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- PDB-6ydh: Solution structure and dynamics of Zn-Finger HVO_2753 protein -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ydh
タイトルSolution structure and dynamics of Zn-Finger HVO_2753 protein
要素DUF1610 domain-containing protein
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / Zn-finger / HVO
機能・相同性Small zinc finger protein HVO_2753-like, zinc-binding pocket / Small zinc finger protein HVO_2753-like / Small zinc finger protein HVO_2753-like, Zn-binding pocket / DUF1610 domain-containing protein / Small CPxCG-related zinc finger protein
機能・相同性情報
生物種Haloferax volcanii (古細菌)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Kubatova, N. / Pyper, D. / Schwalbe, H.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)313752925 ドイツ
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Solution structure and dynamics of Zn-Finger HVO_2753 protein
著者: Kubatova, N. / Pyper, D. / Schwalbe, H.
履歴
登録2020年3月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年9月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.22024年6月19日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DUF1610 domain-containing protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,6261
ポリマ－6,6261
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: mass spectrometry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area5100 Å2
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 DUF1610 domain-containing protein


分子量: 6625.537 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Haloferax volcanii (古細菌) / 遺伝子: FQA18_04900 / プラスミド: pGEX-CS / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / Variant (発現宿主): T7-Express / 参照: UniProt: A0A558GD87, UniProt: D4GWB3*PLUS

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic42D 1H-15N HSQC
121isotropic32D 1H-13C HSQC
131isotropic22D 1H-13C HSQC aromatic
141isotropic43D HN(CA)CB
151isotropic43D HN(COCA)CB
161isotropic43D HN(CA)CO
1151isotropic43D HN(CO)CA
171isotropic43D HNCO
181isotropic13D HNHA
191isotropic13D (H)CC(CO)NH
1101isotropic13D 1H-13C TOCSY
1161isotropic13D 1H-15N TOCSY
1171isotropic13D CC(CO)NH
1113isotropic12D 1H-15N HETNOE
1123isotropic12D 1H-15N T1
1133isotropic12D 1H-15N T2
1182isotropic33D 1H-13C NOESY
1192isotropic23D 1H-13C NOESY aromatic
1202isotropic33D 1H-15N NOESY

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容詳細Label溶媒系
solution11 mM 15N 13C HVO_2753, 25 mM Bis Tris, 200 mM sodium chloride, 3 mM DTT, 95% H2O/5% D2O15N 13C labeled HVO_2753 protein15N 13C95% H2O/5% D2O
solution21 mM 15N 13C HVO_2753, 25 mM Bis Tris, 200 mM sodium chloride, 3 mM DTT, 100% D2O15N 13C labeled HVO_2753 protein15N 13C100% D2O
solution30.5 mM 15N HVO_2753, 25 mM Bis Tris, 200 mM sodium chloride, 3 mM DDT, 95% H2O/5% D2O15N labeled HVO_2753 protein15N95% H2O/5% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1 mMHVO_275315N 13C1
25 mMBis Trisnatural abundance1
200 mMsodium chloridenatural abundance1
3 mMDTTnatural abundance1
1 mMHVO_275315N 13C2
25 mMBis Trisnatural abundance2
200 mMsodium chloridenatural abundance2
3 mMDTTnatural abundance2
0.5 mMHVO_275315N3
25 mMBis Trisnatural abundance3
200 mMsodium chloridenatural abundance3
3 mMDDTnatural abundance3
試料状態イオン強度: 411 mM / Label: normal / pH: 7 / 圧: ambient mbar / 温度: 278 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID詳細
Bruker AVANCEBrukerAVANCE6001cryoprobe
Bruker AVANCEBrukerAVANCE7002cryoprobe
Bruker AVANCEBrukerAVANCE8004cryoprobe
Bruker AVANCEBrukerAVANCE9503cryoprobe

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
TopSpin3.5Bruker Biospincollection
TopSpin3.5Bruker Biospin解析
Sparky3.114Goddardchemical shift assignment
Sparky3.114Goddardpeak picking
Sparky3.114Goddardデータ解析
TALOSNCornilescu, Delaglio and Baxデータ解析
TENSOR2Dosset, Marion, Blackledgeデータ解析
CYANA3.97Guntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 8
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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