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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6yfr | ||||||
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タイトル | Virus-like particle of bacteriophage NT-391 | ||||||
![]() | coat protein | ||||||
![]() | VIRUS LIKE PARTICLE / virus / virus-like particle / structural protein | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Rumnieks, J. / Kalnins, G. / Sisovs, M. / Lieknina, I. / Tars, K. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Three-dimensional structure of 22 uncultured ssRNA bacteriophages: Flexibility of the coat protein fold and variations in particle shapes. 著者: Rumnieks, J. / Lieknina, I. / Kalnins, G. / Sisovs, M. / Akopjana, I. / Bogans, J. / Tars, K. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 1.3 MB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 表示 | ![]() | |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 809.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 858.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 220.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 229 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 6yf7C ![]() 6yf9C ![]() 6yfaC ![]() 6yfbC ![]() 6yfcC ![]() 6yfdC ![]() 6yfeC ![]() 6yffC ![]() 6yfgC ![]() 6yfhC ![]() 6yfiC ![]() 6yfjC ![]() 6yfkC ![]() 6yflC ![]() 6yfmC ![]() 6yfnC ![]() 6yfoC ![]() 6yfpC ![]() 6yfqC ![]() 6yfsC ![]() 6yftC ![]() 6yfuC ![]() 2ms2S C: 同じ文献を引用 ( S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13401.212 Da / 分子数: 60 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 72.05 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 34% MPD, 0.1 M sodium nitrate, 0.1M sodium acetate pH 4.6 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年1月24日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: DCM Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9184 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.6→51.88 Å / Num. all: 294001 / Num. obs: 294001 / % possible obs: 69.7 % / 冗長度: 2.3 % / Rpim(I) all: 0.178 / Rrim(I) all: 0.3 / Rsym value: 0.239 / Net I/av σ(I): 2.5 / Net I/σ(I): 2.5 / Num. measured all: 690098 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 2ms2 解像度: 2.6→51.88 Å / SU ML: 0.51 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 38.71
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 155.01 Å2 / Biso mean: 50.2534 Å2 / Biso min: 15.56 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.6→51.88 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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