PDB-6yfx: TGT Y330F mutant crystallised at pH 5.5

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6yfx

タイトル

TGT Y330F mutant crystallised at pH 5.5

要素

Queuine tRNA-ribosyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / TGT / TRNA-GUANINE TRANSGLYCOSYLASE / GUANINE INSERTION ENZYME

機能・相同性

機能・相同性情報

tRNA-guanosine34 preQ1 transglycosylase / tRNA-guanosine(34) queuine transglycosylase activity / tRNA-guanine transglycosylation / queuosine biosynthetic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Zymomonas mobilis subsp. mobilis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.38 Å

データ登録者

Nguyen, A. / Heine, A. / Klebe, G.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Mutation study on tRNA-guanine transglycosylase for catalysis Testing
著者: Nguyen, A. / Heine, A. / Klebe, G.

履歴

登録	2020年3月26日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年4月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6yfx.cif.gz	255.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6yfx.ent.gz	171.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6yfx.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6yfx_validation.pdf.gz	428.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6yfx_full_validation.pdf.gz	429.7 KB	表示
XML形式データ	6yfx_validation.xml.gz	17 KB	表示
CIF形式データ	6yfx_validation.cif.gz	25.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yf/6yfx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yf/6yfx	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6yfwC 6ygkC 1pudS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6ygm-1 6ygx-1 1wke-2 5lpo-1 3hfy-1 5lps-1 1efz-1 1ozq-1 5v3c-1 5i02-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Queuine tRNA-ribosyltransferase

ヘテロ分子

43.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Queuine tRNA-ribosyltransferase

ヘテロ分子

A: Queuine tRNA-ribosyltransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
86.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	84.575, 65.066, 71.404
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 93.712, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121
Space group name Hall	C2y
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y,-z #3: x+1/2,y+1/2,z #4: -x+1/2,y+1/2,-z

#1: タンパク質	Queuine tRNA-ribosyltransferase / Guanine insertion enzyme / tRNA-guanine transglycosylase 分子量: 43053.828 Da / 分子数: 1 / 変異: T312K / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Zymomonas mobilis subsp. mobilis (strain ATCC 31821 / ZM4 / CP4) (バクテリア) 株: ATCC 31821 / ZM4 / CP4 / 遺伝子: tgt, ZMO0363 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P28720, tRNA-guanosine34 preQ1 transglycosylase
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 279 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.28 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.98 %
結晶化	温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 100 mM MES pH 5.5, 0.5 mM DTT, 10% (v/v) DMSO, 13% (m/v) PEG8000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年4月12日
放射	モノクロメーター: DCM Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.38→42.56 Å / Num. obs: 79276 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 4.3 % / B_iso Wilson estimate: 15.69 Å² / CC_1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 14.87
反射シェル	解像度: 1.38→1.46 Å / Num. unique obs: 12689 / CC_1/2: 0.85

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Coot		モデル構築
PHENIX	1.16_3549	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1PUD

1pud

解像度: 1.38→42.56 Å / SU ML: 0.1222 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 15.2516

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1631	3963	5 %
R_work	0.1407	-	-
obs	0.1418	79270	98.86 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 21.47 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.38→42.56 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2672	0	7	279	2958

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0069	2861
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.9247	3882
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0701	407
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0061	528
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	23.5134	1043

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.38-1.39	0.2469	135	0.2064	2578	X-RAY DIFFRACTION	96.31
1.39-1.41	0.2512	144	0.1929	2720	X-RAY DIFFRACTION	99.17
1.41-1.43	0.2054	141	0.1828	2676	X-RAY DIFFRACTION	99.33
1.43-1.45	0.2005	141	0.1822	2688	X-RAY DIFFRACTION	98.88
1.45-1.47	0.2086	139	0.168	2645	X-RAY DIFFRACTION	99.15
1.47-1.49	0.1894	143	0.1504	2717	X-RAY DIFFRACTION	98.76
1.49-1.51	0.1951	139	0.1478	2641	X-RAY DIFFRACTION	98.65
1.51-1.54	0.1836	139	0.1436	2634	X-RAY DIFFRACTION	97.33
1.54-1.56	0.189	144	0.1286	2731	X-RAY DIFFRACTION	99.1
1.56-1.59	0.1368	139	0.1237	2657	X-RAY DIFFRACTION	99.29
1.59-1.62	0.1401	142	0.1195	2697	X-RAY DIFFRACTION	99.27
1.62-1.66	0.1669	141	0.1212	2678	X-RAY DIFFRACTION	99.19
1.66-1.69	0.1715	142	0.1223	2683	X-RAY DIFFRACTION	99.33
1.69-1.73	0.1651	143	0.1204	2720	X-RAY DIFFRACTION	99.51
1.73-1.78	0.1468	142	0.1191	2713	X-RAY DIFFRACTION	99.65
1.78-1.82	0.155	142	0.1204	2688	X-RAY DIFFRACTION	98.88
1.82-1.88	0.1523	140	0.1235	2657	X-RAY DIFFRACTION	98.42
1.88-1.94	0.1333	140	0.1233	2665	X-RAY DIFFRACTION	97.94
1.94-2.01	0.1556	142	0.1237	2688	X-RAY DIFFRACTION	99.44
2.01-2.09	0.1525	143	0.1218	2722	X-RAY DIFFRACTION	99.58
2.09-2.18	0.1113	143	0.1201	2712	X-RAY DIFFRACTION	99.48
2.18-2.3	0.1618	143	0.1268	2722	X-RAY DIFFRACTION	99.51
2.3-2.44	0.1605	142	0.1271	2703	X-RAY DIFFRACTION	99.55
2.44-2.63	0.1522	142	0.1357	2698	X-RAY DIFFRACTION	98.37
2.63-2.9	0.1482	140	0.1424	2656	X-RAY DIFFRACTION	97.63
2.9-3.31	0.1611	144	0.1397	2738	X-RAY DIFFRACTION	99.65
3.31-4.17	0.1617	144	0.1435	2732	X-RAY DIFFRACTION	99.07
4.17-42.56	0.1969	144	0.1818	2748	X-RAY DIFFRACTION	97.77

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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