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- PDB-6ydx: Insulin-regulated aminopeptidase complexed with a macrocyclic pep... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ydx
タイトルInsulin-regulated aminopeptidase complexed with a macrocyclic peptidic inhibitor
要素Leucyl-cystinyl aminopeptidase
キーワードHYDROLASE / Aminopeptidase / Antigen presentation / Complex / IRAP
機能・相同性
機能・相同性情報


cystinyl aminopeptidase / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class I, TAP-independent / negative regulation of cold-induced thermogenesis / peptide catabolic process / metalloaminopeptidase activity / aminopeptidase activity / early endosome lumen / Translocation of SLC2A4 (GLUT4) to the plasma membrane / female pregnancy / Endosomal/Vacuolar pathway ...cystinyl aminopeptidase / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class I, TAP-independent / negative regulation of cold-induced thermogenesis / peptide catabolic process / metalloaminopeptidase activity / aminopeptidase activity / early endosome lumen / Translocation of SLC2A4 (GLUT4) to the plasma membrane / female pregnancy / Endosomal/Vacuolar pathway / peptide binding / protein catabolic process / cytoplasmic vesicle membrane / regulation of blood pressure / protein polyubiquitination / metallopeptidase activity / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / cell-cell signaling / lysosomal membrane / perinuclear region of cytoplasm / signal transduction / proteolysis / extracellular space / zinc ion binding / membrane / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Aminopeptidase N-type / ERAP1-like C-terminal domain / ERAP1-like C-terminal domain / Aminopeptidase N-like , N-terminal domain / Peptidase M1, alanine aminopeptidase/leukotriene A4 hydrolase / Peptidase M1, membrane alanine aminopeptidase / Peptidase family M1 domain / Peptidase M1 N-terminal domain / Aminopeptidase N-like , N-terminal domain superfamliy / Peptidase M4/M1, CTD superfamily / Neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding region signature.
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-ONN / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL / PHOSPHATE ION / SUCCINIC ACID / Leucyl-cystinyl aminopeptidase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Mpakali, A. / Saridakis, E. / Giastas, P. / Stratikos, E.
資金援助European Union, ギリシャ, 2件
組織認可番号国
European CommissioniNEXT 5589European Union
General Secretariat for Research and Technology (GSRT)INSPIRED MIS 5002550 ギリシャ
引用ジャーナル: Acs Med.Chem.Lett. / 年: 2020
タイトル: Structural Basis of Inhibition of Insulin-Regulated Aminopeptidase by a Macrocyclic Peptidic Inhibitor.
著者: Mpakali, A. / Saridakis, E. / Giastas, P. / Maben, Z. / Stern, L.J. / Larhed, M. / Hallberg, M. / Stratikos, E.
履歴
登録2020年3月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年7月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / citation / citation_author / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_alt_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.pdbx_formal_charge / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_alt_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _atom_site_anisotrop.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Leucyl-cystinyl aminopeptidase
B: Leucyl-cystinyl aminopeptidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)216,16933
ポリマ－208,4352
非ポリマー7,73331
水50428
1
A: Leucyl-cystinyl aminopeptidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)108,49118
ポリマ－104,2181
非ポリマー4,27317
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Leucyl-cystinyl aminopeptidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)107,67815
ポリマ－104,2181
非ポリマー3,46014
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)73.419, 118.631, 141.389
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 102.767, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111(chain 'A' and ((resid 159 and (name N or name...A159 - 175
121(chain 'A' and ((resid 159 and (name N or name...A177 - 335
131(chain 'A' and ((resid 159 and (name N or name...A342 - 406
141(chain 'A' and ((resid 159 and (name N or name...A408 - 598
151(chain 'A' and ((resid 159 and (name N or name...A602 - 636
161(chain 'A' and ((resid 159 and (name N or name...A650 - 968
171(chain 'A' and ((resid 159 and (name N or name...A971 - 981
181(chain 'A' and ((resid 159 and (name N or name...A983 - 1025
191(chain 'A' and ((resid 159 and (name N or name...A1119 - 1120
1101(chain 'A' and ((resid 159 and (name N or name...A1125 - 1126
1111(chain 'A' and ((resid 159 and (name N or name...A1132
1121(chain 'A' and ((resid 159 and (name N or name...A1141
1131(chain 'A' and ((resid 159 and (name N or name...A1143
1141(chain 'A' and ((resid 159 and (name N or name...A1145
1151(chain 'A' and ((resid 159 and (name N or name...A1303
1161(chain 'A' and ((resid 159 and (name N or name...A1402
2171(chain 'B' and (resid 159 through 175 or resid 177...B159 - 175
2181(chain 'B' and (resid 159 through 175 or resid 177...B177 - 335
2191(chain 'B' and (resid 159 through 175 or resid 177...B342 - 406
2201(chain 'B' and (resid 159 through 175 or resid 177...B408 - 598
2211(chain 'B' and (resid 159 through 175 or resid 177...B602 - 636
2221(chain 'B' and (resid 159 through 175 or resid 177...B650 - 968
2231(chain 'B' and (resid 159 through 175 or resid 177...B971 - 981
2241(chain 'B' and (resid 159 through 175 or resid 177...B983 - 1025
2251(chain 'B' and (resid 159 through 175 or resid 177...B1117
2261(chain 'B' and (resid 159 through 175 or resid 177...B1119
2271(chain 'B' and (resid 159 through 175 or resid 177...B1121
2281(chain 'B' and (resid 159 through 175 or resid 177...B1136
2291(chain 'B' and (resid 159 through 175 or resid 177...B1140 - 1141
2301(chain 'B' and (resid 159 through 175 or resid 177...B1143
2311(chain 'B' and (resid 159 through 175 or resid 177...B1145 - 1146
2321(chain 'B' and (resid 159 through 175 or resid 177...B1403

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Leucyl-cystinyl aminopeptidase / Cystinyl aminopeptidase / Insulin-regulated membrane aminopeptidase / Insulin-responsive ...Cystinyl aminopeptidase / Insulin-regulated membrane aminopeptidase / Insulin-responsive aminopeptidase / IRAP / Oxytocinase / OTase / Placental leucine aminopeptidase / P-LAP


分子量: 104217.711 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LNPEP, OTASE / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9UIQ6, cystinyl aminopeptidase

-
糖 , 3種, 17分子

#2: 多糖
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#6: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 9種, 42分子

#4: 化合物 ChemComp-ONN / 2-[2-[[[(4~{R},8~{S},11~{S})-11-azanyl-8-[(4-hydroxyphenyl)methyl]-6,10-bis(oxidanylidene)-1,2-dithia-5,9-diazacyclotridec-4-yl]carbonylamino]methyl]phenyl]ethanoic acid


分子量: 560.685 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C26H32N4O6S2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: Zn
#7: 化合物 ChemComp-SIN / SUCCINIC ACID / コハク酸


分子量: 118.088 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O4
#8: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#9: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C6H14O4
#10: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#11: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: PO4
#12: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#13: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 28 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.31 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5
詳細: PEG 1500, SPG (succinic acid, phosphate, glycine) buffer

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.976 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年6月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.01→45.96 Å / Num. obs: 45866 / % possible obs: 69.74 % / 冗長度: 3 % / Biso Wilson estimate: 53.44 Å2 / CC1/2: 0.977 / CC star: 0.994 / Net I/σ(I): 3.55
反射 シェル解像度: 3.011→3.118 Å / Mean I/σ(I) obs: 0.43 / Num. unique obs: 240 / CC1/2: 0.153 / CC star: 0.515

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5MJ6

5mj6


解像度: 3.2→45.96 Å / SU ML: 0.5034 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 32.9965
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3142 1563 4.89 %
Rwork0.2769 30400 -
obs0.2774 31963 81.7 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 38.41 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→45.96 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13669 0 499 28 14196
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.008314604
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.328219806
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.08962287
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01032438
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.59655195
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.2-3.30.3816800.32441425X-RAY DIFFRACTION42.8
3.3-3.420.3396920.30721909X-RAY DIFFRACTION56.96
3.42-3.560.31741260.30392215X-RAY DIFFRACTION66.07
3.56-3.720.30191470.28972542X-RAY DIFFRACTION75.96
3.72-3.920.31011470.28472815X-RAY DIFFRACTION83.23
3.92-4.160.30831130.26733068X-RAY DIFFRACTION90.16
4.16-4.480.29741600.25333229X-RAY DIFFRACTION95.04
4.48-4.930.31022030.24393269X-RAY DIFFRACTION97.67
4.93-5.650.30641670.26443341X-RAY DIFFRACTION97.82
5.65-7.110.33821810.29133279X-RAY DIFFRACTION97.38
7.11-45.960.29811470.28223308X-RAY DIFFRACTION94.66

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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