PDB-6yf6: EclA C-terminal domain; sugar-binding protein

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6yf6

タイトル

EclA C-terminal domain; sugar-binding protein

要素

Galactose-binding lectin

キーワード

SUGAR BINDING PROTEIN / EclA C-terminal domain

機能・相同性

PA-IL-like / PA-IL-like protein / Galactose-binding-like domain superfamily / metal ion binding / PHOSPHATE ION / methyl 1-seleno-alpha-L-fucopyranoside / CBM-cenC domain-containing protein

機能・相同性情報

生物種

Enterobacter cloacae subsp. cloacae (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Koehnke, J. / Sikandar, A.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: EclA C-terminal domain; sugar-binding protein
著者: Koehnke, J. / Sikandar, A.

履歴

登録	2020年3月26日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年4月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年5月15日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6yf6.cif.gz	214.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6yf6.ent.gz	145.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6yf6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6yf6_validation.pdf.gz	464.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6yf6_full_validation.pdf.gz	464.6 KB	表示
XML形式データ	6yf6_validation.xml.gz	14.8 KB	表示
CIF形式データ	6yf6_validation.cif.gz	20.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yf/6yf6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yf/6yf6	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6pco-1 6f0d-d 5cx3-2 6c9t-d 4ddc-d 2fu5-2 3qe8-d 1l5t-1 5cwv-1 2x8a-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Galactose-binding lectin

B: Galactose-binding lectin

ヘテロ分子

32.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	38.512, 63.671, 134.009
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

#1: タンパク質	Galactose-binding lectin 分子量: 15930.045 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Enterobacter cloacae subsp. cloacae (strain ATCC 13047 / DSM 30054 / NBRC 13535 / NCDC 279-56) (バクテリア) 遺伝子: ECL_04191 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0H3CQ33
#2: 糖	ChemComp-SFU / methyl 1-seleno-alpha-L-fucopyranoside / METHYL 6-DEOXY-1-SELENO-ALPHA-L-GALACTOPYRANOSIDE / methyl 1-seleno-alpha-L-fucoside / methyl 1-seleno-L-fucoside / methyl 1-seleno-fucoside / 1-(メチルセレノ)-1,6-ジデオキシ-α-L-ガラクトピラノ-スタイプ: L-saccharide / 分子量: 241.144 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₁₄O₄Se
#3: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: Ca
#4: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 240 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.63 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.24 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法詳細: 100-280 mM disodium phosphate, 16-22% (w/v) PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-3 / 波長: 0.9677 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年8月24日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9677 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→46.16 Å / Num. obs: 22990 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 25.6 % / B_iso Wilson estimate: 22.19 Å² / CC_1/2: 1 / Net I/σ(I): 35.6
反射シェル	解像度: 2→2.05 Å / Num. unique obs: 1594 / CC_1/2: 0.994

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Aimless	1.16_3549	精密化
PHENIX	1.16_3549	精密化
xia2		データ削減
Aimless		データスケーリング
AutoSol		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2→36.57 Å / SU ML: 0.1801 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 28.7532

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2371	1131	4.94 %
R_work	0.1901	-	-
obs	0.1923	22899	99.34 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 39.17 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→36.57 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2200	0	31	240	2471

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0033	2275
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.6056	3080
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0466	345
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0031	387
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	2.8887	1336

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2-2.09	0.2792	134	0.235	2588	X-RAY DIFFRACTION	97.04
2.09-2.2	0.2734	143	0.2082	2694	X-RAY DIFFRACTION	99.79
2.2-2.34	0.2521	155	0.2054	2655	X-RAY DIFFRACTION	99.86
2.34-2.52	0.2461	130	0.2055	2722	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.52-2.77	0.316	155	0.2139	2724	X-RAY DIFFRACTION	99.86
2.77-3.17	0.258	150	0.2021	2710	X-RAY DIFFRACTION	99.76
3.17-4	0.1792	121	0.1726	2751	X-RAY DIFFRACTION	98.49
4-36.57	0.21	143	0.1679	2924	X-RAY DIFFRACTION	99.9

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.55524374299	-0.176195036227	0.0441175640481	0.17772050118	-1.03254079539	6.70825015261	0.235852066923	0.0462058347093	-0.37955227961	1.34931177066	-0.11204028348	0.174054768481	0.243817045123	-0.0455827162303	-0.250512301796	0.818402729811	-0.0155119692812	0.0975168965066	0.206717248374	0.0830102863545	0.320323915663	-9.22126329301	34.7192642474	-15.7718356896
2	0.283968936001	-0.356218867756	0.226667382089	1.02040161844	-1.20104470291	1.36261921664	-0.0238264950857	-0.0579428555817	0.0174055411196	0.0257022980143	0.0440346958359	0.0494383685721	-0.0690099013405	0.0018818206231	-0.0361271071259	0.255069405345	-0.0250832876695	-0.00359259815391	0.226971920434	-0.011607436164	0.217417836238	4.45378142574	23.2553895091	-20.6039149962
3	8.52283359784	0.492473404261	7.42062983422	2.1040573293	-0.307257740794	7.93119225409	0.254516355805	-0.0358146126677	-0.225309048224	0.164966636622	-0.0701061275812	0.194672959815	0.442355287158	-0.0482548956446	-0.228328310114	0.201275636336	0.0268107857508	0.0650735895997	0.173136841298	-0.00855550973339	0.164786751348	1.93590744647	14.0619381897	-14.3395764219
4	2.25271852815	1.01998838999	2.60424384157	1.82621454292	0.827689596909	7.02918779648	0.109719088316	-0.124598640097	-0.0205367536203	0.170871375894	-0.055265896742	0.0942930416959	0.155603135482	-0.191076488963	-0.0501279365504	0.189346644694	0.018985027251	0.042994337031	0.168453499175	-0.00554305171429	0.170049118159	3.31976626897	15.815879866	-14.5471447705
5	7.39911427686	0.604617262148	3.89372717091	0.952878456056	-0.747054816784	5.16933250693	-0.317804553504	0.308796094134	0.338580208532	0.22116725371	-0.0725184262948	-0.0169418384584	-1.08430249404	0.537937471611	0.356783246946	0.32836729327	-0.0628953558503	0.00519753731065	0.212286470873	0.0153919163889	0.224405737508	14.4798433105	24.6764397954	-17.2807430614
6	0.684993309491	-1.54561638809	-0.112265530764	6.57983409013	-0.415378446641	0.693393043262	-0.0760710428281	-0.00848526855865	0.0702080302093	0.335098281226	0.0584078939036	-0.0559908466794	-0.233973719365	0.0639486525572	0.00324985866839	0.318038391829	-0.0276263901222	-0.0382227598013	0.206023681976	-0.00209318823971	0.159419140668	2.23436712521	33.1911957458	-26.5852985456
7	0.594998106629	-0.23351311767	0.0304861937249	0.278372007754	0.0110675381049	3.42704391536	0.192049490567	-0.126093450512	-0.0164512219565	1.58643991284	-0.0182079046057	-0.360950122152	-0.278982862888	0.0741181186199	-0.0432019096488	1.18452807874	-0.0715788804527	-0.0537701632372	0.306201253733	0.00183381348818	0.286982326834	0.94030648653	45.3595002477	-13.4901871475
8	6.20428698799	-2.7750501346	-6.12665247455	1.35471402469	3.22255907739	8.04686322173	-0.0419154519815	-0.650600125908	0.0600431942884	1.23908492197	0.0837826432388	-0.0897722198616	-0.0549443257247	0.583615362403	-0.126690507469	1.31265020257	-0.170538915269	-0.156316803265	0.410491082896	0.0130955172769	0.418945245799	1.99801156667	42.1097297245	-5.83973373115
9	0.667982834089	0.0327086145614	-0.507662852744	0.159638614677	-0.648696706418	4.69542028642	0.155890689264	-0.177719529319	-0.0587815347914	1.29468339638	-0.0186458501146	-0.0474242020676	-0.15582690443	-0.0564508280611	-0.0513571455926	1.00173368533	-0.0390937898409	-0.0145883897016	0.276804156149	0.0344085097325	0.262459752321	-2.54780330925	45.756055211	-15.0948022309

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 144 through 158 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 159 through 203 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 204 through 232 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 233 through 283 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 143 through 158 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 159 through 188 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 189 through 244 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 245 through 252 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 253 through 283 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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