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- PDB-6yhn: Crystal structure of domains 4-5 of CNFy from Yersinia pseudotube... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6yhn
タイトルCrystal structure of domains 4-5 of CNFy from Yersinia pseudotuberculosis
要素Cytotoxic necrotizing factor
キーワードTOXIN / CNF / cytotoxic necrotizing factor / deamidase / RhoA modification / RhoA activation / putative ADP-ribosyltransferase
機能・相同性
機能・相同性情報


Cytotoxic necrotizing factor, Rho-activating domain / Domain of unknown function DUF4765 / Cytotoxic necrotizing factor, Rho-activating domain superfamily / Rho-activating domain of cytotoxic necrotizing factor / Domain of unknown function (DUF4765) / Domain of unknown function DUF6543 / Dermonecrotic toxin, N-terminal domain / Cytotoxic necrotizing factor-like, catalytic
類似検索 - ドメイン・相同性
(R,R)-2,3-BUTANEDIOL / Cytotoxic necrotizing factor
類似検索 - 構成要素
生物種Yersinia pseudotuberculosis (仮性結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
Model detailsStructure comprises residues 1-1014, active site cysteine 866 has been mutated to serine
データ登録者Lukat, P. / Gazdag, E.M. / Heidler, T.V. / Blankenfeldt, W.
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2021
タイトル: Crystal structure of bacterial cytotoxic necrotizing factor CNF Y reveals molecular building blocks for intoxication.
著者: Chaoprasid, P. / Lukat, P. / Muhlen, S. / Heidler, T. / Gazdag, E.M. / Dong, S. / Bi, W. / Ruter, C. / Kirchenwitz, M. / Steffen, A. / Jansch, L. / Stradal, T.E.B. / Dersch, P. / Blankenfeldt, W.
履歴
登録2020年3月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年12月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年1月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22021年2月24日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.32024年5月1日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytotoxic necrotizing factor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,21410
ポリマ－57,8491
非ポリマー3659
水6,612367
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1230 Å2
ΔGint-66 kcal/mol
Surface area20070 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.271, 90.531, 120.717
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Cytotoxic necrotizing factor


分子量: 57848.938 Da / 分子数: 1 / 断片: CNFy residues 526-1014 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Fragment of CNFy comprising residues 526-1014. Cys 866 has found to be oxidized in the structure.
由来: (組換発現) Yersinia pseudotuberculosis (仮性結核菌)
遺伝子: cnf / プラスミド: pCOLA-Duet-1
詳細 (発現宿主): pCOLA-Duet-1 has been modified with sequence encoding for N-terminal Strep-tag II and TEV protease cleavage site and C-terminal 3 x FLAG epitope
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0N9JNY6

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非ポリマー , 6種, 376分子

#2: 化合物 ChemComp-BU3 / (R,R)-2,3-BUTANEDIOL / (2R,3R)-2,3-ブタンジオ-ル


分子量: 90.121 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O2
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 367 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.88 % / Mosaicity: 0.1 °
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 0.24 M magnesium chloride, 22.5 % (w/v) PEG 2000 MME, 1 mM ATP

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→48.27 Å / Num. obs: 49960 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 32.7 % / CC1/2: 0.982 / Rmerge(I) obs: 0.257 / Rpim(I) all: 0.046 / Rrim(I) all: 0.261 / Net I/σ(I): 12.4
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
1.8-1.8419.83.5628850.8160.8153.65398.6
9-48.2729.90.0654880.9990.0120.06799.6

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XDSデータ削減
Aimless0.6.3データスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.14rc1_3177精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Corresponding fragment from the full-length toxin

解像度: 1.8→45.265 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.23
Rfactor反射数%反射
Rfree0.191 2410 4.84 %
Rwork0.1581 --
obs0.1598 49821 99.92 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 150.78 Å2 / Biso mean: 38.201 Å2 / Biso min: 12.4 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.8→45.265 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3602 0 28 367 3997
Biso mean--71.45 42.28 -
残基数----460
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork
1.8-1.83680.35461370.30342740
1.8368-1.87670.31531440.2552696
1.8767-1.92040.25441310.2242783
1.9204-1.96840.18481170.1892786
1.9684-2.02160.19351330.17252733
2.0216-2.08110.19241360.16972766
2.0811-2.14830.19861370.16152769
2.1483-2.2250.2221390.15612767
2.225-2.31410.17851380.14962773
2.3141-2.41940.19131600.14992757
2.4194-2.5470.18681300.15552795
2.547-2.70650.20711620.15242761
2.7065-2.91550.22121310.16382791
2.9155-3.20880.18871650.15862809
3.2088-3.67290.15921480.13632835
3.6729-4.62680.14811480.12432843
4.6268-45.2650.20041540.16663007
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.7809-0.20940.37741.0179-0.25060.84440.04950.1619-0.1493-0.0932-0.1535-0.09150.43870.61430.00450.28860.05090.03860.30530.03150.2648-4.9551-8.89517.439
21.0334-0.7952-0.28781.433-0.48050.9754-0.12030.109-0.2610.0965-0.01680.2840.1688-0.4688-0.00710.2213-0.0590.04630.3359-0.03290.2526-23.4596-4.704212.6971
30.5852-0.45840.42660.7708-0.41210.3399-0.0782-0.14640.11710.08820.00780.1087-0.2934-0.20610.00170.23340.0150.01340.318-0.01620.2248-19.74672.52713.6959
40.09230.10430.01870.4987-0.56152.13890.02240.004-0.11590.0396-0.08760.02290.14440.0532-0.00660.19610.00830.00870.2493-0.0110.2074-14.2059-1.46234.02
51.6713-0.36690.33021.45880.3023.425-0.0259-0.13830.07680.0271-0.04190.0887-0.13910.0342-0.01980.1507-0.0153-0.00560.1236-0.03010.179-18.115711.6676-11.5869
62.3835-0.89490.03472.58-0.02893.4672-0.08280.09310.1975-0.2333-0.09130.1943-0.5613-0.1243-0.11690.28130.0108-0.05820.1487-0.00810.209-21.240917.3919-25.574
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 524 through 562 )A524 - 562
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 563 through 621 )A563 - 621
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 622 through 654 )A622 - 654
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 655 through 733 )A655 - 733
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 734 through 908 )A734 - 908
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 909 through 1016 )A909 - 1016

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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