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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6ygc | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the NatC complex bound to Arl3 peptide and CoA | ||||||
要素 |
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キーワード | TRANSFERASE / N-terminal acetylation / NAT / GNAT / acetyltransferase / Naa30 / Naa35 / Naa38 / Mak3 / Mak10 / Mak31 | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 N-terminal methionine Nalpha-acetyltransferase NatC / NatC complex / Retrograde transport at the Trans-Golgi-Network / protein localization to organelle / peptide alpha-N-acetyltransferase activity / U6 snRNP / protein localization to Golgi apparatus / Golgi to plasma membrane protein transport / nuclear outer membrane-endoplasmic reticulum membrane network / precatalytic spliceosome ...N-terminal methionine Nalpha-acetyltransferase NatC / NatC complex / Retrograde transport at the Trans-Golgi-Network / protein localization to organelle / peptide alpha-N-acetyltransferase activity / U6 snRNP / protein localization to Golgi apparatus / Golgi to plasma membrane protein transport / nuclear outer membrane-endoplasmic reticulum membrane network / precatalytic spliceosome / U4/U6 x U5 tri-snRNP complex / response to endoplasmic reticulum stress / macroautophagy / intracellular protein transport / mRNA splicing, via spliceosome / regulation of protein localization / GTPase activity / mRNA binding / GTP binding / Golgi apparatus / nucleus / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.994 Å | ||||||
データ登録者 | Grunwald, S. / Hopf, L. / Bock-Bierbaum, T. / Lally, C.C. / Spahn, C.M.T. / Daumke, O. | ||||||
資金援助 | ドイツ, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020 タイトル: Divergent architecture of the heterotrimeric NatC complex explains N-terminal acetylation of cognate substrates. 著者: Grunwald, S. / Hopf, L.V.M. / Bock-Bierbaum, T. / Lally, C.C.M. / Spahn, C.M.T. / Daumke, O. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6ygc.cif.gz | 408 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6ygc.ent.gz | 333.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6ygc.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6ygc_validation.pdf.gz | 760.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6ygc_full_validation.pdf.gz | 766.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6ygc_validation.xml.gz | 34.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6ygc_validation.cif.gz | 46.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yg/6ygc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yg/6ygc | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-N-alpha-acetyltransferase ... , 3種, 3分子 ABC
#1: タンパク質 | 分子量: 18559.586 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: MAK3, NAA30, YPR051W, YP9499.08 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: Q03503, N-terminal methionine Nalpha-acetyltransferase NatC |
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#2: タンパク質 | 分子量: 84549.266 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: MAK10, NAA35, YEL053C / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q02197 |
#3: タンパク質 | 分子量: 8550.109 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: MAK31, NAA38, YCR020C-A, YCR20C-A / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P23059 |
-タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 D
#4: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1262.531 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q02804 |
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-非ポリマー , 5種, 71分子
#5: 化合物 | ChemComp-COA / | ||||||
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#6: 化合物 | ChemComp-CL / #7: 化合物 | ChemComp-GOL / #8: 化合物 | ChemComp-IOD / #9: 水 | ChemComp-HOH / | |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.66 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.2 詳細: 16% PEG 4000, 150 mM ammonium iodide and 100 mM sodium citrate, pH 6.2 PH範囲: 6.1 - 6.3 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年5月11日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9184 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.99→46.397 Å / Num. obs: 23309 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 4.036 % / Biso Wilson estimate: 57.24 Å2 / CC1/2: 0.991 / Rmerge(I) obs: 0.166 / Rrim(I) all: 0.191 / Χ2: 0.984 / Net I/σ(I): 8.42 / Num. measured all: 94075 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 6YGA 解像度: 2.994→46.397 Å / SU ML: 0.39 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.38
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 164.99 Å2 / Biso mean: 63.4532 Å2 / Biso min: 16.74 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.994→46.397 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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