[English] 日本語
Yorodumi- PDB-6ygu: Crystal structure of the minimal Mtr4-Red1 complex (single chain)... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6ygu | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Crystal structure of the minimal Mtr4-Red1 complex (single chain) from Chaetomium thermophilum | ||||||
Components |
| ||||||
Keywords | RNA BINDING PROTEIN / ncRNA degradation / MTREC / nuclear exosome | ||||||
Function / homology | Function and homology information RNA catabolic process / RNA helicase activity / hydrolase activity / RNA binding / ATP binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Chaetomium thermophilum (fungus) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 1.99 Å | ||||||
Authors | Dobrev, N. / Ahmed, Y.L. / Sinning, I. | ||||||
Funding support | Germany, 1items
| ||||||
Citation | Journal: Nat Commun / Year: 2021 Title: The zinc-finger protein Red1 orchestrates MTREC submodules and binds the Mtl1 helicase arch domain. Authors: Dobrev, N. / Ahmed, Y.L. / Sivadas, A. / Soni, K. / Fischer, T. / Sinning, I. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
---|
-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6ygu.cif.gz | 244.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
---|---|---|---|---|
PDB format | pdb6ygu.ent.gz | 203.2 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6ygu.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yg/6ygu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yg/6ygu | HTTPS FTP |
---|
-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
2 |
| ||||||||
Unit cell |
|
-Components
-Protein , 2 types, 4 molecules ACBD
#1: Protein | Mass: 24791.264 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Chaetomium thermophilum (fungus) / Gene: CTHT_0001850 / Plasmid: pET24d / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Variant (production host): Rosetta2 / References: UniProt: G0RZ64 #2: Protein | Mass: 9975.139 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Chaetomium thermophilum (fungus) / Gene: CTHT_0014920 / Plasmid: pET24d / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Variant (production host): Rosetta2 / References: UniProt: G0S1V1 |
---|
-Non-polymers , 4 types, 192 molecules
#3: Chemical | #4: Chemical | ChemComp-EDO / #5: Chemical | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
---|
-Details
Has ligand of interest | Y |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 2 |
---|
-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.43 Å3/Da / Density % sol: 49.41 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 291.15 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.5 / Details: 0.2 M Magnesium Acetate 20% PEG 3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: ID29 / Wavelength: 1.2741 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 6M / Detector: PIXEL / Date: Feb 27, 2017 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.2741 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.99→47.46 Å / Num. obs: 47338 / % possible obs: 99.91 % / Redundancy: 13 % / Biso Wilson estimate: 38.87 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1033 / Net I/σ(I): 13.45 |
Reflection shell | Resolution: 1.99→2.061 Å / Redundancy: 12.4 % / Rmerge(I) obs: 1.332 / Mean I/σ(I) obs: 1.55 / Num. unique obs: 4660 / % possible all: 99.79 |
-Phasing
Phasing | Method: SAD |
---|
-Processing
Software |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 1.99→47.458 Å / SU ML: 0.25 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 0.22 / Phase error: 29.8 / Stereochemistry target values: ML
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.99→47.458 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS params. | Method: refined / Origin x: 10.3685 Å / Origin y: 15.5537 Å / Origin z: 107.7067 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS group | Selection details: all |