+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6yfh | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Virus-like particle of bacteriophage EMS014 | ||||||
Components | coat protein | ||||||
Keywords | VIRUS LIKE PARTICLE / virus / virus-like particle / structural protein | ||||||
Biological species | Leviviridae sp. (virus) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3.893 Å | ||||||
Authors | Rumnieks, J. / Kalnins, G. / Sisovs, M. / Lieknina, I. / Tars, K. | ||||||
Funding support | Latvia, 1items
| ||||||
Citation | Journal: Sci Adv / Year: 2020 Title: Three-dimensional structure of 22 uncultured ssRNA bacteriophages: Flexibility of the coat protein fold and variations in particle shapes. Authors: Rumnieks, J. / Lieknina, I. / Kalnins, G. / Sisovs, M. / Akopjana, I. / Bogans, J. / Tars, K. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
---|
-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6yfh.cif.gz | 2.4 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
---|---|---|---|---|
PDB format | pdb6yfh.ent.gz | Display | PDB format | |
PDBx/mmJSON format | 6yfh.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6yfh_validation.pdf.gz | 805.3 KB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 6yfh_full_validation.pdf.gz | 907.8 KB | Display | |
Data in XML | 6yfh_validation.xml.gz | 441.9 KB | Display | |
Data in CIF | 6yfh_validation.cif.gz | 589.9 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yf/6yfh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yf/6yfh | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 6yf7C 6yf9C 6yfaC 6yfbC 6yfcC 6yfdC 6yfeC 6yffC 6yfgC 6yfiC 6yfjC 6yfkC 6yflC 6yfmC 6yfnC 6yfoC 6yfpC 6yfqC 6yfrC 6yfsC 6yftC 6yfuC 2ms2S C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
---|---|
Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
Unit cell |
|
-Components
#1: Protein | Mass: 16550.891 Da / Num. of mol.: 90 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Leviviridae sp. (virus) / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
---|
-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 6.57 Å3/Da / Density % sol: 81.28 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7 Details: 0.55 M sodium malonate, 0.25% Jeffamine ED-2003, 0.05 M HEPES pH 7.0 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: BESSY / Beamline: 14.1 / Wavelength: 0.9184 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 S 6M / Detector: PIXEL / Date: May 9, 2018 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: DCM Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9184 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 3.89→49.41 Å / Num. obs: 351942 / % possible obs: 99.1 % / Redundancy: 4.609 % / Biso Wilson estimate: 76.728 Å2 / CC1/2: 0.836 / Rmerge(I) obs: 0.859 / Rrim(I) all: 0.968 / Χ2: 0.769 / Net I/σ(I): 2.26 / Num. measured all: 1622019 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
|
-Processing
Software |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 2ms2 Resolution: 3.893→49.357 Å / SU ML: 0.64 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / Phase error: 28.38
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 361.14 Å2 / Biso mean: 111.969 Å2 / Biso min: 14.45 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 3.893→49.357 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
|