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万見
- PDB-6yfy: Solid-state NMR structure of the D-Arg4,L10-teixobactin - Lipid I... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6yfy
タイトルSolid-state NMR structure of the D-Arg4,L10-teixobactin - Lipid II complex in lipid bilayers.
要素
  • D-Arg4,Leu10-Teixobactin
  • Lipid II
キーワードANTIBIOTIC / teixobactin Lipid II Complex antimicrobial peptide
機能・相同性D-Arg4,Leu10-Teixobactin / Lipid II / PHOSPHONATE / 3-methylbut-2-en-1-ol / polypeptide(D)
機能・相同性情報
生物種Staphylococcus simulans (バクテリア)
Eleftheria terrae (バクテリア)
手法個体NMR / torsion angle dynamics
データ登録者Weingarth, M.H. / Shukla, R.
資金援助 オランダ, 4件
組織認可番号国
Netherlands Organisation for Scientific Research (NWO)723.014.003 オランダ
Netherlands Organisation for Scientific Research (NWO)711.018.001 オランダ
Netherlands Organisation for Scientific Research (NWO)700.26.121 オランダ
Netherlands Organisation for Scientific Research (NWO)700.10.443 オランダ
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Mode of action of teixobactins in cellular membranes.
著者: Shukla, R. / Medeiros-Silva, J. / Parmar, A. / Vermeulen, B.J.A. / Das, S. / Paioni, A.L. / Jekhmane, S. / Lorent, J. / Bonvin, A.M.J.J. / Baldus, M. / Lelli, M. / Veldhuizen, E.J.A. / ...著者: Shukla, R. / Medeiros-Silva, J. / Parmar, A. / Vermeulen, B.J.A. / Das, S. / Paioni, A.L. / Jekhmane, S. / Lorent, J. / Bonvin, A.M.J.J. / Baldus, M. / Lelli, M. / Veldhuizen, E.J.A. / Breukink, E. / Singh, I. / Weingarth, M.
履歴
登録2020年3月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年6月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Author supporting evidence / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_instance_feature / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_validate_chiral / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list ..._chem_comp.name / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_validate_chiral.auth_asym_id / _pdbx_validate_chiral.auth_seq_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 3.02020年8月19日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / citation / citation_author / pdbx_entry_details / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_rmsd_bond / struct_asym / struct_conn
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.pdbx_formal_charge / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.pdbx_synonyms / _citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name / _pdbx_entry_details.compound_details / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num / _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id / _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _pdbx_validate_rmsd_bond.auth_atom_id_2 / _struct_asym.entity_id
改定 3.12021年9月15日Group: Advisory / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_validate_polymer_linkage / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 3.22023年5月17日Group: Structure summary / カテゴリ: struct / Item: _struct.title
改定 4.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection / カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id
改定 5.02024年8月7日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / database_2 ...atom_site / database_2 / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_close_contact / struct_conn
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_atom_id / _database_2.pdbx_DOI / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: D-Arg4,Leu10-Teixobactin
B: D-Arg4,Leu10-Teixobactin
E: D-Arg4,Leu10-Teixobactin
F: D-Arg4,Leu10-Teixobactin
C: Lipid II
D: Lipid II
G: Lipid II
H: Lipid II
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,61232
ポリマ－6,9528
非ポリマー3,65924
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: assay for oligomerization, Excimer Fluorescence with tagged Lipid II, microscopy, Fluorescence microscopy with tagged Lipid II
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area8730 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area5130 Å2
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)26 / 26all calculated structures submitted
代表モデルモデル #1medoid

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要素

#1: タンパク質・ペプチド
D-Arg4,Leu10-Teixobactin


タイプ: Polypeptide / クラス: 抗生剤 / 分子量: 1248.536 Da / 分子数: 4 / 変異: D-Glu4D-Arg, L-allo-End10Leu / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Eleftheria terrae (バクテリア) / 参照: D-Arg4,Leu10-Teixobactin
#2: Polypeptide(D)
Lipid II


クラス: 糖鎖要素 / 分子量: 489.542 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Staphylococcus simulans (バクテリア) / 参照: Lipid II
#3: 多糖
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-N-acetyl-alpha-muramic acid


タイプ: oligosaccharide / クラス: 糖鎖要素 / 分子量: 496.463 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 参照: Lipid II
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4MurNAc1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2122h-1a_1-5_2*NCC/3=O_3*OC^RCO/4=O/3C][a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-2/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-GlcpNAc]{[(3+1)][<C3O1>]{}[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE
#4: 化合物
ChemComp-2PO / PHOSPHONATE / ホスホン酸ジアニオン


クラス: 糖鎖要素 / 分子量: 79.980 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: HO3P / 参照: Lipid II
#5: 化合物
ChemComp-P1W / 3-methylbut-2-en-1-ol / 3-メチル-2-ブテン-1-オ-ル


クラス: 糖鎖要素 / 分子量: 86.132 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H10O / 参照: Lipid II
構成要素の詳細Lipid II is a precursor molecule in the synthesis of the cell wall of bacteria
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 個体NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111anisotropic12D NH
121anisotropic12D CC
131anisotropic12D TOBSY
141anisotropic13D HNCO
161anisotropic13D HNCA
NMR実験の詳細Text: All the structures are aligned to chains A,B,E,F of model 5. Residues 1-5 and 9-12 in chains C,D,G,H are highly flexible (no NMR restraints were applied).Alignment was performed in PyMol using ...Text: All the structures are aligned to chains A,B,E,F of model 5. Residues 1-5 and 9-12 in chains C,D,G,H are highly flexible (no NMR restraints were applied).Alignment was performed in PyMol using the alignto command, and we converted the pdb file to a cif file using the online convertor provided by wwPDB.

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試料調製

詳細タイプ: liposome
内容: 25 mM sodium chloride, 40 mM sodium phosphate, 1.6 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] D-Arg,Leu10-teixobactin, 0.8 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] Lipid II, 1.6 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] Leu10-teixobactin, ...内容: 25 mM sodium chloride, 40 mM sodium phosphate, 1.6 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] D-Arg,Leu10-teixobactin, 0.8 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] Lipid II, 1.6 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] Leu10-teixobactin, 40mM Phosphate 25mM NaCl
Label: 13C15N_TeixoLII / 溶媒系: 40mM Phosphate 25mM NaCl
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
25 mMsodium chloridenone1
40 mMsodium phosphatenone1
1.6 mMD-Arg,Leu10-teixobactin[U-99% 13C; U-99% 15N]1
0.8 mMLipid II[U-99% 13C; U-99% 15N]1
1.6 mMLeu10-teixobactin[U-99% 13C; U-99% 15N]1
試料状態イオン強度: 40 mM / Label: NMR Buffer / pH: 7 / PH err: 0.2 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K / Temperature err: 0.5

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III9501
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III7002
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III8003
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III5004

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解析

NMR software
名称開発者分類
CNSBrunger A. T. et.al.精密化
HADDOCKBonvinstructure calculation
SparkyGoddardchemical shift assignment
TopSpinBruker Biospinpeak picking
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 2
代表構造選択基準: medoid
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: all calculated structures submitted
計算したコンフォーマーの数: 26 / 登録したコンフォーマーの数: 26

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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