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- PDB-6ygu: Crystal structure of the minimal Mtr4-Red1 complex (single chain)... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ygu
タイトルCrystal structure of the minimal Mtr4-Red1 complex (single chain) from Chaetomium thermophilum
要素
  • ATP dependent RNA helicase (Dob1)-like protein
  • Red1
キーワードRNA BINDING PROTEIN / ncRNA degradation / MTREC / nuclear exosome
機能・相同性
機能・相同性情報


exosome (RNase complex) / RNA catabolic process / RNA helicase activity / hydrolase activity / RNA binding / ATP binding / nucleus / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
NURS complex subunit red1 / rRNA-processing arch domain / Mtr4-like, beta-barrel domain / ATP-dependent RNA helicase Ski2, C-terminal / ATP-dependent RNA helicase Ski2-like / : / DSHCT (NUC185) domain / Exosome RNA helicase MTR4-like, stalk / DSHCT / : ...NURS complex subunit red1 / rRNA-processing arch domain / Mtr4-like, beta-barrel domain / ATP-dependent RNA helicase Ski2, C-terminal / ATP-dependent RNA helicase Ski2-like / : / DSHCT (NUC185) domain / Exosome RNA helicase MTR4-like, stalk / DSHCT / : / DEAD/DEAH box helicase domain / DEAD/DEAH box helicase / Helicase conserved C-terminal domain / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / ATP dependent RNA helicase (Dob1)-like protein / Zinc-finger domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Chaetomium thermophilum (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.99 Å
データ登録者Dobrev, N. / Ahmed, Y.L. / Sinning, I.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research Foundation ドイツ
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: The zinc-finger protein Red1 orchestrates MTREC submodules and binds the Mtl1 helicase arch domain.
著者: Dobrev, N. / Ahmed, Y.L. / Sivadas, A. / Soni, K. / Fischer, T. / Sinning, I.
履歴
登録2020年3月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年5月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年6月23日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ATP dependent RNA helicase (Dob1)-like protein
B: Red1
C: ATP dependent RNA helicase (Dob1)-like protein
D: Red1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,27816
ポリマ－69,5334
非ポリマー74512
水3,243180
1
A: ATP dependent RNA helicase (Dob1)-like protein
B: Red1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,38412
ポリマ－34,7662
非ポリマー61810
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: ATP dependent RNA helicase (Dob1)-like protein
D: Red1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,8944
ポリマ－34,7662
非ポリマー1272
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)44.979, 88.906, 168.367
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 2種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質 ATP dependent RNA helicase (Dob1)-like protein


分子量: 24791.264 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum (菌類) / 遺伝子: CTHT_0001850 / プラスミド: pET24d / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta2 / 参照: UniProt: G0RZ64
#2: タンパク質 Red1


分子量: 9975.139 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum (菌類) / 遺伝子: CTHT_0014920 / プラスミド: pET24d / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta2 / 参照: UniProt: G0S1V1

-
非ポリマー , 4種, 192分子

#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 180 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.41 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.2 M Magnesium Acetate 20% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 1.2741 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年2月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.2741 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.99→47.46 Å / Num. obs: 47338 / % possible obs: 99.91 % / 冗長度: 13 % / Biso Wilson estimate: 38.87 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1033 / Net I/σ(I): 13.45
反射 シェル解像度: 1.99→2.061 Å / 冗長度: 12.4 % / Rmerge(I) obs: 1.332 / Mean I/σ(I) obs: 1.55 / Num. unique obs: 4660 / % possible all: 99.79

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位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.14_3260: ???)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
SHELXDE位相決定
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.99→47.458 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.22 / 位相誤差: 29.8 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2516 4511 5.05 %
Rwork0.2045 --
obs0.2068 89392 99.9 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.99→47.458 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4479 0 42 180 4701
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0134633
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3176255
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.1173263
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.069660
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.009826
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.99-2.01260.40261630.34082819X-RAY DIFFRACTION100
2.0126-2.03630.35211330.33082873X-RAY DIFFRACTION100
2.0363-2.06110.37721630.31862795X-RAY DIFFRACTION100
2.0611-2.08720.39781420.30962803X-RAY DIFFRACTION100
2.0872-2.11470.36141710.28692829X-RAY DIFFRACTION100
2.1147-2.14370.40221750.28552833X-RAY DIFFRACTION100
2.1437-2.17430.32931480.26852784X-RAY DIFFRACTION100
2.1743-2.20670.29041230.24962842X-RAY DIFFRACTION100
2.2067-2.24120.32371550.2582858X-RAY DIFFRACTION100
2.2412-2.2780.3921640.24422812X-RAY DIFFRACTION100
2.278-2.31720.25791590.24482798X-RAY DIFFRACTION100
2.3172-2.35940.31291180.24412895X-RAY DIFFRACTION100
2.3594-2.40480.31681660.23842760X-RAY DIFFRACTION100
2.4048-2.45380.29211690.23632829X-RAY DIFFRACTION100
2.4538-2.50720.26991500.22932881X-RAY DIFFRACTION100
2.5072-2.56550.2911510.21742789X-RAY DIFFRACTION100
2.5655-2.62970.29781500.22292869X-RAY DIFFRACTION100
2.6297-2.70080.30081610.22682802X-RAY DIFFRACTION100
2.7008-2.78020.31081290.22862838X-RAY DIFFRACTION100
2.7802-2.870.2821710.22682810X-RAY DIFFRACTION100
2.87-2.97250.23791410.21962855X-RAY DIFFRACTION100
2.9725-3.09150.29091610.2242794X-RAY DIFFRACTION100
3.0915-3.23220.25771620.2192867X-RAY DIFFRACTION100
3.2322-3.40250.2421300.22672815X-RAY DIFFRACTION100
3.4025-3.61560.21531440.20472813X-RAY DIFFRACTION100
3.6156-3.89470.19831480.18452846X-RAY DIFFRACTION100
3.8947-4.28640.17091390.1642832X-RAY DIFFRACTION100
4.2864-4.90610.21231340.15472877X-RAY DIFFRACTION100
4.9061-6.1790.24981320.17552842X-RAY DIFFRACTION100
6.179-47.47120.21751590.16312821X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 10.3685 Å / Origin y: 15.5537 Å / Origin z: 107.7067 Å
111213212223313233
T0.2245 Å2-0.0358 Å2-0.0123 Å2-0.3152 Å20.0262 Å2--0.2878 Å2
L0.3009 °2-0.2976 °20.1033 °2-1.0142 °2-0.1945 °2--0.5757 °2
S0.0114 Å °-0.0913 Å °-0.0287 Å °0.0048 Å °0.0364 Å °0.0648 Å °0.0174 Å °-0.0658 Å °0.0005 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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