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- PDB-6ycb: Structure the ananain protease from Ananas comosus covalently bou... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ycb
タイトルStructure the ananain protease from Ananas comosus covalently bound to with the E64 inhibitor
要素Ananain
キーワードHYDROLASE / cysteine protease / stem bromelain protein
機能・相同性
機能・相同性情報


ananain / cysteine-type peptidase activity / proteolysis
類似検索 - 分子機能
Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Papain-like cysteine endopeptidase / Cysteine peptidase, asparagine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases asparagine active site. / Cysteine peptidase, histidine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases histidine active site. / : / Peptidase C1A, papain C-terminal ...Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Papain-like cysteine endopeptidase / Cysteine peptidase, asparagine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases asparagine active site. / Cysteine peptidase, histidine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases histidine active site. / : / Peptidase C1A, papain C-terminal / Papain family cysteine protease / Papain family cysteine protease / Cysteine peptidase, cysteine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases cysteine active site. / Papain-like cysteine peptidase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
L(+)-TARTARIC ACID / Ananain
類似検索 - 構成要素
生物種Ananas comosus (アナナス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.257 Å
データ登録者Azarkan, M. / Charlier, P. / Herman, R. / Delbrassine, F. / Sauvage, E. / M Rabet, N. / Calvo Esposito, R. / Kerff, F.
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2020
タイトル: Structures of the free and inhibitors-bound forms of bromelain and ananain from Ananas comosus stem and in vitro study of their cytotoxicity.
著者: Azarkan, M. / Maquoi, E. / Delbrassine, F. / Herman, R. / M'Rabet, N. / Calvo Esposito, R. / Charlier, P. / Kerff, F.
履歴
登録2020年3月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年11月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ananain
B: Ananain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,98411
ポリマ－46,9692
非ポリマー1,0159
水8,305461
1
A: Ananain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,1617
ポリマ－23,4851
非ポリマー6766
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Ananain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,8234
ポリマ－23,4851
非ポリマー3383
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)34.400, 58.130, 119.819
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 93.460, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Ananain


分子量: 23484.570 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ananas comosus (アナナス) / 参照: UniProt: P80884, ananain
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-TLA / L(+)-TARTARIC ACID / L-酒石酸


分子量: 150.087 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O6
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 461 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.69 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6 / 詳細: 1M Li2SO4, 0.5M (NH4)2SO4, 0.1M citrate pH5.6

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.98011 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年9月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98011 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.25→41.83 Å / Num. obs: 128434 / % possible obs: 96.7 % / 冗長度: 6.6 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.076 / Rpim(I) all: 0.032 / Rrim(I) all: 0.083 / Net I/σ(I): 12.2 / Num. measured all: 847514
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.25-1.2852.1754420487980.2811.0332.4170.689.1
5.57-41.836.40.0341004415610.9990.0140.03738.299.4

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
XDSデータ削減
SCALA3.3.16データスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6Y6L

6y6l


解像度: 1.257→39.867 Å / SU ML: 0.1 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 13.73 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1507 6218 5.04 %
Rwork0.1226 117104 -
obs0.124 123322 96.2 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 96.41 Å2 / Biso mean: 16.4178 Å2 / Biso min: 5.94 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.257→39.867 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3288 0 99 461 3848
Biso mean--27.04 26.86 -
残基数----430
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.257-1.27120.25871790.2448342684
1.2712-1.28620.27562120.223373694
1.2862-1.30190.21162150.1948378994
1.3019-1.31840.212170.1849383694
1.3184-1.33570.23251980.1802374795
1.3357-1.3540.2192220.1786384395
1.354-1.37330.19292060.1668386795
1.3733-1.39380.19791950.1584383395
1.3938-1.41560.16852070.142383895
1.4156-1.43880.17691980.1368393196
1.4388-1.46360.19022050.1314382096
1.4636-1.49030.16511870.1252395796
1.4903-1.51890.14521890.1134383596
1.5189-1.54990.15362040.1096391996
1.5499-1.58360.13661870.1065392096
1.5836-1.62050.13982090.1017391497
1.6205-1.6610.13362240.1009391697
1.661-1.70590.13472170.1009392197
1.7059-1.75610.13151910.0993392197
1.7561-1.81280.13462100.1031398497
1.8128-1.87760.13231960.1003396598
1.8776-1.95280.13782310.0975389797
1.9528-2.04160.11022120.0961401398
2.0416-2.14930.10942080.0962400898
2.1493-2.28390.12032120.0989397498
2.2839-2.46020.13512150.106400699
2.4602-2.70780.12442380.118399299
2.7078-3.09940.14911910.1268409599
3.0994-3.90440.15832200.1207405499
3.9044-39.8670.17182230.1505414799

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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