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万見
- PDB-6ydu: XFEL structure of the Soluble methane monooxygenase hydroxylase a... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ydu
タイトルXFEL structure of the Soluble methane monooxygenase hydroxylase and regulatory subunit complex, from Methylosinus trichosporium OB3b, reoxidized diferric state, 10s O2 exposure.
要素
  • (Methane monooxygenase ...) x 2
  • (Methane monooxygenase) x 2
キーワードOXIDOREDUCTASE / Ferritin superfamily / Soluble methane monooxygenase / Di-iron oxygen activation / Substrate oxidation.
機能・相同性
機能・相同性情報


methane metabolic process / methane monooxygenase (soluble) / methane monooxygenase [NAD(P)H] activity / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen, NAD(P)H as one donor, and incorporation of one atom of oxygen / one-carbon metabolic process / monooxygenase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Monooxygenase component MmoB/DmpM / Monooxygenase component MmoB/DmpM superfamily / MmoB/DmpM family / Methane monooxygenase, gamma chain / Methane monooxygenase, gamma chain, domain 1 / Methane monooxygenase, gamma chain, domain 2 / Methane monooxygenase, gamma chain superfamily / : / : ...: / Monooxygenase component MmoB/DmpM / Monooxygenase component MmoB/DmpM superfamily / MmoB/DmpM family / Methane monooxygenase, gamma chain / Methane monooxygenase, gamma chain, domain 1 / Methane monooxygenase, gamma chain, domain 2 / Methane monooxygenase, gamma chain superfamily / : / : / Methane monooxygenase, hydrolase gamma chain / Methane/phenol monooxygenase, hydroxylase component / Propane/methane/phenol/toluene hydroxylase / Methane/Phenol/Alkene Hydroxylase / Ribonucleotide reductase-like / Ferritin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Methane monooxygenase / Methane monooxygenase / Methane monooxygenase / Methane monooxygenase component A alpha chain / Methane monooxygenase regulatory protein B
類似検索 - 構成要素
生物種Methylosinus trichosporium OB3b (バクテリア)
手法X線回折 / 自由電子レーザー / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Srinivas, V. / Hogbom, M.
資金援助 スウェーデン, 米国, 英国, 15件
組織認可番号国
Swedish Research Council2017-04018 スウェーデン
European Research Council (ERC)HIGH-GEAR 724394 スウェーデン
Knut and Alice Wallenberg Foundation2012.0233 スウェーデン
Knut and Alice Wallenberg Foundation2017.0275 スウェーデン
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM118030 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM08347 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM133081 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM117126 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM110501 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM126289 米国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)102593 英国
Wellcome Trust210734/Z/18/Z 英国
Royal SocietyRSWF-R2-182017 英国
Department of Energy (DOE, United States)DOE BES DE-AC02-05CH11231 米国
Department of Energy (DOE, United States)DOE BES DE-AC02-76SF00515 米国
引用ジャーナル: J. Am. Chem. Soc. / 年: 2020
タイトル: High-Resolution XFEL Structure of the Soluble Methane Monooxygenase Hydroxylase Complex with its Regulatory Component at Ambient Temperature in Two Oxidation States.
著者: Srinivas, V. / Banerjee, R. / Lebrette, H. / Jones, J.C. / Aurelius, O. / Kim, I.S. / Pham, C.C. / Gul, S. / Sutherlin, K.D. / Bhowmick, A. / John, J. / Bozkurt, E. / Fransson, T. / Aller, P. ...著者: Srinivas, V. / Banerjee, R. / Lebrette, H. / Jones, J.C. / Aurelius, O. / Kim, I.S. / Pham, C.C. / Gul, S. / Sutherlin, K.D. / Bhowmick, A. / John, J. / Bozkurt, E. / Fransson, T. / Aller, P. / Butryn, A. / Bogacz, I. / Simon, P. / Keable, S. / Britz, A. / Tono, K. / Kim, K.S. / Park, S.Y. / Lee, S.J. / Park, J. / Alonso-Mori, R. / Fuller, F.D. / Batyuk, A. / Brewster, A.S. / Bergmann, U. / Sauter, N.K. / Orville, A.M. / Yachandra, V.K. / Yano, J. / Lipscomb, J.D. / Kern, J. / Hogbom, M.
履歴
登録2020年3月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年9月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Methane monooxygenase
D: Methane monooxygenase component A alpha chain
F: Methane monooxygenase
G: Methane monooxygenase regulatory protein B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)139,8727
ポリマ－139,6684
非ポリマー2043
水8,431468
1
B: Methane monooxygenase
D: Methane monooxygenase component A alpha chain
F: Methane monooxygenase
G: Methane monooxygenase regulatory protein B
ヘテロ分子

B: Methane monooxygenase
D: Methane monooxygenase component A alpha chain
F: Methane monooxygenase
G: Methane monooxygenase regulatory protein B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)279,74314
ポリマ－279,3368
非ポリマー4086
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_645y+1,x-1,-z1
Buried area56320 Å2
ΔGint-274 kcal/mol
Surface area65880 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)106.922, 106.922, 304.082
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-620-

HOH

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 BF

#1: タンパク質 Methane monooxygenase


分子量: 45295.340 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Methylosinus trichosporium OB3b (バクテリア)
参照: UniProt: A0A2D2D5X7
#3: タンパク質 Methane monooxygenase


分子量: 19444.400 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Methylosinus trichosporium OB3b (バクテリア)
参照: UniProt: A0A1A6FHH2, UniProt: A0A2D2D0T0*PLUS

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Methane monooxygenase ... , 2種, 2分子 DG

#2: タンパク質 Methane monooxygenase component A alpha chain / Methane hydroxylase


分子量: 60031.293 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Methylosinus trichosporium OB3b (バクテリア)
参照: UniProt: P27353, methane monooxygenase (soluble)
#4: タンパク質 Methane monooxygenase regulatory protein B


分子量: 14896.885 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methylosinus trichosporium OB3b (バクテリア)
遺伝子: mmoB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P27356

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非ポリマー , 3種, 471分子

#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 468 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.47 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 30 mM Sodium-Iodide, 30 mM Sodium-Bromide, 30 mM Sodium-Fluoride, 20% (v/v) Glycerol, 10% (w/v) PEG 4000, 100 mM HEPES/MOPS pH 7.5 10 mM Iron(III) chloride
Temp details: Room temprature

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K / Serial crystal experiment: Y
放射光源由来: 自由電子レーザー / サイト: SLAC LCLS / ビームライン: MFX / 波長: 1.30396 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX340-HS / 検出器: CCD / 日付: 2018年12月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.30396 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→33.96 Å / Num. obs: 128969 / % possible obs: 99.98 % / 冗長度: 74.36 % / Biso Wilson estimate: 41.91 Å2 / CC1/2: 0.945 / Net I/σ(I): 25.196
反射 シェル解像度: 1.95→2.02 Å / Num. unique obs: 12712 / CC1/2: 0.077 / % possible all: 99.16
Serial crystallography measurementCollection time total: 0.66 hours / Collimation: compound refractive lenses / Focal spot size: 4 µm2 / Pulse duration: 35 fsec. / Pulse energy: 4000 µJ / Pulse photon energy: 9.508 keV / XFEL pulse repetition rate: 20 Hz
Serial crystallography sample delivery解説: drop on tape combined with acustic droplet ejection / 手法: injection
Serial crystallography sample delivery injectionCarrier solvent: mother liquour / 解説: acustic droplet ejection / Flow rate: 8 µL/min / Injector temperature: 298.15 K / Jet diameter: 230 µm / Power by: focused acoustic pulse
Serial crystallography data reductionFrames total: 48000 / Lattices indexed: 15629 / XFEL run numbers: 283-290

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
cctbx.xfelデータ削減
PHASER位相決定
cxi.mergeデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6YD0

6yd0


解像度: 1.95→33.71 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / 位相誤差: 23.51 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1968 2000 1.55 %
Rwork0.1687 126813 -
obs0.1691 128969 99.87 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 126.41 Å2 / Biso mean: 46.4498 Å2 / Biso min: 27.76 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.95→33.71 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9725 0 8 468 10201
Biso mean--49.93 49.41 -
残基数----1207
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.95-20.38881400.35768824896499
2-2.050.36021410.318689529093100
2.05-2.110.29471410.288989109051100
2.11-2.180.27761420.268989749116100
2.18-2.260.31321410.241689389079100
2.26-2.350.26181410.221389719112100
2.35-2.460.24941410.20389909131100
2.46-2.590.22671420.194789999141100
2.59-2.750.23081430.178390709213100
2.75-2.960.2021430.16390469189100
2.96-3.260.20171430.160590809223100
3.26-3.730.16361440.141491549298100
3.73-4.70.13961450.126392629407100
4.7-33.960.17791530.154196439796100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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