-44.983.0890.02145.767291244023600.9990.02696.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0049精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3S3Q

3s3q


解像度: 1.29→44.98 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.981 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.972 / WRfactor Rfree: 0.1497 / WRfactor Rwork: 0.1141 / FOM work R set: 0.8969 / SU B: 1.697 / SU ML: 0.032 / SU R Cruickshank DPI: 0.042 / SU Rfree: 0.0427 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.042 / ESU R Free: 0.043 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1571 1147 1.9 %RANDOM
Rwork0.1206 ---
obs0.1213 57789 98.9 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 78.41 Å2 / Biso mean: 14.74 Å2 / Biso min: 5.76 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.53 Å20 Å2-0 Å2
2--0.19 Å20 Å2
3---0.34 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.29→44.98 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1998 0 32 408 2438
Biso mean--27.55 27.8 -
残基数----254
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0192167
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022000
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5521.9562938
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.87534649
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1135277
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.38623.83899
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.41515382
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.2321514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1080.2291
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0212487
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02509
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr2.99134167
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free31.025580
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded9.92754426
LS精密化 シェル解像度: 1.293→1.327 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.247 82 -
Rwork0.189 4144 -
all-4226 -
obs--97.15 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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