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万見
- PDB-6yhh: X-ray Structure of Flavobacterium johnsoniae chitobiase (FjGH20) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6yhh
タイトルX-ray Structure of Flavobacterium johnsoniae chitobiase (FjGH20)
要素Beta-N-acetylglucosaminidase-like protein Glycoside hydrolase family 20
キーワードHYDROLASE / bacterial chitin metabolism / chitin degradation / N-acetylglucosaminidase / GH20
機能・相同性
機能・相同性情報


: / beta-N-acetylhexosaminidase activity / glycosaminoglycan metabolic process / beta-N-acetylhexosaminidase / carbohydrate metabolic process / membrane
類似検索 - 分子機能
Beta-hexosaminidase / Glycoside hydrolase family 20, catalytic domain / Glycosyl hydrolase family 20, catalytic domain / Chitobiase/beta-hexosaminidase domain 2-like / Beta-hexosaminidase, bacterial type, N-terminal / Glycosyl hydrolase family 20, domain 2 / Chitobiase; domain 2 / Beta-hexosaminidase-like, domain 2 / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily ...Beta-hexosaminidase / Glycoside hydrolase family 20, catalytic domain / Glycosyl hydrolase family 20, catalytic domain / Chitobiase/beta-hexosaminidase domain 2-like / Beta-hexosaminidase, bacterial type, N-terminal / Glycosyl hydrolase family 20, domain 2 / Chitobiase; domain 2 / Beta-hexosaminidase-like, domain 2 / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
beta-N-acetylhexosaminidase
類似検索 - 構成要素
生物種Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Mazurkewich, S. / Helland, R. / MacKenzie, A. / Eijsink, V.G.H. / Pope, P.B. / Branden, G. / Larsbrink, J.
資金援助 スウェーデン, ノルウェー, 5件
組織認可番号国
Knut and Alice Wallenberg Foundation スウェーデン
Norwegian Research Council247732 ノルウェー
Norwegian Research Council214042 ノルウェー
Norwegian Research Council221568 ノルウェー
European Research Council (ERC)336355
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2020
タイトル: Structural insights of the enzymes from the chitin utilization locus of Flavobacterium johnsoniae.
著者: Mazurkewich, S. / Helland, R. / Mackenzie, A. / Eijsink, V.G.H. / Pope, P.B. / Branden, G. / Larsbrink, J.
履歴
登録2020年3月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年9月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-N-acetylglucosaminidase-like protein Glycoside hydrolase family 20
B: Beta-N-acetylglucosaminidase-like protein Glycoside hydrolase family 20
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)151,8295
ポリマ－151,4922
非ポリマー3363
水27,8151544
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5020 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area45900 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)75.986, 124.547, 151.587
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Beta-N-acetylglucosaminidase-like protein Glycoside hydrolase family 20


分子量: 75746.195 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Flavobacterium johnsoniae (strain ATCC 17061 / DSM 2064 / UW101) (バクテリア)
株: ATCC 17061 / DSM 2064 / UW101 / 遺伝子: Fjoh_4556 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A5FB64, beta-N-acetylhexosaminidase
#2: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1544 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 14% PEGMME 5K, 0.1 M Na-Malonate

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データ収集

回折平均測定温度: 120 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.918409 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年4月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.918409 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→49 Å / Num. obs: 158136 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.5 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.077 / Rpim(I) all: 0.032 / Rrim(I) all: 0.084 / Net I/σ(I): 17.2
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.7-1.734.70.443565276370.8680.2230.4963.298.4
9.31-48.165.70.024627010960.9990.0110.02650.498.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.5.8データスケーリング
REFMAC5.8.0073精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
Auto-Rickshaw位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1NOW

1now


解像度: 1.7→49 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.955 / SU B: 1.672 / SU ML: 0.055 / SU R Cruickshank DPI: 0.0838 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.084 / ESU R Free: 0.085
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.175 7814 4.9 %RANDOM
Rwork0.1427 ---
obs0.1443 150222 99.87 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 65.71 Å2 / Biso mean: 15.113 Å2 / Biso min: 6.33 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.35 Å2-0 Å20 Å2
2---1.11 Å2-0 Å2
3----0.24 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.15 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.7→49 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10208 0 22 1544 11774
Biso mean--18.24 23.91 -
残基数----1310
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.01910540
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.029906
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9451.95414329
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.952322767
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.351328
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.45224.937474
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.555151758
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.4291546
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1360.21612
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.02112041
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022397
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.744 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.241 521 -
Rwork0.196 10868 -
all-11389 -
obs--98.67 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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